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Pourquoi existe-t-il plusieurs séquences pour le même segment pour une « souche » individuelle de grippe ?

Pourquoi existe-t-il plusieurs séquences pour le même segment pour une « souche » individuelle de grippe ?


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Je regarde le génome du virus de la grippe utilisé dans le vaccin contre la grippe 2017-2018 : A/Michigan/45/2015.

Lorsque je regarde ci-dessous les segments individuels, il y a 4 séquences pour chaque segment - ne devrait-il pas y en avoir qu'une pour une seule "souche" ? Est-ce dû à des taux de mutation rapides ? Ou est-ce qu'ils incluent à la fois un sens positif et négatif du virus ?

Edit : désolé, lien ici :

https://www.fludb.org/brc/fluStrainDetails.spg?strainName=A/Michigan/45/2015(H1N1)&decorator=influenza


Il me semble que le site Web que vous consultez prend principalement des données accessibles au public de Genebank (le référentiel NCBI pour les données de séquence) et les collecte pour former une vue d'ensemble.

Pour votre question, cela signifie qu'il existe 4 ensembles de données de séquence disponibles pour la souche grippale A/Michigan/45/2015 - ils sont probablement très similaires mais basés sur la longueur de segment signalée pas tout à fait identique.

Ou est-ce qu'ils incluent à la fois un sens positif et négatif du virus ?

Si tu veux dire le positif et le négatif brin de l'ADN, alors non - puisque la séquence de ces deux éléments est toujours complémentaire, les référentiels Genebank ne stockent que la séquence directe.

Vous pouvez également voir que les 4 ensembles de données différents ont des Numéros d'accession:
KY117020 - 27 (Passage M1/C3)
KU509700 - 07 (Passage E1)
KU933490 - 07 (Passage E3)
KY090607 - 14 (Passage M1/IR)

Vous pouvez rechercher plus de détails sur ces accessions sur le site Web de la banque de gènes :

  • Il semble que les 4 ensembles de données proviennent de la même publication
  • … qui n'a apparemment jamais été publié (il n'est donc pas disponible en ligne), mais cela pourrait faire partie d'un programme de l'OMS ?
  • La principale différence entre les 4 ensembles de données que je peux trouver est le passage de la souche. Je ne suis pas virologue, donc je ne sais pas trop ce que cela signifie, mais en biologie cellulaire, le passage décrit le temps qu'une certaine lignée cellulaire a passé (in vitro) culture.

Ceci est assez typique pour la grippe et reflète l'ambiguïté de la « séquence » lorsqu'on parle de virus à ARN à mutation rapide. De tels virus existent sous la forme d'un "nuage" de séquences variables ; une seule réplication de la grippe est susceptible de contenir des variantes à chaque site unique du génome. Cela permet également au virus de subir une sélection naturelle extrêmement rapide, y compris lors de passages en laboratoire (qui ne sont évidemment pas effectués sur des humains infectés, mais peuvent l'être dans divers types cellulaires, ou très souvent dans des œufs).

Un scénario courant pour un isolat de grippe (en particulier celui qui, comme le MI/45, est utilisé dans les vaccins) serait d'écouvillonner le nez de quelqu'un, d'utiliser l'écouvillon pour inoculer un œuf afin de préparer un virus stock, d'envoyer ce stock à plusieurs autres laboratoires, cultiver un sous-ensemble dans les cellules, demander à un autre laboratoire d'en cultiver dans leurs cellules ou leurs œufs, etc. S'il est utilisé dans les vaccins, il pourrait être transformé en un réassorti avec une épine dorsale différente (moins virulente), mais les gènes de surface seraient toujours appelés MI/45. Chaque laboratoire séquencerait le virus, souvent à plusieurs étapes du passage ; et à chaque étape, il y a une opportunité pour le virus soit de subir une sélection, soit simplement de dériver et de changer sa séquence. Ou, bien sûr, si cela ne change pas, et des séquences identiques peuvent être déposées dans les bases de données, peut-être en commençant à des points légèrement différents en fonction du protocole de séquençage de chaque laboratoire.

De nombreux virus ne sont séquencés qu'une seule fois, peut-être en tant qu'isolat d'origine ou en tant que passage précoce, car il n'y a aucune raison (ou capacité) d'examiner plus avant les dizaines de milliers d'isolats prélevés chaque année, mais où il y a une raison d'examiner un virus de la grippe plus d'une fois, le protocole standard consiste à le séquencer à nouveau chaque fois qu'il est utilisé. Je peux garantir qu'il existe bien plus que 4 séquences de MI/45, il y en a probablement plus de 400 qui ont été faites dans le monde, c'est juste qu'il ne sert à rien de toutes les déposer.


Voir la vidéo: La saison de la grippe est arrivée (Décembre 2022).