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Comprendre les codes d'identification communs (ID) dans les bases de données biologiques

Comprendre les codes d'identification communs (ID) dans les bases de données biologiques


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Je sais que c'est très basique mais j'aimerais le comprendre et il est difficile de savoir par où commencer avec une nouvelle base de données.

j'ai la sortie :

sp|Q9NZT1|CALL5_HUMAN

Cependant, je ne sais pas exactement à quoi cela fait référence.

  • Q9NZT1 q est-il un identifiant unique ?
  • CALL5_HUMAN est-il également unique ?
  • Doit-on utiliser les deux ensemble pour obtenir des informations ?

  • Combien de types d'identité existe-t-il ?


Codes d'identification de biologie communs.

  • APD : 2BIB par exemple. Code à 4 lettres pour une structure spécifique.

  • Unipro : Q9NZT1 par exemple. Une combinaison de six lettres de chiffres et de lettres pour un enregistrement TrEMBL ou Swissprot. Cet enregistrement contient des informations sur les domaines et Uniprot renvoie à de nombreuses choses utiles telles que les bases de données d'interaction, les ensembles de données de redondance, etc.

  • Pfam : X1WG39_DANRE Un identifiant uniprot suivi d'un identifiant. Étroitement lié à Uniprot, mais avec un accent sur les domaines.

  • NCBI : NP_000108.1 Par exemple. Ces identifiants sont liés à un gène, un transcrit ou une protéine dans refseq. Dans un enregistrement NCBI, il existe deux distinctions principales dans le préfixe du code d'identification : les assertions hypothétiques/automatiques (XM_, XR_ et XP_) et les assertions organisées manuellement (NM_, NR_ et NP_). Ceci est suivi d'un numéro à 6 chiffres, et parfois suivi d'un "." et un nombre, indiquant une isoforme d'épissage.


Identifiants Uniprot

Je ne sais pas où vous avez obtenu cette sortie, cela semble donc une étrange concaténation d'informations Uniprot.

Q9NZT1 est en effet l'identifiant unique d'Uniprot. Ceci est spécifique à uniprot.

CALL5_HUMAN est le "nom du gène" ou "Identifiant" et s'étend souvent sur différentes bases de données pour ce gène. C'est un peu plus en arrière, mais ce n'est essentiellement pas unique en raison des isoformes d'épissure.

Il existe de nombreux ID dans uniprot, et de nombreux types. Déjà ci-dessous, vous remarquerez que certains sont des prot suisses, d'autres sont Trembl. Ce sont les principaux types. Swissprot sont examinés manuellement, tandis que Trembl est une collection automatiquement compilée.

Il existe de nombreux types de codes d'accession différents, chaque base de données utilisant sa propre nomenclature que vous rencontrerez. Malheureusement, il y en a trop pour les énumérer ici de manière exhaustive.


Identifiant

Les identificateurs sont des symboles utilisés pour identifier de manière unique un élément de programme dans le code. Ils sont également utilisés pour désigner des types, des constantes, des macros et des paramètres. Un nom d'identifiant doit indiquer la signification et l'utilisation de l'élément auquel il est fait référence.

C# est un langage de programmation qui est compilé et dont l'implémentation est telle que les identifiants ne sont que des entités de compilation. Lors de l'exécution, chaque identifiant sera référencé par sa référence à l'adresse mémoire et le compilateur lui aura attribué son jeton d'identifiant textuel.


Suffixes communs

(-ase) : désignant une enzyme. Dans la dénomination des enzymes, ce suffixe est ajouté à la fin du nom du substrat.

(-derm ou -derme) : désigne un tissu ou une peau.

(-ectomie ou -stomie) : se rapporte à l'acte de découpe ou d'ablation chirurgicale d'un tissu.

(-émie ou -émie) : se rapportant à un état du sang ou à la présence d'une substance dans le sang.

(-génique) : signifie donner naissance, produire ou former.

(-itis) : désignant une inflammation, généralement d'un tissu ou d'un organe.

(-kinesis ou -kinesia) : indiquant une activité ou un mouvement.

(-lyse) : se référant à la dégradation, la décomposition, l'éclatement ou la libération.

(-oma) : indiquant une croissance anormale ou une tumeur.

(-osis ou -otic) : indiquant une maladie ou une production anormale d'une substance.

(-otomie ou -tomie) : désignant une incision ou une coupe chirurgicale.

(-penia) : se rapportant à une déficience ou à un manque.

(-phage ou -phagie) : action de manger ou de consommer.

(-phile ou -philic) : avoir une affinité ou une forte attirance pour quelque chose de spécifique.

(-plasmo ou -plasmo) : désigne un tissu ou une substance vivante.

(-scope) : désignant un instrument utilisé pour l'observation ou l'examen.

(-stasis) : indique le maintien d'un état constant.

(-troph ou -trophée) : se rapportant à la nourriture ou à une méthode d'acquisition de nutriments.


OBJECTIFS DE PERFORMANCE DU LAB 15

Après avoir terminé ce laboratoire, l'étudiant sera en mesure d'effectuer les objectifs suivants :

1. Nommez trois espèces communes d'importance clinique Staphylocoque et indiquer quelle espèce est la plus pathogène.

2. Indiquer les sources et le portail d'entrée pour la plupart Staphylococcus aureus infections.

3. Nommez et décrivez trois types d'abcès causés par Staphylococcus aureus.

4. Nommez quatre systémiques Staphylococcus aureus infections.

5. Énoncez l'importance de Staphylococcus aureus l'entérotoxine, l'exotoxine TSST-1 et l'exotoxine exfoliatine.

6. Nommez l'infection normalement causée par Staphylococcus saprophyticus.

7. Nommez les types d'infections les plus souvent causées par des staphylocoques à coagulase négative autres que Staphylococcus saprophyticus.

ISOLEMENT ET IDENTIFICATION DES STAPHYLOCOCCI

2. Décrire les réactions typiques de S. aureus, S. epidermidis, et S. saprophyticus sur chacun des supports suivants :

une. Gélose au sang (pigment, hémolyse, résistance à la novobiocine)

b. Gélose au sel de mannitol (pour la fermentation du mannitol)

c. Gélose DNase (pour l'enzyme DNase)

ré. test de coagulase avec plasma de lapin citraté

e. Test Staphyloslide® pour la coagulase liée et/ou la protéine A

1. Reconnaître les staphylocoques dans une préparation de coloration de Gram.

2. Reconnaître un organisme comme Staphylococcus aureus et indiquez les raisons pour lesquelles après avoir vu les résultats de ce qui suit :


Comprendre les codes d'identification communs (ID) dans les bases de données de biologie - Biologie

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        Un rapport First Look unique publié par le NCES décrit les effets de la pandémie de COVID-19 sur les étudiants de niveau postsecondaire. » Plus d'infos

        Les dépenses courantes par élève sur une base nationale ont augmenté de 2,1 pour cent à 13 187 $ de l'exercice 19 à l'exercice 18, après une augmentation de 0,9 pour cent entre l'exercice 17 et l'exercice 18, après ajustement pour l'inflation.

        Les augmentations des dépenses courantes par élève de l'exercice 18 à l'exercice 19 ont été parmi les cinq plus élevées en Oklahoma (10,3 %), à Washington (8,2 %), au Colorado (5,9 %), en Californie (5,5 %) et en Virginie-Occidentale (3,9 %). » Plus d'infos

        Un nouveau rapport examine les compétences en littératie et en numératie des jeunes adultes américains lors de leur transition vers la vie post-secondaire et comment celles-ci sont liées à leurs compétences antérieures en lecture et en mathématiques dans le cadre du Programme international pour le suivi des acquis des élèves (PISA). » Plus d'infos

        Les État de l'éducation est un rapport annuel au Congrès résumant les développements et les tendances importants du système éducatif américain. Le rapport présente 50 indicateurs sur des sujets allant de la prématernelle à l'enseignement postsecondaire, ainsi que les résultats sur le marché du travail et des comparaisons internationales. Découvrez comment vous pouvez utiliser le État de l'éducation pour rester informé des dernières données sur l'éducation.

        Les scores sont rapportés sur une échelle de 0 à 1 000. Voir la figure M2b du TIMSS 2019 U.S. Highlights Results.
        LA SOURCE: Association internationale pour l'évaluation des résultats scolaires (IEA), Trends in International Mathematics and Science Study (TIMSS), 2019.

        État de l'éducation

        Parcourez les indicateurs clés sur l'état de l'éducation aux États-Unis à tous les niveaux, de la prématernelle au postsecondaire, ainsi que les résultats sur le marché du travail et les comparaisons internationales. Les indicateurs résument les évolutions et tendances importantes en utilisant les dernières statistiques, qui sont mises à jour tout au long de l'année à mesure que de nouvelles données deviennent disponibles.


        Les jointures SQL expliquées

        Une base de données relationnelle n'est en fin de compte qu'une collection de tables de données, dont chacune est utile en soi, mais exponentiellement plus utile lorsqu'elle est jointe à ses voisines. Les futurs scientifiques des données auront une longueur d'avance sur la concurrence s'ils entrent dans leur premier cours SQL avec une compréhension de base des quatre types de jointure essentiels, qui non seulement fusionner des données sur la sortie mais aussi filtre pour afficher un sous-ensemble spécifique d'enregistrements. Avant d'explorer comment les jointures définissent les relations entre les tables, nous devons d'abord comprendre ce qu'est un champ clé est.

        Champs clés

        Nous aborderons deux types de champs clés : clés primaires et clés étrangères. Une clé primaire est un champ ou une colonne qui identifie de manière unique chaque ligne ou enregistrement de la table. Une table doit avoir exactement une clé primaire pour être qualifiée de relationnelle, mais cette clé peut être composée de plusieurs colonnes.

        Une clé étrangère, en revanche, est un ou plusieurs champs ou colonnes qui correspondent à la clé primaire d'une autre table. Les clés étrangères sont ce qui permet de joindre des tables entre elles.

        Dans l'ensemble des tableaux ci-dessous, par exemple, kid_id est la clé primaire pour KIDS et chore_id est une clé étrangère correspondant à un champ du même nom dans CHORES. Notez que CHORES n'a pas de clé étrangère pour KIDS.

        Vous vous demandez peut-être pourquoi kid_name n'est pas la clé primaire de la table KIDS. Ses valeurs sont en effet uniques par enregistrement, mais que se passe-t-il si nous commençons à ajouter des enregistrements à la table ? Dès qu'un nouveau Steve différent est ajouté à la table KIDS, kid_name cesse d'être unique par enregistrement. C'est pourquoi c'est une bonne idée que la clé primaire n'ait qu'un seul travail : la localisation des enregistrements.

        Parce que KIDS a une clé étrangère correspondant à une clé primaire dans CHORES (chore_id), nous savons que nous pouvons joindre ces deux tables pour en faire une. Comment ce qui se passe, cependant, dépendra du type de jointure.

        Jointures externes complètes

        La jointure de base de données la plus basique est ce qu'on appelle une jointure externe complète. La sortie contient tous les identifiants principaux des deux tables et tous les champs des deux tables, que les enregistrements aient ou non des correspondances dans la table opposée. Si, dans le diagramme ci-dessous, nous représentons les données qui apparaîtront dans la sortie en utilisant la couleur bleue, nous pouvons voir que tous les enregistrements des deux tables seront renvoyés.

        Regardons un nouvel exemple. Considérez les tableaux suivants trouvés dans une base de données universitaire.

        Si nous effectuons une jointure SQL externe complète sur rm_id, en conservant tous les identifiants primaires dans les deux tables ainsi que dans toutes les colonnes, en triant par course_id ascendant, nous obtenons la sortie suivante :

        Comme Developmental Psychology 2 n'a pas encore été assigné à une salle, il n'y a pas de correspondance dans la table ROOM. HUM311 n'a pas non plus été affecté à un cours, il n'a donc aucune correspondance dans la table COURS. Par conséquent, il y a beaucoup de valeurs nulles ou vides dans la sortie, ce qui est assez typique des jointures externes complètes. L'objectif est d'être global, ce qui n'est pas le cas pour les autres types de jointure. Si, par exemple, nous étions uniquement intéressés par les cours avec salles, nous pourrions utiliser une jointure externe gauche à la place.

        Jointures externes gauche et droite

        Les jointures externes gauches utilisent tous les identifiants principaux de la table de gauche et tous les champs des deux tables. Dans le diagramme ci-dessous, nous voyons que tous les enregistrements de la table de gauche apparaissent dans la sortie, avec ceux de la table de droite, tant qu'ils ont des correspondances dans la gauche.

        En revenant à notre exemple collégial, une jointure externe gauche des deux tables d'origine donnerait ce qui suit :

        Notez que HUM311 est introuvable sur cette table. C'est parce qu'il n'a pas de clé primaire dans la table de gauche (parce que c'est une salle, pas un cours) ni associé à un cours. Nous commençons à voir comment les jointures peuvent agir comme des filtres en restreignant les enregistrements renvoyés par la requête.

        Le miroir opposé à une jointure externe gauche est, comme vous l'avez peut-être deviné, une jointure externe droite. Dans une jointure externe droite, tous les identifiants principaux de la table de droite apparaissent dans la sortie avec toutes les colonnes des deux tables.

        Cette fois, c'est la classe PSY302 qui ne fait pas la différence.

        Toutes les salles sont automatiquement incluses dans la sortie, mais les seuls cours qui seront renvoyés, dans ce cas, sont ceux auxquels des salles ont été attribuées. PSY302 n'a pas encore reçu de chambre et est donc exclu du tableau résultant.

        Jointures SQL internes

        Le quatrième et dernier type de jointure de base est une jointure interne. Ici, les seuls enregistrements que nous souhaitons renvoyer en sortie sont ceux référencés dans les deux les tables.

        Ainsi, dans notre exemple de cours et de salles, les cours sans salles sont supprimés, tout comme les salles sans cours. Il ne nous reste plus que les cours de sciences et leurs salles respectives :

        Semi-jointures et anti-jointures

        Intérieur, extérieur gauche, extérieur droit et extérieur complet sont les quatre types de jointures de base que vous devez connaître lorsque vous vous lancez dans SQL, mais il existe également d'autres jointures moins courantes à explorer. Les semi-jointures, contrairement aux jointures que nous avons examinées jusqu'à présent, ne pas renvoie toutes les colonnes des deux tables. Au lieu de cela, ils renvoient simplement les colonnes de la table de gauche et les enregistrements avec des correspondances dans la table de droite. Si nous devions schématiser ce concept, cela pourrait ressembler à ceci :

        La sortie ressemblerait à la sortie résultant d'une jointure interne, sauf que les colonnes spécifiques à la table B (ROOM) seraient manquantes :

        Une anti-jointure est l'opposé d'une semi-jointure, nous ne renvoyons que les enregistrements de la table A qui ne pas ont des correspondances dans le tableau B.

        Étant donné que seul le cours de psychologie n'a pas de salle assignée, ce serait le seul enregistrement à apparaître à la sortie :

        Une fois que vous maîtrisez ces types de jointures de base, vous pouvez explorer les jointures par formules, telles que celles contenant des instructions conditionnelles, des plages et des calculs ! SQL est un langage si polyvalent que les options de jointure sont pratiquement infinies. Comprendre ces quatre concepts principaux vous aidera à vous préparer à d'autres leçons sur les bases de données, la science des données et l'analyse.


        Structures de base de données

        Toutes les plates-formes de base de données prises en charge ont une configuration similaire de tables et de sources de données.

        Ce diagramme illustre les propriétaires et les bases de données pour quatre plates-formes différentes :

        Figure 5-1 Exemple de structure de propriétaires et de bases de données

        Structure Oracle et JD Edwards EnterpriseOne

        L'architecture de base d'une base de données Oracle comprend de nombreuses structures de stockage logiques et physiques différentes.

        En règle générale, une base de données Oracle est divisée en une ou plusieurs structures de stockage logiques. Les structures de plus haut niveau sont les espaces table et le schéma utilisateur. Ces structures fournissent deux catégories dans lesquelles les données peuvent être logiquement regroupées. Les données appartenant à un espace table peuvent appartenir à différents schémas et les données d'un schéma peuvent appartenir à différents espaces table.

        Les unités physiques de stockage de la base de données, les fichiers de données, sont associées à des espaces table selon la structure logique de la base de données. Par exemple, des espaces table peuvent être créés pour séparer différentes catégories de données. Les espaces table sont divisés en divisions logiques plus petites appelées segments, qui sont ensuite divisées en étendues et blocs de données. Ces niveaux de stockage de données permettent de contrôler la manière dont les fichiers de données sont alloués au stockage physique.

        Un schéma est un ensemble d'objets associés à un utilisateur. Les objets de schéma incluent des tables et d'autres structures de données utilisées par la base de données. Ces objets ne correspondent pas directement aux fichiers de données stockés sur le serveur. Les données de chaque objet sont stockées dans un ou plusieurs fichiers de données dans un espace table. Vous pouvez spécifier l'espace alloué aux tables et à quelques autres objets.

        Un schéma est un ensemble d'objets associés à un utilisateur. Les objets de schéma incluent des tables et d'autres structures de données utilisées par la base de données. Ces objets ne correspondent pas directement aux fichiers de données stockés sur le serveur. Les données de chaque objet sont stockées dans un ou plusieurs fichiers de données dans un espace table. Vous pouvez spécifier l'espace alloué aux tables et à quelques autres objets.

        Ce diagramme illustre la structure Oracle avec JD Edwards EnterpriseOne :

        Figure 5-2 Structure Oracle et JD Edwards EnterpriseOne

        Structure SQL Server et JD Edwards EnterpriseOne

        SQL Server fournit une plate-forme complète qui facilite la conception, la création, la gestion et l'utilisation de solutions d'entreposage de données qui permettent à votre organisation de prendre des décisions commerciales efficaces sur la base d'informations opportunes et précises. SQL Server fournit neuf bases de données distinctes avec JD Edwards EnterpriseOne lors d'une installation.

        Ce diagramme illustre la structure SQL avec JD Edwards EnterpriseOne :

        Figure 5-3 Structure SQL avec JD Edwards EnterpriseOne

        Structure de serveur DB2 pour IBM i et JD Edwards EnterpriseOne

        DB2 pour IBM i est le gestionnaire de base de données relationnelle entièrement intégré et fournit de nombreuses fonctions et fonctionnalités telles que des déclencheurs, des procédures stockées et une indexation bitmap dynamique qui servent une grande variété de types d'applications. Ces applications vont des applications traditionnelles basées sur l'hôte aux solutions client/serveur en passant par les applications de business intelligence.

        Dans le système IBM i, chaque fichier (également appelé objet fichier) possède une description qui décrit les caractéristiques du fichier et la manière dont les données associées au fichier sont organisées en enregistrements et en zones dans les enregistrements. Le système d'exploitation utilise cette description chaque fois qu'un fichier est traité.

        Les installations DB2 pour IBM i stockent toutes les tables dans leurs sources de données respectives dans une seule base de données.

        Ce diagramme illustre la structure DB2 pour IBM i avec JD Edwards EnterpriseOne :

        Figure 5-4 Structure de DB2 pour IBM i avec JD Edwards EnterpriseOne

        IBM DB2 pour LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4 Structure pour JD Edwards EnterpriseOne

        Chaque élément de données dans une base de données est stocké dans une colonne d'une table, et chaque colonne est définie pour avoir un type de données. Le type de données impose des limites aux types de valeurs que vous pouvez mettre dans la colonne et aux opérations que vous pouvez effectuer sur celles-ci. DB2 for IBM i inclut un ensemble de types de données intégrés avec des caractéristiques et des comportements définis : chaînes de caractères, nombres, valeurs date/heure, objets volumineux, valeurs nulles, chaînes graphiques, chaînes binaires et liaisons de données.

        Lors de l'organisation des données dans des tableaux, il est avantageux de regrouper les tableaux et autres objets associés. Cela se fait en définissant un schéma. Les informations sur le schéma sont conservées dans les tables du catalogue système de la base de données à laquelle vous êtes connecté. Au fur et à mesure que d'autres objets sont créés, ils peuvent être placés dans ce schéma.

        Chaque schéma possède un ensemble de quatre tablespaces dédiés dans lesquels les données sont physiquement stockées. IBM recommande que chaque tablespace soit stocké sur une unité de disque distincte.

        Ce diagramme illustre la structure IBM DB2 pour LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4 avec JD Edwards EnterpriseOne :

        Figure 5-5 Schémas et tablespaces pour IBM DB2 for LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4

        Figure 5-6 Schémas et tablespaces pour IBM DB2 for LUW (Linux, UNIX, Windows) 8.1.4


        Comprendre les codes d'identification (ID) communs dans les bases de données de biologie - Biologie

        Le Federal Bureau of Investigation (FBI) des États-Unis a été un chef de file dans le développement de la technologie de typage ADN pour l'identification des auteurs de crimes violents. En 1997, le FBI a annoncé la sélection de 13 loci STR pour constituer le noyau de la base de données nationale des États-Unis, CODIS. Toutes les STR de CODIS sont des séquences répétées tétramères. Tous les laboratoires médico-légaux qui utilisent le système CODIS peuvent contribuer à une base de données nationale. Les analystes ADN comme Bob Blackett peuvent également tenter de faire correspondre le profil ADN des preuves sur la scène du crime aux profils ADN déjà présents dans la base de données.

        Le système CODIS STR présente de nombreux avantages :

        • Le système CODIS a été largement adopté par les analystes médico-légaux de l'ADN
        • Les allèles STR peuvent être rapidement déterminés à l'aide de kits disponibles dans le commerce.
        • Les allèles STR sont discrets et se comportent selon les principes connus de la génétique des populations
        • Les données sont numériques, et donc idéalement adaptées aux bases de données informatiques
        • Des laboratoires du monde entier contribuent à l'analyse de la fréquence des allèles STR dans différentes populations humaines
        • Les profils STR peuvent être déterminés avec de très petites quantités d'ADN

        Un profil ADN : les 13 loci CODIS STR

        Dans le cadre de sa formation et de ses tests de compétence pour l'analyse du profil ADN des polymorphismes STR (Short Tandem Repeat), le scientifique judiciaire et analyste ADN Bob Blackett a créé un profil ADN sur son propre ADN. Voici le profil ADN de Bob pour les 13 principaux loci génétiques de la base de données nationale des États-Unis, CODIS (Combined DNA Index System) :


        Lieu D3S1358 vWA FGA D8S1179 D21S11 D18S51 D5S818
        Génotype 15, 18 16, 16 19, 24 12, 13 29, 31 12, 13 11, 13
        La fréquence 8.2% 4.4% 1.7% 9.9% 2.3% 4.3% 13%

        Lieu D13S317 D7S820 D16S539 THO1 TPOX CSF1PO AMEL
        Génotype 11, 11 10, 10 11, 11 9, 9.3 8, 8 11, 11 X Y
        La fréquence 1.2% 6.3% 9.5% 9.6% 3.52% 7.2% (Homme)

        Pour chaque locus génétique, Bob a déterminé son « génotype » et la fréquence attendue de son génotype à chaque locus dans un échantillon de population représentatif. Par exemple, au locus génétique connu sous le nom de "D3S1358", Bob a le génotype "15, 18". Ce génotype est partagé par environ 8,2% de la population. En combinant les informations de fréquence pour les 13 loci CODIS, Bob peut calculer que la fréquence de son profil serait de 1 sur 7,7 quadrillions de Caucasiens (1 sur 7,7 fois 10 à la puissance 15 !

        Dans son travail médico-légal sur l'ADN, Bob compare souvent le profil ADN des preuves biologiques d'une scène de crime avec un échantillon de référence connu d'une victime ou d'un suspect. Si deux échantillons ont des génotypes correspondants dans les 13 loci CODIS, il est pratiquement certain que les deux échantillons d'ADN proviennent du même individu (ou d'un jumeau identique).


        • Le système de classification est en constante évolution avec l'avancement de la technologie.
        • Le système de classification le plus récent comprend cinq règnes qui sont ensuite divisés en phylum, classe, ordre, famille, genre et espèce.
        • Les micro-organismes se voient attribuer un nom scientifique en utilisant la nomenclature binomiale.
        • empreinte génétique: Une méthode d'isolement et de cartographie des séquences d'ADN d'une cellule pour l'identifier.

        La vie sur Terre est célèbre pour sa diversité. Partout dans le monde, nous pouvons trouver des millions de formes de vie différentes. La classification biologique aide à identifier chaque forme en fonction de propriétés communes (similitudes) à l'aide d'un ensemble de règles et d'une estimation de son degré de parenté avec un ancêtre commun (relation évolutive) de manière à créer un ordre. En apprenant à reconnaître certains modèles et à les classer en groupes spécifiques, les biologistes sont mieux à même de comprendre les relations qui existent entre une variété de formes vivantes qui habitent la planète.

        Chiffre: Classification d'E. coli: Domaine : Bactéries, Règne : Eubactéries, Embranchement : Protéobactéries, Classe : Gammaproteobacteria, Ordre : Enterobacteriales, Famille : Enterobacteriaceae, Genre : Escherichia, Espèce : E. coli.

        Le premier, le plus grand et le plus inclusif groupe dans lequel les organismes sont classés s'appelle un domaine et comporte trois sous-groupes : les bactéries, les archae et les eucaryas. Ce premier groupe définit si un organisme est un procaryote ou un eucaryote. Le domaine a été proposé par le microbiologiste et physicien Carl Woese en 1978 et est basé sur l'identification de similitudes dans les séquences d'ARN ribosomique de micro-organismes.

        Le deuxième plus grand groupe s'appelle un royaume. Cinq règnes majeurs ont été décrits et comprennent les procaryotes (par exemple les archées et les bactéries), les protoctistes (par exemple les protozoaires et les algues), les champignons, les plantes et les animaux. Un royaume est ensuite divisé en phylum ou division, classe, ordre, famille, genre et espèce, qui est le plus petit groupe.

        La science de la classification des organismes est appelée taxonomie et les groupes constituant la hiérarchie de classification sont appelés taxons. La taxonomie consiste à classer de nouveaux organismes ou à reclasser des organismes existants. Les micro-organismes sont reconnus scientifiquement à l'aide d'une nomenclature binomiale utilisant deux mots qui font référence au genre et à l'espèce. Les noms attribués aux micro-organismes sont en latin. La première lettre du nom de genre est toujours en majuscule. La classification des micro-organismes a été largement facilitée par des études de fossiles et récemment par le séquençage de l'ADN. Les méthodes de classification sont en constante évolution. Les méthodes les plus largement utilisées pour classer les microbes sont les caractéristiques morphologiques, la coloration différentielle, les tests biochimiques, les empreintes génétiques ou la composition de base de l'ADN, la réaction en chaîne par polymérase et les puces à ADN.


        Mélanger et assortir les acides aminés

        Quand les ribosomes sont-ils utilisés dans le processus de synthèse des protéines ? Lorsque la cellule a besoin de fabriquer une protéine, l'ARNm est créé dans le noyau. Les ARNm est ensuite envoyé hors du noyau et vers les ribosomes. Lorsqu'il est temps de fabriquer la protéine, les deux sous-unités se réunissent et se combinent avec l'ARNm. Les sous-unités se verrouillent sur l'ARNm et démarrent la synthèse des protéines.

        Le processus de fabrication des protéines est assez simple. Tout d'abord, vous avez besoin d'un acide aminé. Un autre acide nucléique qui vit dans la cellule est transférer l'ARN. L'ARNt est lié aux acides aminés flottant autour de la cellule. Avec les instructions d'offre d'ARNm, le ribosome se connecte à un ARNt et retire un acide aminé. L'ARNt est ensuite libéré dans la cellule et se fixe à un autre acide aminé. Le ribosome construit une longue chaîne d'acides aminés (polypeptide) qui fera éventuellement partie d'une protéine plus grosse.