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32.4 : Lectures complémentaires - Biologie

32.4 : Lectures complémentaires - Biologie


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32.4 : Lectures complémentaires

Francesco Redi

Francesco Redi (18 février 1626 - 1er mars 1697) était un médecin, naturaliste, biologiste et poète italien. [1] Il est appelé le "fondateur de la biologie expérimentale", [2] [3] et le "père de la parasitologie moderne". [4] [5] Il a été la première personne à contester la théorie de la génération spontanée en démontrant que les asticots proviennent d'œufs de mouches. [6] [7]

Titulaire d'un doctorat en médecine et en philosophie de l'Université de Pise à l'âge de 21 ans, il a travaillé dans diverses villes d'Italie. Rationaliste de son temps, il critique les mythes vérifiables, comme la génération spontanée. [8] Ses expériences les plus célèbres sont décrites dans son magnum opus Esperienze intorno alla generazione degl'insetti (Expériences sur la génération d'insectes), publié en 1668. Il a réfuté le fait que les vipères boivent du vin et puissent casser des verres, et que leur venin soit toxique lorsqu'il est ingéré. Il a correctement observé que les venins de serpents étaient produits à partir des crocs, et non de la vésicule biliaire, comme on le croyait. Il a également été le premier à reconnaître et à décrire correctement les détails d'environ 180 parasites, y compris Fasciola hépatique et Ascaris lumbricoides. Il a également distingué les vers de terre des helminthes (comme les ténias, les douves et les vers ronds). Il est peut-être à l'origine de l'utilisation du contrôle, la base de la conception expérimentale en biologie moderne. Un recueil de ses poèmes publié pour la première fois en 1685 Bacco en Toscane ("Bacchus en Toscane") est considérée comme l'une des plus belles œuvres de la poésie italienne du XVIIe siècle, et pour laquelle le Grand-Duc Cosme III lui a décerné une médaille d'honneur.


Crédits image

Natation au thon grâce au blog de Wild Muse.

Image de Four Questions avec l'aimable autorisation du site Web Bio 342 de Suzy Renn.

Valeur adaptative

Profondeur de plongée du thon rouge. Diagramme courtois de la Fondation Tag-A-Giant.

Image de thon rouge capturé grâce à Four Packs for Oggies.

Mécanisme

Suivi de la migration du thon rouge dans l'Atlantique. Diagramme courtois de la Fondation Tag-A-Giant.

Image de nage de thon rouge avec l'aimable autorisation de Start An Animal Sanctuary.

Ontogénie

La température du muscle rouge du thon rouge juvénile est testée. Courtsey de Kubo et al. 2008.


32.3 Réalisation d'un test du tableau de contingence chi carré dans R

Parcourir l'exemple

Vous devriez travailler sur l'exemple de cette section.

Continuons avec l'exemple de la couleur et du type d'habitat de la coccinelle. Vous devez télécharger trois ensembles de données pour parcourir cette section : LADYBIRDS1.CSV, LADYBIRDS2.CSV et LADYBIRDS3.CSV. Ceux-ci contiennent tous les mêmes informations - elles sont simplement organisées différemment dans chaque cas.

Réaliser un test de table de contingence (chi^<2>) dans R est très simple : on utilise à nouveau la fonction chisq.test. Le seul petit hic est que nous devons nous assurer que les données sont correctement formatées avant de pouvoir être utilisées. Chaque fois que nous lisons des données dans R en utilisant read.csv ou read_csv, nous nous retrouvons avec une trame de données. Malheureusement, la fonction chisq.test est l'une des rares fonctions statistiques à ne pas fonctionner avec des trames de données. Cela signifie que nous devons d'abord utiliser une fonction appelée xtabs pour construire quelque chose appelé un objet de table de contingence. 33 . La fonction xtabs effectue une « tabulation croisée » catégorielle 34 , c'est-à-dire qu'elle additionne le nombre d'occurrences de différentes combinaisons de catégories parmi les variables.

Nous verrons comment utiliser les xtabs avant de passer le test proprement dit…

32.3.1 Étape 1. Mettre les données au bon format

Il n'est pas difficile à utiliser, mais l'utilisation précise de xtabs dépend de la façon dont les données brutes sont organisées. Nous examinerons successivement les trois cas principaux.

Les données adaptées à l'analyse avec un test de table de contingence (chi^<2>) sont souvent représentées dans un ensemble de données avec une colonne par variable catégorielle et une ligne par observation. Le fichier LADYBIRDS1.CSV contient les données dans ce format. Lisez-le dans une trame de données R :

Nous avons appelé les données lady_bird_df pour souligner qu'elles sont stockées dans un bloc de données à ce stade. Nous pouvons utiliser aperçu , tête et queue pour avoir une idée de la façon dont les données sont organisées :

Nous ne vous avons montré que les 10 premières et dernières valeurs. Vous devriez jeter un coup d'œil complet aux données avec la fonction Afficher. Vous verrez que le bloc de données contient 300 lignes—une pour chaque coccinelle—et deux variables ( Habitat et Couleur ). Les deux variables contiennent évidemment les informations sur la catégorisation de chaque coccinelle de l'échantillon.

Nous avons besoin d'un tableau à double entrée qui contient le nombre total dans chaque combinaison de catégories. C'est ce que fait xtabs. Il faut deux arguments : le premier est une formule (impliquant le

symbole) qui spécifie le tableau de contingence requis, le second est le nom de la trame de données contenant les données brutes. Lorsque vous travaillez avec des données dans le format ci-dessus (une observation par ligne), nous utilisons une formule qui ne contient que les noms des variables catégorielles sur le côté droit de la

Lorsqu'ils sont utilisés comme ceci, xtabs additionnera le nombre d'observations avec différentes combinaisons d'Habitat et de Couleur . Nous avons appelé la sortie lady_bird_table pour souligner que les données des xtabs sont désormais stockées dans une table de contingence. Lorsque nous imprimons ceci sur la console, nous voyons que lady_bird_table fait en effet référence à quelque chose qui ressemble à un tableau de contingence 2 x 2.

Parfois, les données adaptées à l'analyse avec un test de table de contingence (chi^<2>) sont partiellement résumées en nombres. Par exemple, imaginez que nous ayons visité cinq sites ruraux et cinq sites urbains et enregistré le nombre de formes de couleur rouge et noire trouvées sur chaque site. Les données dans ce format sont stockées dans le fichier LADYBIRDS2.CSV. Lisez ceci dans une trame de données R et examinez-le avec la fonction View :

Cette fois, nous avons imprimé l'ensemble de données (il est plus facile d'utiliser View , mais cela ne sera pas rendu dans ce livre). Les nombres sur chaque site sont dans la variable Nombre et les identités de site sont dans la variable Site. Nous devons additionner les sites pour obtenir le nombre total dans chaque combinaison d'habitat et de couleur. Nous utilisons à nouveau xtabs, mais cette fois nous devons lui dire sur quelle variable additionner :

Lorsque vous travaillez avec des données dans ce format (plus d'une observation par ligne), nous utilisons une formule dans laquelle le nom de la variable contenant les nombres est à gauche de la

, et les noms des variables catégorielles à additionner sont sur le côté droit de la

Habitat + Couleur). Lorsqu'ils sont utilisés comme ceci, les xtabs résumeront les comptes associés aux différentes combinaisons d'habitat et de couleur. L'objet lady_bird_table produit par xtabs n'est pas différent d'avant. Bon! Ce sont les mêmes données.

Les données adaptées à l'analyse avec un test de table de contingence (chi^<2>) sont parfois déjà résumées en nombres totaux. Les données dans ce format sont stockées dans le fichier LADYBIRDS3.CSV. Lisez ceci dans un cadre de données R et imprimez-le sur la console (il est très petit, il n'est donc pas nécessaire d'utiliser View ):

Les comptes totaux sont déjà dans la variable Nombre, il n'est donc pas vraiment nécessaire de faire la somme pour obtenir le total pour chaque combinaison d'Habitat et de Couleur. Cependant, nous devons toujours convertir les données d'un bloc de données en un tableau de contingence. Il existe différentes manières de le faire, mais il est plus simple d'utiliser xtabs . Le code R est identique au cas précédent :

Dans ce cas, xtabs ne modifie pas du tout les données car il ne fait qu'« additionner » une valeur dans chaque combinaison de catégories. Nous utilisons simplement xtabs pour le convertir d'un bloc de données en un tableau de contingence. L'objet lady_bird_table résultant est le même qu'avant.

32.3.2 Étape 2. Faire le test

Une fois que l'on dispose des données sous forme de tableau de contingence le test d'indépendance (chi^<2>) associé entre les deux variables catégorielles est facile à réaliser avec chisq.test :

C'est tout ce que nous avons à faire. Il suffit de passer un argument à chisq.test : le tableau de contingence.

Cette sortie devrait avoir du sens à la lumière de ce que nous avons vu dans le chapitre précédent. R imprime d'abord un rappel du test utilisé ( test du Chi-carré de Pearson avec correction de continuité de Yates ) et des données utilisées ( data: lady_bird_table ). Nous reviendrons sur le bit « correction de continuité de Yates » dans un instant. R résume alors la valeur (chi^<2>), les degrés de liberté, et le p-valeur : X-carré = 19,103, df = 1, p-valeur = 1,239e-05 Le p-valeur est hautement significative (p<0.001) indiquant que la fréquence du type de couleur varie entre les deux types d'habitats. 35

Degrés de liberté pour un test de table de contingence (chi^<2>)

Il faut connaître les degrés de liberté associés au test : dans un test de table de contingence (chi^<2>) bidirectionnel ce sont ((n_A-1) imes (n_B-1)) , où (n_A-1) est le nombre de catégories dans la première variable, et (n_B-1) est le nombre de catégories dans la seconde variable. Donc, si nous travaillons avec une table 2 x 2, le d.f. sont 1, si nous travaillons avec une table 2 x 3 le d.f. sont 2, si nous travaillons avec une table 3 x 3 le d.f. sont 4, et ainsi de suite.

En quoi consistait cette « correction de continuité de Yates » ? Le raisonnement derrière l'utilisation de cette correction est un peu au-delà de ce cours, mais en un mot, il génère plus fiable p-valeurs dans certaines circonstances. Par défaut, la fonction chisq.test applique cette correction à tous les tableaux de contingence 2 x 2. Nous pouvons forcer R à utiliser le calcul standard en définissant correct = FALSE si nous voulons :

Les deux méthodes donnent des résultats similaires dans cet exemple, bien qu'elles ne soient pas exactement les mêmes : la valeur (chi^<2>) calculée lorsque correct = FALSE est très légèrement supérieure à la valeur trouvée lors de l'utilisation de la correction.

N'utilisez pas la bonne option = FAUX ! La correction par défaut est une option plus sûre pour les tables 2 x 2.

32.3.3 Résumé du résultat

Nous avons obtenu le résultat, nous devons maintenant écrire la conclusion. Comme toujours, nous revenons à la question initiale pour rédiger la conclusion. Dans ce cas, la conclusion appropriée est :

Il existe une association significative entre la couleur de Adalia bipunctata individus et habitat, de sorte que les individus noirs sont plus susceptibles d'être trouvés dans les zones industrielles ( (chi^<2>) = 19.1, d.f. = 1, p < 0,001).

Notez que nous avons résumé la nature de l'association à côté du résultat statistique. Ceci est facile à faire dans le texte lors de la description des résultats d'un test de table de contingence 2 x 2. Il est beaucoup plus difficile de résumer l'association sous forme écrite lorsque l'on travaille avec des tableaux plus grands. Au lieu de cela, nous présentons souvent un tableau ou un graphique à barres montrant les dénombrements observés.


Les cancers primitifs du poumon détectés par LDCT présentent un risque plus faible de métastases cérébrales

(Denver) - Les patients atteints d'un cancer du poumon primitif détecté à l'aide d'un dépistage par tomodensitométrie à faible dose présentent un risque réduit de développer des métastases cérébrales après le diagnostic, selon une étude publiée dans le Journal d'oncologie thoracique.

JTO est un journal officiel de l'Association internationale pour l'étude du cancer du poumon. L'étude complète est disponible ici : Impact du dépistage par tomodensitométrie à faible dose du cancer du poumon primitif sur le risque ultérieur de métastase cérébrale - Journal d'oncologie thoracique (jto.org)

Les chercheurs, dirigés par Summer Han, PhD, de la Stanford University School of Medicine à Palo Alto, en Californie, ont utilisé les données du National Lung Screening Trial pour identifier 1502 participants qui ont reçu un diagnostic de cancer du poumon entre 2002 et 2009 et ont des données de suivi. pour les métastases cérébrales.

Sur 1502 participants, 41,4% avaient un cancer du poumon détecté par le dépistage par LDCT contre 58,6% détectés par d'autres méthodes, par exemple, une radiographie pulmonaire ou une détection fortuite. Les patients dont le cancer du poumon a été détecté avec le dépistage par LDCT avaient une incidence de métastases cérébrales significativement plus faible sur trois ans (6,5 %) par rapport à ceux sans (11,9 %), avec un rapport de risque spécifique (HR) de 0,53 (p = 0,001), ajustement en fonction de l'âge au moment du diagnostic du cancer du poumon, du stade, de l'histologie et du statut tabagique. Cette réduction significative du risque de métastases cérébrales chez les patients atteints d'un cancer du poumon détecté par le dépistage par LDCT a persisté dans les sous-groupes de participants atteints d'un cancer primitif du poumon à un stade précoce (HR = 0,47, p = 0,002) et ceux qui ont subi une intervention chirurgicale (HR = 0,37, p = 0,001 ).

Pour étudier les explications potentielles d'une association entre le risque de métastases cérébrales et le cancer du poumon détecté par le dépistage LDCT, les chercheurs ont exploré les données d'imagerie LDCT en utilisant un sous-ensemble de patients (n = 552) qui ont été randomisés dans le bras LDCT et disposent de données d'imagerie LDCT. Les chercheurs ont ensuite comparé les caractéristiques des nodules détectés par le dépistage par LDCT par rapport à ceux qui n'avaient pas été détectés par le dépistage par LDCT parmi les patients détectés par intervalle dans le bras de dépistage par LDCT.

Compte tenu du taux élevé de métastases cérébrales observé chez les patients atteints d'un cancer du poumon de stade I dans le NLST (32,4 %), le groupe de recherche a en outre évalué et comparé les caractéristiques des nodules des patients qui ont développé des métastases cérébrales (n = 12) par rapport à ceux qui n'ont pas développé de métastases cérébrales (n = 350) chez les patients dont le cancer du poumon a été détecté par un dépistage par LDCT au stade I (n = 362).

"Cette réduction du risque de métastases cérébrales parmi les cancers du poumon détectés par le dépistage par LDCT - qui a persisté dans les analyses de sous-groupes de patients atteints d'un cancer du poumon à un stade précoce et ceux qui ont subi une intervention chirurgicale pour un cancer du poumon - peut ne pas être entièrement expliquée par un changement de stade ni par un traitement curatif. traitement pour le PLC », a déclaré Han. "La réduction du risque de métastases cérébrales peut être due à une biologie tumorale potentiellement différente des tumeurs détectées par le dépistage LDCT qui sont moins agressives et à croissance lente, ce qui doit être confirmé par une enquête plus approfondie."

"Au meilleur de notre connaissance, notre étude présente le premier effort d'investigation de l'impact potentiel du dépistage pulmonaire par LDCT sur le risque ultérieur de métastase", a déclaré Han. Elle a souligné que l'utilisation des données du NLST avec une longue période de suivi offrait suffisamment de temps pour observer le développement des métastases cérébrales.

À propos de l'IASLC : L'Association internationale pour l'étude du cancer du poumon (IASLC) est la seule organisation mondiale dédiée uniquement à l'étude du cancer du poumon et d'autres malignités thoraciques. Fondée en 1974, l'association compte près de 7 500 spécialistes du cancer du poumon dans toutes les disciplines dans plus de 100 pays, formant un réseau mondial travaillant ensemble pour vaincre les cancers du poumon et du thorax dans le monde entier. L'association publie également le Journal d'oncologie thoracique, la principale publication éducative et informative sur des sujets liés à la prévention, la détection, le diagnostic et le traitement de toutes les tumeurs malignes thoraciques. Visitez http://www. iaslc. org pour plus d'informations.

À propos du JTO : Les Journal d'oncologie thoracique (JTO), le journal officiel de l'Association internationale pour l'étude du cancer du poumon, est la principale publication éducative et informative sur des sujets liés à la prévention, la détection, le diagnostic et le traitement de toutes les tumeurs malignes thoraciques. JTO met l'accent sur une approche multidisciplinaire et comprend des revues de recherche originales et des articles d'opinion. Le public comprend des épidémiologistes, des oncologues médicaux, des radio-oncologues, des chirurgiens thoraciques, des pneumologues, des radiologues, des pathologistes, des médecins nucléaires et des chercheurs scientifiques ayant un intérêt particulier pour l'oncologie thoracique.

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Discussion

L'objectif principal de cette étude était de caractériser pleinement la nature de la relation entre les mesures corticales objectives du traitement SiN et les capacités de lecture chez les enfants du primaire. Les résultats démontrent que certaines mesures corticales du traitement SiN sont liées aux performances de lecture et à la stratégie de lecture. Premièrement, le phrasal nCTS dans le bruit de babillage (c'est-à-dire informatif) se rapporte à la capacité de lire des mots irréguliers mais pas des pseudo-mots, ce qui, dans le modèle en cascade à double voie, indique la maturation de la voie lexicale. Deuxièmement, la capacité d'exploiter la parole visuelle pour stimuler le nCTS phrasé dans le bruit de babillage est liée à la vitesse de lecture (mais pas à la précision). Troisièmement, la capacité d'exploiter la parole visuelle pour stimuler le nCTS syllabique dans le bruit est liée aux capacités de lecture globales. Quatrièmement, les prédicteurs comportementaux classiques des capacités de lecture (RAN, mémoire phonologique et conscience phonologique) se rapportent à la performance globale de lecture et non à la stratégie. Il est important de noter que les scores comportementaux et les deux caractéristiques du CTS phrasal dans le bruit de babillage expliquaient une partie différente de la variance des capacités de lecture. Enfin, les caractéristiques du nCTS sous-jacentes aux première et troisième relations découvertes chez les lecteurs typiques (nCTS phrasé dans le bruit de babillage et modulation visuelle dans le nCTS syllabique) étaient significativement altérées dans la dyslexie par rapport aux enfants au développement typique de l'âge, mais pas du niveau de lecture. . Cependant, au sein de la population dyslexique, les mesures nCTS de la capacité à gérer le bruit de babillage étaient négativement liées à la vitesse de lecture et positivement liées au compromis entre la précision de lecture et la vitesse de lecture.

Des associations significatives ont été trouvées entre les capacités de lecture et certaines caractéristiques du nCTS phrasal et syllabique. Il existe des preuves que le CTS au taux de phrasal (ici pris entre 0,2 et 1,5 Hz) reflète en partie l'analyse ou le découpage de mots, d'expressions et de phrases [71]. En effet, le cerveau suit les limites des phrases et des phrases même lorsque la parole est dépourvue de prosodie, mais seulement si elle est compréhensible [41], et la phase des oscillations cérébrales inférieures à 4 Hz module la perception des phrases ambiguës [39]. Le CTS au taux phrasal/sential aiderait à aligner l'excitabilité neuronale avec les informations syntaxiques pour optimiser la compréhension du langage [38]. En revanche, le CTS au taux de syllabe (ici pris entre 2 et 8 Hz) refléterait un traitement auditif de bas niveau [71]. À la lumière de ce qui précède, nos résultats soulignent que les associations entre la perception du SiN et les capacités de lecture reposent sur leur dépendance commune à la fois au traitement du langage et au traitement auditif de bas niveau.

La robustesse de la représentation de la parole corticale au bruit de babillage indexe le degré de développement de la voie lexicale

Nos résultats indiquent qu'une mesure corticale objective de la capacité à gérer le bruit de babillage est liée à la maturation de la voie lexicale. Techniquement, la modulation informationnelle dans le nCTS phrasé était corrélée de manière significativement positive avec le score de lecture sur des mots irréguliers mais pas sur des pseudo-mots. Le score de lecture sur des mots irréguliers a en effet fourni des informations uniques sur la modulation informationnelle dans nCTS. De plus, les deux scores de lecture en synergie ont fourni des informations supplémentaires sur la modulation informationnelle dans le nCTS. De plus, le résultat selon lequel la modulation informationnelle dans nCTS est plus corrélée à l'indice de stratégie de lecture qu'au score sur les mots irréguliers suggère que les éléments clés à la base de cette relation sont les processus nécessaires pour lire des mots irréguliers qui ne sont pas nécessaires pour lire des pseudo-mots. .

La relation entre le degré de développement de la voie lexicale et le niveau de nCTS phrasal dans le bruit de babillage pourrait s'expliquer par une influence positive des bonnes capacités SiN sur l'acquisition de la lecture. Prenons comme exemple la situation d'être confronté pour la première fois à un mot écrit qui est lu par un enseignant pendant que certains camarades de classe font du bruit. Les capacités SiN détermineront naturellement les chances d'entendre ce mot correctement et donc les chances de construire le lexique orthographique. En lisant à nouveau le mot seul, seuls les enfants ayant de bonnes capacités SiN auront la possibilité d'entraîner leur itinéraire lexical pour ce mot spécifique. Bien entendu, la même chaîne d'action pourrait être posée pour l'apprentissage de la correspondance graphème-phonème. Mais il y a beaucoup plus de mots que de phonèmes et de syllabes, donc de bonnes capacités SiN pourraient être plus importantes pour réussir à apprendre la correspondance entre les représentations orthographiques et phonologiques des mots irréguliers. En effet, la correspondance graphème-phonème est intensément entraînée lors de l'apprentissage de la lecture. Les enfants sont exposés à plusieurs reprises à des exemples de correspondance graphème-phonème réussie, certains avec du bruit et d'autres sans bruit. En conséquence, quelles que soient les capacités SiN des enfants, ils apprendront la correspondance graphème-phonème et développeront leur itinéraire sublexical à condition qu'ils aient une conscience phonologique adéquate. À l'appui de cela, la conscience phonologique ne prédit pas les capacités SiN chez les lecteurs typiques [21].

Alternativement, la relation entre la capacité à lire des mots irréguliers (qui marque le degré de développement de la voie lexicale) et le nCTS dans le babillage pourrait être médiée par le degré de maturation du lexique mental [72,73]. Le lexique mental intègre et lie les représentations orthographiques, sémantiques et phonologiques des mots. Son bon développement est important pour l'acquisition de la lecture. En effet, l'acquisition de la lecture consiste à créer un nouveau lexique orthographique et à le lier aux lexiques sémantiques et phonologiques préexistants [74]. Le développement d'une telle liaison (1) est indispensable pour la lecture de mots irréguliers [75], (2) profite à la lecture de mots réguliers et (3) ne contribue pas à la lecture de pseudo-mots. Le bon degré de développement du lexique mental est également important pour la compréhension de SiN. En effet, la compréhension de SiN dépend fortement de la connaissance lexicale [21,76-78]. Et le niveau de CTS dans le bruit est lié au niveau de compréhension des auditeurs [37,42,43]. Cela suggère donc que la robustesse du CTS au bruit de babillage dépend du niveau de compréhension, qui à son tour dépend du niveau de développement du lexique mental. Le degré de développement du lexique mental pourrait donc être le facteur caché médiateur de la relation entre SiN et la capacité de lecture lexicale. Ceci est également parfaitement conforme à notre résultat selon lequel une modification du nCTS phrasal dans le bruit de babillage dans la dyslexie peut résulter d'une expérience de lecture réduite. En bref, les difficultés de lecture dans la dyslexie réduiraient leur expérience de lecture, ce qui nuirait à la construction du lexique mental et à son tour entraverait la perception du SiN. Néanmoins, les futures études sur l'association entre le traitement du SiN et la lecture devraient inclure des mesures du degré de développement du lexique mental pour analyser soigneusement l'interrelation entre la perception du SiN, les capacités de lecture et le degré de développement du lexique mental.

Nos résultats dans la dyslexie soutiennent l'existence d'une relation entre les capacités de lecture et les mesures corticales de la capacité à traiter le SiN, mais ils apportent des nuances importantes. Premièrement, le phrasal nCTS dans les conditions de bruit de babillage non visuel était modifié chez les enfants dyslexiques par rapport aux témoins appariés selon l'âge mais pas le niveau de lecture, indiquant qu'une telle altération pourrait être due à la variabilité de l'expérience de lecture. Deuxièmement, chez les enfants dyslexiques, le phrasal nCTS était globalement et négativement corrélé à la vitesse de lecture, et la modulation informationnelle du phrasal nCTS était positivement corrélée au contraste entre la précision de lecture et la vitesse de lecture. Ces deux relations pourraient s'expliquer par des mécanismes attentionnels compensatoires, de sorte que les enfants dyslexiques sévères ont développé des capacités attentionnelles renforcées à la base de capacités SiN améliorées et une lecture plus précise, bien qu'encore plus lente (par rapport aux enfants dyslexiques légers). Par conséquent, de telles relations pourraient ne tenir que chez les enfants dyslexiques sans trouble attentionnel, comme ce fut le cas avec nos participants. Aussi, il faut se rappeler que ces relations ont été trouvées dans un échantillon relativement petit d'enfants dyslexiques (m = 26) et devrait être confirmé par des études futures.

Intégration audiovisuelle et capacités de lecture

Nous avons trouvé des relations significatives entre les capacités de lecture et la capacité à tirer parti de la parole visuelle pour maintenir le CTS phrasal et syllabique dans le bruit. Les indices visuels de la parole (gestes articulatoires de la bouche et du visage) sont bien connus pour favoriser la compréhension du SiN [61] et le CTS dans le bruit [79-83]. De toute évidence, le signal auditif transporte des informations beaucoup plus fines sur le contenu phonémique de la parole que le signal visuel. Mais l'effet de l'intégration de la parole audiovisuelle est assez évident dans les conditions SiN, dans lesquelles il offre un avantage substantiel en compréhension [61,62,84,85]. Reflétant cet avantage perceptuel, il est déjà bien documenté que le CTS phrasal et syllabique dans le bruit est stimulé chez les adultes lorsque des informations visuelles sur la parole sont disponibles [79-83,86-89].

Nous avons constaté que la modulation visuelle dans le nCTS phrasal était globalement et positivement corrélée avec la vitesse de lecture (de manière significative pour les pseudo-mots) mais pas avec la précision. Cependant, nos enfants dyslexiques (par rapport aux deux groupes témoins) n'ont eu aucune altération de leur nCTS phrasé dans le bruit de babillage lorsque la parole visuelle était fournie. Au lieu de cela, ils se sont appuyés avec succès sur les informations vocales visuelles pour restaurer leur CTS phrasal dans le bruit de babillage (qui a été modifié sans informations vocales visuelles). En d'autres termes, le recours à la lecture labiale pour maintenir un CTS phrasal approprié dans le bruit de babillage est apparu comme un facteur de protection dans notre groupe d'enfants dyslexiques.

Nous avons également constaté que la modulation visuelle dans le nCTS syllabique était globalement et positivement corrélée avec les capacités de lecture. Plus intéressant encore, nos enfants dyslexiques (par rapport aux deux groupes témoins) n'ont présenté aucune altération significative de leur nCTS syllabique dans le bruit lorsque la parole visuelle n'était pas fournie. Cependant, par rapport aux enfants du même âge au développement typique, ils bénéficiaient nettement moins de la parole visuelle pour stimuler le CTS syllabique dans le bruit. Au lieu de cela, ils se comportaient davantage comme des enfants au développement typique correspondant au niveau de lecture. En conséquence, nos résultats ne peuvent pas contester l'opinion selon laquelle une mauvaise intégration audiovisuelle dans la dyslexie est causée par une expérience de lecture réduite [63,90,91]. Néanmoins, le schéma des résultats (voir la figure 4B à gauche) suggère même une altération de la dyslexie par rapport aux enfants de niveau de lecture correspondant. Plus de puissance statistique serait nécessaire pour confirmer/infirmer la tendance.

Notre résultat selon lequel les capacités d'intégration audiovisuelle sont en corrélation avec les capacités de lecture est en accord avec la littérature existante. En effet, les personnes dyslexiques bénéficient moins des indices visuels pour percevoir SiN que les lecteurs typiques [92-96]. L'intégration audiovisuelle et la lecture pourraient être altérées dans la dyslexie simplement parce que les deux reposent sur des mécanismes similaires. En effet, la lecture repose sur la capacité de lier des représentations visuelles (graphémiques) et auditives (phonémiques) de la parole [97,98]. Et selon certains auteurs, des mécanismes d'intégration audiovisuelle sous-optimaux pourraient réduire la fluidité de lecture [99]. Il est important de noter que la découverte que les personnes dyslexiques bénéficient normalement de la parole visuelle pour stimuler le CTS phrasal mais pas syllabique dans le bruit apporte des informations importantes sur la nature du déficit d'intégration audiovisuelle dans la dyslexie. Suivant les rôles fonctionnels attribués au CTS, les personnes dyslexiques intégreraient correctement les informations visuelles de la parole pour optimiser le traitement des informations syntaxiques [38] mais pas pour prendre en charge le traitement acoustique/phonémique [71]. Cela pourrait s'expliquer par leur capacité préservée à extraire et intégrer la dynamique temporelle de la parole visuelle mais pas la configuration des lèvres [96], deux aspects de l'intégration de la parole audiovisuelle actuellement considérés comme soutenus par des voies neuronales distinctes [100]. Cette incapacité à s'appuyer sur la configuration des lèvres pour améliorer la perception phonémique auditive dans les conditions SiN peut être causée par un déficit de catégorisation phonémique supramodal, comme cela a déjà été proposé pour les enfants ayant un trouble spécifique du langage [101]. Enfin, le fait que la modulation visuelle dans le nCTS syllabique a apporté une quantité limitée d'informations uniques sur la lecture par rapport aux prédicteurs comportementaux classiques de la lecture, mais que tous ont apporté plus d'informations en synergie, suggère qu'un large ensemble de traitements de bas niveau les capacités contribuent à déterminer les capacités de lecture et les altérations de la dyslexie [102,103].

Prédicteurs comportementaux classiques liés aux capacités de lecture globales

Nos résultats confirment que les prédicteurs comportementaux classiques de la lecture (RAN, mémoire phonologique et capacités métaphonologiques) sont directement liés au niveau global de lecture plutôt qu'à la stratégie de lecture. Nous tirons cette conclusion parce que le modèle optimal pour le score de lecture contenait une pente commune pour tous les sous-tests de lecture. Cela signifie que le modèle n'a pas été significativement amélioré en optimisant la pente pour chacun des cinq sous-tests de lecture séparément. Par conséquent, les coefficients de corrélation univariés présentés dans le tableau 4 étaient à peu près similaires pour les cinq scores en lecture.

La mémoire phonologique (évaluée avec l'étendue des chiffres avant) était significativement positivement corrélée avec le niveau de lecture global. Que la mémoire phonologique se rapporte aux capacités globales de lecture plutôt qu'à la stratégie de lecture est bien documentée [4]. Les mauvais lecteurs, quel que soit leur profil de lecture, ont généralement de mauvais résultats aux tests de mémoire phonologique impliquant des chiffres, des lettres [104, 105] ou des mots [106].

La performance sur la tâche RAN était également liée au niveau de lecture global, conformément à la littérature existante [6-8,107-110]. La performance RAN a en effet une relation modérée à forte avec toutes les mesures de lecture classiques, y compris la lecture de mots, de non-mots et de textes, ainsi que la compréhension de texte [107]. C'est un prédicteur cohérent de la maîtrise de la lecture dans diverses orthographes alphabétiques indépendamment de leur complexité [111]. Les performances RAN prédisent même bien les performances en lecture à un intervalle de 2 ans [112] pour les performances en lecture évaluées avec des tâches marquant les routes lexicales et sublexicales. On pense que le RAN et les performances de lecture sont corrélés car ils impliquent un traitement en série et une production orale [110], deux processus communs aux deux voies de lecture.

Enfin, la conscience phonologique évaluée avec les tâches de suppression et de fusion de phonèmes était significativement liée aux capacités de lecture. Cependant, les informations qu'il apportait sur la lecture étaient moins nombreuses et essentiellement redondantes avec celles apportées par le RAN et la mémoire phonologique. Ce n'est pas surprenant étant donné que les enfants testés dans la présente étude avaient au moins 1 an d'expérience en lecture. La conscience phonologique joue en effet un rôle clé dans les premiers stades de l'acquisition de la lecture, c'est-à-dire lors de l'apprentissage de la conversion graphème-phonème [113-115], et subit une maturation substantielle au cours de cette période [116].

La conscience phonologique

Nos résultats indiquent que, chez les lecteurs typiques, la conscience phonologique intervient au mieux dans la relation entre le traitement cortical du SiN et les capacités de lecture. En effet, l'information sur la lecture apportée par la conscience phonologique était redondante avec celle apportée par la modulation visuelle en nCTS syllabique mais pas avec celle apportée par les modulations informationnelles et visuelles en nCTS phrasal. Ce résultat illustre l'importance de séparer les différents processus impliqués dans le traitement et la lecture de SiN pour rechercher des associations. Cela fournit également une raison potentielle pour laquelle des rapports contradictoires existent sur le sujet [19-21].

Néanmoins, le rôle de la conscience phonologique pourrait avoir été sous-estimé dans la présente étude en raison d'un manque de sensibilité dans nos sous-tests de conscience phonologique. En effet, les tâches de conscience phonologique se sont avérées trop faciles pour les participants plus âgés, entraînant des effets de plafond (environ la moitié des participants ont atteint le score maximum sur les tâches de fusion et de suppression de phonèmes). This could explain the weak relation observed between reading abilities and phonological awareness skills. In contrast, there was no ceiling effect for the RAN, which may explain the strong correlation between this score and reading abilities.

Further discussion

In S1 Discussion, we discuss considerations related to the fact that (1) only one acoustic signal-to-noise ratio was studied, (2) regression models to estimate CTS in a given condition were trained on all other conditions, (3) occipital sensors were included in regression models to estimate CTS, and (4) the study was conducted in French. We also discuss the potential yield of future studies in illiterate adults.

Conclusion

Overall, these results significantly further our understanding of the nature of the relation between SiN processing abilities and reading abilities. They demonstrate that cortical processing of SiN and reading abilities are related in several specific ways and that some of these relations translate into alterations in dyslexia that are attributable to reading experience. However, within children with dyslexia, these relations appeared changed or even reversed, potentially owing to compensatory attentional mechanisms. Our results also demonstrate that classical behavioral predictors of reading (including phonological awareness) mediate relations involving the processing of acoustic/phonemic but not syntactic information in natural SiN conditions. This contrasts with the classically assumed mediating role of phonological awareness. Instead, the ability to process speech syntactic content in babble noise (indexed by phrasal nCTS) could directly modulate skilled reading acquisition. Finally, the information about reading abilities brought by cortical markers of syntactic processing of SiN was complementary to that provided by classical behavioral predictors of reading. This implies that such markers of SiN processing could serve as novel electrophysiological markers of reading abilities.


Fundamentals of Molecular Evolution*

Supratim Choudhuri , dans Bioinformatique pour débutants , 2014

2.3.4.1.D Horizontal Gene Transfer

Horizontal gene transfer , also known as transfert de gène latéral, refers to nonsexual transmission of genetic material between unrelated genomes hence, horizontal gene transfer involves gene transfer across species boundaries. The phenomenon of horizontal gene transfer throws a wrench in the concepts of last common ancestor, syntenic relationship between genomes, phylogeny and the evolution of discrete species units, taxonomic nomenclature, etc. m The majority of examples of horizontal gene transfer are known in prokaryotes. In bacteria, three principal mechanisms can mediate horizontal gene transfer: transformation (uptake of free DNA), conjugaison (plasmid-mediated transfer), and transduction (phage-mediated transfer). Chez les plantes, introgression can mediate horizontal gene transfer this means gene flow from one gene pool to another gene pool—that is, from one species to another species by repeated backcrossing between an interspecific hybrid and one of its parent species. Therefore, introgression depends on the extent of reproductive isolation between the two species. Introgression has also been reported between duck species, between butterfly species involved in mimicry, and between human and Neanderthal. 41

Horizontal gene transfer in animals is not common, but there are some reports. For example, Acuña et al. 42 identified the gene HhMAN1 from the coffee berry borer beetle, Hypothenemus hampei, which shows clear evidence of horizontal gene transfer from bacteria. HhMAN1 encodes the enzyme mannanase, which hydrolyzes galactomannan. Phylogenetic analyses of the mannanase from both prokaryotes and eukaryotes revealed that mannanases from plants, fungi, and animals formed a distinct eukaryotic clade, but HhMAN1 was most closely related to prokaryotic mannanases, grouping with the Bacille clade. HhMAN1 was not detected in the closely related species H. obscurus, which does not colonize coffee beans. The authors hypothesized that the acquisition of the HhMAN1 gene from bacteria was likely an adaptation in response to need in a specific ecological niche.

There are also some examples of horizontal gene transfer from fungi to arthropods, such as aphids (insects) and mites (arachnids). Phylogenetic analysis revealed the evidence of horizontal transfer of genes encoding carotenoid desaturase and carotenoid cyclase–carotenoid synthase from fungi to pea aphid, 43 and to spider mite. 44 Notably, the fused carotenoid cyclase–carotenoid synthase gene is characteristic of fungi but not of plants or bacteria. The authors discussed the possible mechanism of such gene transfer. Gene transfer into a single arthropod ancestor of both spider mites and aphids is not likely because it would require subsequent loss of these genes in most other living arthropod taxa. The most likely scenario is the transfer of these genes through symbiosis, which probably occurred independently in both aphids and spider mites. It has been suggested that the frequent association of mites with viruses makes them ideal horizontal gene transfer vectors, including incorporation of mobile genes into their own genomes.


A propos de l'auteur

Dagmar Bruß graduated at RWTH University Aachen, Germany, and received her PhD in theoretical particle physics from the University of Heidelberg in 1994. As a research fellow at the University of Oxford she became interested in quantum information. Another European fellowship at ISI Torino, Italy, followed. While being a research assistant at the University of Hannover she completed her habilitation. Since 2004 Professor Bruß has been holding a chair at the Institute of Theoretical Physics at Heinrich-Heine-University Düsseldorf, Germany. Her research pertains to theoretical aspects of quantum information processing.


1. Phosphoproteomic dissection of PRR-triggered immunity

Several studies indicated that distinct PRRs share downstream components to induce defence responses. To identify crucial components for PRR-triggered immunity (PTI), we have been monitoring phosphoproteome dynamics upon different MAMP treatments.

One of the key requirements for successful posttranslational modification (PTM)-oriented proteomics is the establishment of efficient enrichment methods for posttranslationally modified peptides. We have developed a posttranslational modification (PTM)-oriented proteomics platform, with an emphasis on phosphorylation as this plays a significant role in early events of plant immune responses.

References and further reading

Li X, Sanagi M, Lu Y, Nomura Y, Stolze SC, Yasuda S, Saijo Y, Schulze WX, Feil R, Stitt M, Lunn JE, Nakagami H, Sato T, Yamaguchi J, “Protein phosphorylation dynamics under identification of a cell death-related receptor-like kinase in Arabidopsis”, Frontiers in Plant Science, Apr 311:377 (2020)

Kimura S, Hunter K, Vaahtera L, Tran HC, Citterico M, Vaattovaara A, Rokka A, Stolze SC, Harzen A, Meißner L, Tabea Wilkens MMT, Hamann T, Toyota M, Nakagami H, Wrzaczek M, “CRK2 and C-terminal phosphorylation of NADPH oxidase RBOHD regulate ROS production in Arabidopsis”, The Plant Cell, 32(4):1063-1080 (2020)

Matsui H, Nomura Y, Egusa M, Hamada T, Hyon GS, Kaminaka H, Watanabe Y, Ueda T, Trujillo M, Shirasu K, Nakagami H, “The GYF domain protein PSIG1 dampens the induction of cell death during plant-pathogen interactions”, PLoS Genetics, 13(10):e1007037 (2017)

Nakagami H, StageTip-based HAMMOC, an efficient and inexpensive phosphopeptide enrichment method for plant shotgun phosphoproteomics, Methods in Molecular Biology "Methods in Plant Proteomics", 1072:595-607 (2014)

Nakagami H, Sugiyama N, Mochida K, Daudi A, Yoshida Y, Toyoda T, Tomita M, Ishihama Y, Shirasu K, Large-scale comparative phosphoproteomics identifies conserved phosphorylation sites in plants, Plant Physiology, 153(3):1161-74 (2010)

Sugiyama N, Nakagami H, Mochida K, Daudi A, Tomita M, Shirasu K, Ishihama Y, Large-scale phosphorylation mapping reveals the extent of tyrosine phosphorylation in Arabidopsis, Molecular Systems Biology, 4:193 (2008)


B.2 The structure of a scientific report

The normal scientific report has a standard structure (parts in parentheses are optional):

B.2.1 Title

Although not really a section of the paper, it is worth giving the title some thought. Aim for something that gives a fairly specific description of the topic of the paper, and possibly the essential result, but without being too long:

Diurnal changes in the depth distribution of copepods in lakes with and without planktivorous fish: evidence of a predator avoidance mechanism?

An experimental study of the effect of food supply on laying date in the coot.

The distribution and altitudinal limits of bracken (Pteridium aquilinum) in the North York Moors National Park.

Reverse transcription-PCR detection of LaCrosse virus in mosquitoes and comparison with enzyme immunoassay and virus isolation.

The important thing to note is that the titles contain a good deal of specific information—we have a pretty good idea what the paper is about before we read it. Avoid vague titles such as…

A study of damselfly behaviour

…when in fact we have looked at is the mating and oviposition behaviour of damselflies of a particular species in relation to the current speed in different areas of the river and what we want to say is:

The influence of river flow rate on mating behaviour and oviposition in the damselfly Calopteryx splendens

Don’t put irrelevant specific information in the title. It might be irrelevant to say that we carried out a study in a particular river—that detail is probably not important for the question we’re asking . The reference to the North York Moors above, however, is relevant because the study is of an area-specific problem (the study is primarily of use to people who want to know about bracken in that area).

B.2.2 Abstract or Summary

The purpose of an abstract is to present a factual summary of the main purpose, results and conclusions of the report which is short and makes sense on its own. Often it is best (and some journals require it) to do this as 3-6 numbered points comprising some, or all, the following:

The scope and purpose of the study

Methods (not always necessary)

  • The territorial behaviour, mating frequency and oviposition of Calopteryx splendens (Charpentier) (Odonata: Calopterygidae) were studied in relation to the water flow rate in the territories (weed patches) of individual males.
  • Weed patches with faster flow rates appeared to be preferentially selected by males, and more vigorously defended. Weed patches in slow or still water were often unoccupied. Experimental reduction of flow rate in individual patches caused males to desert previously defended territories.
  • Males had greater mating success on territories with higher flow rates and more ovipositions were observed in these patches.
  • It is not known why weed patches with faster flows seem to be better quality sites for Caloptéryx oviposition, but possible reasons include higher oxygen levels for developing eggs and better protection from egg parasitoids.

B.2.3 Introduction

set the background to the question, using the literature (Why is it interesting? Why is it important?).

state the question, hypotheses and predictions. (What is it that we’re actually investigating?)

briefly state what the study does (What is in this paper?)

Start with brief general statements to put the study into its broader context:

Oviposition site selection by female insects can be a critical factor in offspring survival, and hence fitness (Smith 1981). In some insects, notably many of the Odonata, males occupy or defend oviposition sites and mate with arriving females before allowing them to oviposit at that site. Males in such systems benefit in two ways from defending high quality sites: mating with all females ovipositing at the site ensures their offspring will have higher survival, and by occupying high quality sites, they will have access to more females (Jones 1976).

Then move on to more specific detail about the type of system:

In calopterygid damselflies females oviposit in the submerged stems of aquatic plants in streams and small rivers (Hines 1956, Norman 1968). Males defend patches of weed…

Then develop the question:

It has been repeatedly observed that many weed patches are always occupied and are the subject of much territorial dispute amongst males, whilst others remain unoccupied or uncontested (Gateman and Nunn 1978, Speake 1982, Mollison 1987). This suggests substantial differences in patch quality, but the basis of this difference is not known. Since the larvae may disperse after hatching, the underwater environment of a weed patch seems most likely to be important for survival and development of the eggs. One important physical factor which could influence the environment in a weed patch, and which may vary considerably in different parts of the river channel, is flow rate. We therefore hypothesised that flow rates could be an important determinant of patch quality.

Say what the study actually does:

In this study we investigated the physico-chemical differences between ‘good’ and ‘poor’ quality patches of weed as defined by the behaviour of the damselfly Calopteryx virgo Linné. We also tested the assumption that males on more vigorously defended patches have greater mating success.

Don’t separate out the question, hypothesis and predictions as special statements in bold or whatever, or put them under separate headings. Although they provide vitally important context to a study they should simply appear where necessary as part of the normal text.

B.2.4 Methods

The Methods section should provide enough information about how the study was carried out to enable the reader to evaluate the validity of the results.

Where (usually necessary for field work) ?

When (may be necessary for seasonally dependent studies) ?

Why (may be necessary to justify the use of a particular approach) ?

It is often said that we should write the methods so that someone could repeat what we’ve have done exactly. This is OK in principle, but often takes an excessive amount of space and shouldn’t be the overriding principle. The emphasis should be on giving the reader sufficient information to evaluate the results of a study. Focus on the important detail: i.e., it doesn’t matter that we sorted our sample into Petri dishes, or which make of microscope we used, but it does matter that we worked at 20x magnification, because that may determine how likely it is that we missed very small items. The main exception to this is if we’re reporting a novel technique that other people are likely to want to use. In that case more detail than normal will be required.

Soyez concis. There is no need to explain the details of standard procedures. If we’re using a procedure described by someone else then summarise the essential features and just cite the reference for the method. In the Methods it is not necessary to state which statistical tests were used unless they are non-standard or require particular discussion (e.g. it is useful to state that the data were transformed before analysis). Similarly, we don’t need to state what statistics package were used for standard statistical procedures. Avoid ‘padding’ sentences that just waste space, such as:

The data were analysed statistically and by plotting graphs to see what the results were.

The standard style in scientific reports is to write in the third person (“Experimental plots were marked out” rather than “We marked out experimental plots”). This an area where the accepted conventions vary between different areas of biology. In some the use of the first person, where it enhances readability of the text, is permitted and even encouraged. Judicious use of ‘I’ or ‘we’ can improve the clarity and readability of text and should be used where appropriate. Just keep in mind that the use of the first person is not accepted in some disciplines. If in doubt it is safest to stick with the third person approach.

Also try to use the active voice, i.e., avoid this style…

It was found that males always defended single weed patches.

… and and use this style instead:

Males always defended single weed patches.

A final point is that when a study is made up of several experiments, or sets of observations, it is a good idea to use appropriate subheadings to make it easier for the reader to follow, both within a particular section (such as the Methods) but then also using the equivalent subheadings to organise the Results and possibly the Discussion. e.g.,

MATÉRIAUX ET MÉTHODES

Study site

Territory occupancy by males

Oviposition behaviour

Experimental manipulations of flow rate

B.2.5 Results

The central goal of a results section is to provide a clear account of the material factual findings of the investigation, using a combination of text, summarised data, and figures. If different parts of the study are covered under different subheadings in the Methods, then use the same subheadings (where relevant) to organize the Results.

The Results section should focus on explaining clearly what the results are, but should not contain discussion of the biological implications of the results.

Results are presented in a variety of different ways:

Texte. The text part is important. This must include clear statements of the results. No result should just be presented just as a figure or a table with no corresponding statement in the text. It is important to lead the reader through the information, bringing out the important features. This does not mean that we should duplicate information in text and figures, or tables, but if a figure is used then there should be a reference to that figure in the text, which summarizes the result.

Données. Numerical data are normally presented in tables (see below), but sometimes ‘stand-alone’ simple numerical results can be given in the text. In either case the data is normally be presented in summarised form only (e.g. means and standard deviations).

Presenting raw data may be appropriate if there are very few data, or there is a legitimate need to discuss the values of specific data points, but this is rarely the case. Don’t include big tables of raw data. If we want include the raw data (usually only the case if the data set may be of use to others as a basis for further analyses), they should go in as an appendix. Alternatively, if our goal is to share our data with the rest of the world we might consider using an online data repository like Figshare.

Statistical summaries. The results should be where most or all of the statistical results appear. There are three places to include summaries of statistics:

In tables. If there are large numbers of tests to present which would clutter the text, e.g. the analysis involves 10 regressions of the same kinds of variables, for a number of different taxa, then it may be convenient to summarise the slopes, intercepts and significance of the relationships in a table rather than trying to put all ten in the text (although a figure would be even better).

Be sure to report statistical results in full: include the test statistic, degrees of freedom (both of them, when reporting an F-test), and the p-valeur.

Figures and Tables. Any type of graphical presentation is a figure. A table has just text and numbers. All figures and tables must be referred to in the text of the Results (or elsewhere).

contain just text and numbers

have the legend at the top

use just horizontal lines as separators

are labelled: Table 1, Table 2, etc.

have a legend at the bottom

should be labelled: Figure 1, Figure 2, etc.

can comprise a single graph or diagram, but a single figure can also comprise several graphs – in which case each should be labelled: a, b, c, etc.

Preparing a manuscript for publication

Word processing software makes it easy to incorporate tables and figures directly into a document. When writing a report which is not going to be typeset, then this allows the production of very professional looking documents. However, if the material is for publication, then the printers will usually require the text and figures (and sometimes tables) on separate pages. If sending a manuscript for publication, then the figures and tables should be put at the end of the document (after all the text and references), but in a normal document if a table or figure occurs on a separate page then the page should immediately follow the first point at which the figure is referred to in the text.

B.2.6 Discussion

The function of the discussion is to consider the meaning of the results and the light they throw on the original question to assess the results in the context of other studies and, if appropriate, to consider the limitations of the work and future directions for study. The exact structure and content of the Discussion will vary somewhat depending on the particular study and what the results show, but usually the following components should be included.

It is usually helpful to start the discussion with a short paragraph, or so, summarizing the key results. e.g.,

Caloptéryx females exhibit a distinct preference for weed beds in faster flowing water as oviposition sites. Males recognise such good quality sites and occupy and defend them against other males, ignoring weed beds in slower water. This results in more copulations for males which occupy the fast flowing sites. The assessment and response of males to flow rate changes can occur within a few hours

Next, we usually consider the whether the results support the hypothesis or suggest it requires modification or rejection. e.g.,

The male damselflies’ preferential occupancy and vigorous defence of weed patches with faster flow rates, combined with a clear positive relationship between flow rate and oviposition frequency, provides strong support for the view that the underwater environment is an important determinant of oviposition site quality.

It may be important to discuss the limitations of the study and the appropriate direction for further work, but these are not always required. Don’t pad out the discussion with endless text considering every possible wrinkle in the study. When appropriate, a discussion of the limitations should be brief and to the point.

Although the results do implicate flow rate as a determinant of oviposition site, it is not clear whether females are responding directly to flow rate, or whether males are assessing flow rate and females are selecting the higher quality males (presumably those that occupy the best patches) assessed in some other way. This would require a separate experiment where females were allowed to select oviposition sites in the absence of males.

Don’t just grumble and don’t make stock criticisms without good reason (e.g., don’t automatically say it would have been better to have a larger sample size—this may be true, but it may not—large sample sizes don’t solve everything). There may be unresolved, or unsolvable, problems. Be honest about these, but also be positive: if the author don’t seem to be sure that a study is worth reporting, how will anyone else be convinced? A report does not require a section headed ‘Experimental Error.’ Similarly don’t attribute any problems that can’t be explained to experimental error everyone knows measurements aren’t perfect so it doesn’t explain anything.

Finally, bring out the wider implications (but be realistic about the significance of the work) and future directions, e.g.

These results indicate selection of oviposition sites, by females, on the basis of flow rate, but the reasons for such selectivity are not known. Flow rate has been implicated in other studies of aquatic insects as being of importance for preventing low oxygen conditions developing (a stress to which developing eggs may be particularly sensitive) (Armherst 1989). High flow may also reduce the ability of egg parasitoids to search the plants (Girton and Jenner 1976). A critical part of assessing the basis of site choice, and evaluating the role of the underwater environment will be measurement of egg and larval survival in weed beds of different flow rates.

It seems likely that the patterns observed in Caloptéryx in a single section of the river may also be important in determining choice of habitat between different river sections or even different rivers with high or flow rates. This also raises the unwelcome possibility that quite subtle changes in flow caused by water abstraction and river regulation (a problem on a neighbouring stream to the study site) could cause marked interference with Caloptéryx breeding and even loss of the species from a river system.

The Discussion should not contain new results (except occasionally for small additional analyses of the data that have arisen as a direct consequence of interpretation of the main results - and that shed light upon the questions in the paper). Also avoid over-extending the implications of what was found. A slight trend in the results from one particular experiment may not be an entirely sound basis from which to challenge the fundamental tenets of evolutionary biology. (On the other hand it just could be the skill is in spotting the few occasions when it is!).

Overall, keep the focus of the discussion firmly on the results, don’t wander off into ten pages of philosophical discourse on the state of the field in general. And keep the volume and depth of the discussion in proportion to the rest of the paper, and to the significance (biological rather than statistical) of the results.

B.2.7 Acknowledgements

This is the place to acknowledge persons or organizations who have made significant contributions to the execution of the work. For example: funding bodies, people who have contributed ideas or assisted with some of the actual work, landowners giving access to sites, specialists who have made identifications and people who have read and commented on the manuscript. Don’t get carried away—there’s no need to thank every friend, relation and loved one for general help through life’s little crises.

B.2.8 Literature cited / References

This section should provide a complete listing of all, and only, references cited in the text of the report. There are three things to consider here:

How to cite it in the text

How to construct a reference list

B.2.8.1 What to cite

We should cite appropriate references wherever a point of substance (fact, or opinion) is made that is not our own or may not be regarded as common knowledge. par exemple.

Several species in the genus Calopteryx perform a complex `wing floating’ display as part of the courtship behaviour (Malmquist 1956)

This behaviour is generally considered to be a display of male quality (Fredenholm 1978, Summers 1991).

Absence of citation is taken to indicate either the author’s own view or a result generated by the present study:

The function of this behaviour may be to signal the flow rate, and hence quality of a patch, to a female.

…or something sufficiently well known to be regarded as common knowledge:

Damselflies are predatory both in the larval and adult stages.

B.2.8.2 Styles of citation

If writing a manuscript for publication in a scientific journal, obviously use the style of the journal in question (exactly—including punctuation). When writing any other type of report, we can choose our own style, but if in doubt the easiest approach is probably to follow the style of a major journal in the appropriate subject area. There are two main styles in widespread use:

The most common (and most straightforward) cites references in the text using names and dates, and lists all references alphabetically in the reference list.

Wide fluctuations in temperature reduce egg viability (Smith 1987).

Smith (1987) found that wide variations in temperature reduced egg viability.

And in the reference list:

Smith, A. J. (1987) The effect of temperature on egg development and survival in the damselfly Calopteryx virgo. J. Zool. (Londres.) 47: 231-243.

Note that the necessary information about the journal is the: journal title, the volume number (47) and the pages of the article (231-243). Journals often also have a part number, e.g., volume 47(2). There is no to include this in the citation the page numbers should be sufficient.

The list should be in alphabetical order by first author. If there is more than one reference by the same author then order them by date. If there are papers with the same first author but different second/third authors then these come after the single author papers by the first author, and in alphabetical order by second, third, etc. authors, e.g.,

Smith A J (1987)…
Smith A J (1989)…
Smith A J, Girton S and Mackay R H (1984)…
Smith A J and Wallis K C (1983)…
Smith A J and Wallis K C (1985)…

If several citations by the same author in the same year are in the list, then denote them with letters e.g.

Smith, A. J. (1987a) The effect of temperature on egg development and survival in the damselfly Calopteryx virgo. J. Zool. (Londres.) 47: 231-243 Smith, A. J. (1987b) The oviposition behaviour of Calopteryx virgo (Odonata: Zygoptera). Anim. Comportez-vous. 27: 197-209

The other main style is to use numerical superscripts (or equivalent) in the text, numbering the references in the order in which they are mentioned in the text, and ordering the final reference list in the same way, e.g.

Wide fluctuations in temperature reduce egg viability 23 . Smith 23 found that wide variations in temperature reduced egg viability.

  1. Wilcove H, Papapangiotou L A and Lu, X (1978) Mating strategies in a calopterygid damselfly. Anim. Comportez-vous. 16:21-30
  2. Smith A J (1987) The effect of temperature on egg development and survival in the damselfly Calopteryx virgo. J. Zool. (Londres.) 47:231-243
  3. Morris L L (1991) A model of territory switching behaviour. Un m. Nat. 230:390-395

In many journals using this system, the titles of the references in the list are also omitted e.g.

This is done purely to save space, so unless we are specifically asked to do this it is best to include the complete reference. Although such numerical systems usually require the reference list to be ordered by number, it is possible (and much more convenient) to use an alphabetical listing even if numbers are used in the text (alphabetically ordered references are numbered in order and then the numbers used in the text instead of names). The advantage to a numbering system is that is saves space in the text, the disadvantage is that the numbers don’t tell a reader which paper is being referred to as they read—they have to keep looking them up in the list.

Some final points to bear in mind about references and their citation: 1) every reference cited in the text must appear in the reference list, and every reference in the list must appear in the text 2) we should never cite something we’ve not seen. If we need to cite something we have seen discussed or cited somewhere else, but haven’t seen our self (and cannot get hold of) we should make it clear that we’re citing someone else’s interpretation of the original reference, e.g.,

In the list we should then give the full citation for Smith (1987), not Jones (1928).

There are standard abbreviations for journal names. These are often given in the journal itself, and are available on a list in the Library, or can be found by looking up the journal on Biological Abstracts. If we don’t know what the standard abbreviation is, and it is not obvious, then it’s best to use the full name rather than making up a new abbreviation.

Use a reference manager!

Managing citations and generating reference lists can be a painful process, especially when everything is done ‘manually’ (cut and paste, cut and paste, cut and paste…). These days a number of reasonably good reference managers (software packages) are available to help with the process of managing references, inserting citations, formatting, and generating reference lists. Endnote, Mendeley and Papers are probably the most popular, but there are many different options. Choose one, and learn how to use it. This will save a huge amount of effort in the long run.

B.2.9 Appendices

Use appendices for large amounts of raw data, long species lists, detailed mathematical or laboratory working, of a non-standard method, or (short) program listings, but only where the inclusion of such information markedly enhances the usefulness of the paper. Normally such appendices are not required. Avoid using them just to show how much work went into a study!


An Introduction to Bayesian Data Analysis for Cognitive Science

Load the following data. These data are from Experiment 1 in a set of reading studies on Persian (Safavi, Husain, and Vasishth 2016) . This is a self-paced reading study on particle-verb constructions, with a (2 imes 2) design: distance (short, long) and predictability (predictable, unpredictable). The data are from a critical region in the sentence. All the data from the Safavi, Husain, and Vasishth (2016) paper are available from https://github.com/vasishth/SafaviEtAl2016.

  • Distance=short and Predictability=unpredictable
  • Distance=short and Predictability=predictable
  • Distance=long and Predictability=unpredictable
  • Distance=long and Predictability=predictable

The researcher wants to do the following sets of hypothesis tests:

Compare the condition labeled Distance=short and Predictability=unpredictable with each of the following conditions:

  • Distance=short and Predictability=predictable
  • Distance=long and Predictability=unpredictable
  • Distance=long and Predictability=predictable
  • Which contrast coding is needed for such a comparison?
  • First, define the relevant contrast coding. Hint: You can do it by creating a condition column labeled a,b,c,d and then use a built-in contrast coding function.
  • Then, use the hypr library function to confirm that your contrast coding actually does the hypothesis tests you need.
  • Fit a simple linear model with the above contrast coding and display the slopes, which constitute the relevant comparisons.
  • Now, compute each of the four conditions’ means and check that the slopes from the linear model correspond to the relevant differences between means that you obtained from the data.

The data come from an eyetracking study in German reported in Vasishth et al. (2008) . The experiment is a reading study involving six conditions. The sentences are in English, but the original design was involved German sentences. In German, the word durchaus (certainly) is a positive polarity item: in the constructions used in this experiment, durchaus cannot have a c-commanding element that is a negative polarity item licensor. Here are the conditions:

  • Negative polarity items
      1. Grammatical: No man who had a beard was ever thrifty.
      1. Ungrammatical (Intrusive NPI licensor): A man who had no beard was ever thrifty.
      1. Ungrammatical: A man who had a beard was ever thrifty.
      1. Ungrammatical: No man who had a beard was certainly thrifty.
      1. Grammatical (Intrusive NPI licensor): A man who had no beard was certainly thrifty.
      1. Grammatical: A man who had a beard was certainly thrifty.

    We will focus only on re-reading time in this data-set. Subset the data so that we only have re-reading times in the data-frame:

    The comparisons we are interested in are:

    • What is the difference in reading time between negative polarity items and positive polarity items?
    • Within negative polarity items, what is the difference between grammatical and ungrammatical conditions?
    • Within negative polarity items, what is the difference between the two ungrammatical conditions?
    • Within positive polarity items, what is the difference between grammatical and ungrammatical conditions?
    • Within positive polarity items, what is the difference between the two grammatical conditions?

    Use the hypr package to specify the comparisons specified above, and then extract the contrast matrix. Finally, specify the contrasts to the condition column in the data frame. Fit a linear model using this contrast specification, and then check that the estimates from the model match the mean differences between the conditions being compared.

    • How many comparisons can one make in a single model when there is a single factor with four levels? Why can we not code four comparisons?
    • How many comparisons can one code in a model where there are two factors, one with 3 levels and one with 2 levels?
    • How about a model for a 2 x 2 x 3 design?

    Les références

    Safavi, Molood Sadat, Samar Husain, and Shravan Vasishth. 2016. “Dependency Resolution Difficulty Increases with Distance in Persian Separable Complex Predicates: Implications for Expectation and Memory-Based Accounts.” Frontiers in Psychology 7 (403).

    Vasishth, Shravan, Sven Bruessow, Richard L. Lewis, and Heiner Drenhaus. 2008. “Processing Polarity: How the Ungrammatical Intrudes on the Grammatical.” Sciences cognitives 32 (4, 4): 685–712.


    Voir la vidéo: METHYLATION, CEST QUOI? (Février 2023).