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Outil Web pour concevoir un ARN guide (ARNg) à utiliser avec CRISPR-AsCpf1 ?

Outil Web pour concevoir un ARN guide (ARNg) à utiliser avec CRISPR-AsCpf1 ?


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Mes objectifs sont d'utiliser un outil Web gratuit pour :

  1. Identifier les ARN guides (séquence à répétition directe suivie de la séquence de ciblage) approprié pour une utilisation avec AsCpf1 en ordre cibler un segment spécifique de l'ADN génomique.
  2. Estimer l'efficacité et la spécificité d'utiliser les ARN guides identifiés par l'outil.

Malheureusement, lorsque j'ai essayé de le faire à l'aide de l'outil CRISPOR, le "Statut du travail" n'a jamais dépassé le stade "En attente", même après 10 minutes. Ci-joint une capture d'écran pour montrer ce que je vois.

Plus précisément, j'ai utilisé les paramètres suivants dans ma requête :

J'ai nommé ma séquence :

Mm Acaca block2de l'alignement BLAT

Dans "Etape 1", j'ai soumis cette séquence :

aactaaatct ccagcatctc catccccttc ttaggtttat ttattttatg ggtatgagtg tatgtccgtg caccacatgt gtgcctggtg tctaccaagg taagtagagg tatacaaacc cttggaattg aattatccac catgccgtca ggtgctggga gcaaattcag gtcctctttt agagcagcaa gtatttccag ccacttagtc acctctgcag ccccttattt tcacagtctt gagacaagaa tctcactctt tagcccatat tggcctggaa ctttaggcag tcctgccgga gtttcagact gctgggatga caggcctgac ccattacgtc cactaaggat ggtttccttt cctgtgagct agcagcatgt agactccaca aggctcctgg ggaagtgttg ttatagtatg ttatagtata gttgcgaaag gaaggttttc agaagatatg ggtattacga agaaattcta tgtaaagttt cttttggatt ctctgtttgt atAGATCCAG CATGTCTGGC TTGCACCTAG TAAAACAAGG TCGAGACAGA AAGAAAATAG ACTCACAACG AGATTTCACT GTGGCTTCTC CAGCAGAATT TGTTACTCGT TTTGGGGGAA ATAAAGTAAT TGAGAAGgta agttaaactt actaaactat ttcgcttgaa gtatgtgaga tttcatgcct agatttgttg tttctgttca aaaggatatt taggttttta gggactttgc ctttttatgc agggctatcc tttctgtctc cctagcatgt tactaataca taatctcact gtgtacctgt gtttttacat

Dans "Etape 2" j'ai sélectionné :

Mus musculus - Souris - UCSC Dec. 2011 (GRCm38/mm10)…

A l'"Etape 3" j'ai sélectionné :

TTTN-23bp - Cpf1 Acidaminococcus / Lachnospiracea

Mes questions sont les suivantes :

  1. Dois-je faire quelque chose différemment pour utiliser l'outil CRISPOR pour mes objectifs ?
  2. Existe-t-il d'autres outils Web gratuits à ma disposition pour atteindre les objectifs que j'ai décrits ci-dessus ?

METTRE À JOUR: J'ai envoyé un e-mail aux gens de CRISPOR, et ils m'ont informé que le site était en panne, mais ils l'ont redémarré depuis. J'espère que leur redémarrage est suffisant, mais je laisserai ma question en suspens dans l'espoir que d'autres pourront m'orienter vers d'autres outils Web.


La plupart des outils en ligne vous aideront uniquement à concevoir des ARNg pour Cas9, car c'est celui qui est le plus couramment utilisé. J'ai trouvé une suite en ligne appelée outils RGEN qui a également une option pour AsCpf1.

Cependant, si vous ne le trouvez pas satisfaisant, je vous suggère de concevoir votre ARNg manuellement ou d'écrire votre propre script (ce qui ne sera pas si complexe).


Outil Web pour concevoir un ARN guide (ARNg) à utiliser avec CRISPR-AsCpf1 ? - La biologie

Destiné principalement, mais pas uniquement, à être utilisé au niveau postsecondaire, ce guide pédagogique contient cinq unités de matériel sur l'efficacité énergétique conçues pour être intégrées à un programme existant en construction de bâtiments. Les sujets suivants sont examinés : mesures de conservation (consommation d'énergie résidentielle et méthodes pour réduire…

Kwasnowski, Pawel Fedorczak-Cisak, Malgorzata Knap, Katarzyna

L'introduction de l'EPBD dans la législation des États membres de l'UE a obligé les bâtiments à répondre à des exigences très strictes en matière de protection thermique et d'efficacité énergétique. Sur la base des dispositions EPBD, les États membres de l'UE introduisent la norme NZEB (Nearly Zero-Energy Buildings). De telles activités entraînent un besoin de matériaux et de technologies nouveaux et innovants, ainsi que de nouvelles approches pour la conception, la construction et la modernisation des bâtiments. Indispensable est la coordination précise de la conception de la structure et des installations techniques du bâtiment, qui peuvent être fournies dans un processus de conception intégré dans le système BIM. Une bonne coordination et coopération de tous les entrepreneurs pendant la phase de construction est également nécessaire. L'article présente les problèmes et la nouvelle méthodologie pour la conception, la construction et l'utilisation de bâtiments économes en énergie en termes de technologies d'économie d'énergie , y compris la discussion de l'impact significatif de l'automatisation des installations techniques sur l'efficacité énergétique du bâtiment .

Antonopoulos, Chrissi Argyro

Cette étude présente les résultats d'enquêtes et d'entretiens portant sur la réplication des mesures de construction écologique par les partenaires du Commercial Building Partnership (CBP) qui ont travaillé directement avec le Pacific Northwest National Laboratory (PNNL). Le PNNL s'est associé directement à 12 organisations sur des projets de construction nouvelles et de rénovation, qui représentaient environ 28 % de l'ensemble du programme CBP du département américain de l'Énergie (DOE). Grâce à un mécanisme d'enquête de rétroaction, ainsi qu'à des entretiens personnels, des données quantitatives et qualitatives ont été recueillies concernant les efforts de réplication de chaque organisation. Ces données ont été analysées pour donner un aperçu de deux domaines de recherche principaux : 1) les efforts de réplication des partenaires du CBP des approches de construction écologique utilisées dans le projet CBP au reste du portefeuille de bâtiments de l'organisation, et 2) le potentiel du marché pour la diffusion de la technologie dans le le parc total de bâtiments commerciaux aux États-Unis, résultat direct du programme CBP. Le premier domaine de cette recherche s'est concentré spécifiquement sur les efforts de réplication en cours ou prévus par chaque participant au programme CBP. Le deuxième domaine de cette recherche développe un modèle de diffusion des innovations pour analyser les impacts potentiels du programme CBP sur le marché du bâtiment commercial aux États-Unis. Les résultats de cette étude ont fourni un aperçu des motivations et des objectifs des partenaires du PRC pour la participation au programme. Les facteurs qui ont un impact sur la réplication comprennent la motivation, la structure organisationnelle et les objectifs des entreprises pour la mise en œuvre de technologies écoénergétiques . La comparaison de ces facteurs entre les différents partenaires du CBP a révélé des modèles de motivation pour la construction de bâtiments écoénergétiques, ainsi qu'une meilleure compréhension des tendances du marché pour les pratiques de construction écologique. L'approche optimisée du programme CBP permet aux partenaires de développer des paramètres de construction écologique qui correspondent aux utilisations spécifiques de leur bâtiment, ce qui entraîne une plus grande motivation pour la réplication. De plus, le modèle de diffusion développé

Harris, Chioke Langevin, Jared Roth, Amir

L'évaluation des impacts nationaux des technologies d'efficacité énergétique des bâtiments candidats aux États-Unis a toujours été difficile pour les organisations possédant de vastes portefeuilles d'efficacité énergétique. En particulier, la normalisation des résultats des études d'impact spécifiques à une technologie prend du temps lorsque ces études n'utilisent pas d'hypothèses comparables sur le parc immobilier sous-jacent. Pour évaluer équitablement son portefeuille de recherche, de développement et de déploiement de technologies, le Building Technologies Office du département américain de l'Énergie a développé Scout, un outil logiciel qui évalue quantitativement les impacts énergétiques et CO2 des mesures d'efficacité énergétique des bâtiments sur le parc immobilier national. Les mesures d'efficacité Scout améliorent les performances unitaires et/ou les coûts d'exploitation à vie d'un équipementplus » la base de référence du stock qui est déterminée à partir des Perspectives énergétiques annuelles (AEO) de l'Energy Information Administration des États-Unis. Les mesures Scout sont caractérisées par une année d'entrée et de sortie du marché, le niveau de performance unitaire, le coût et la durée de vie. Pour évaluer les mesures de manière cohérente, Scout utilise la simulation EnergyPlus sur des prototypes de modèles de bâtiments pour traduire les spécifications de performance des mesures en économies d'énergie dans l'ensemble du bâtiment. Scout représente l'évolution du parc immobilier au fil du temps à l'aide des projections AEO pour les nouvelles constructions, les rénovations et les remplacements d'équipements, et rivalise avec les technologies au sein des segments de marché selon de multiples scénarios d'adoption. Scout et ses mesures d'efficacité sont open source, tout comme le cadre de simulation de bâtiment entier EnergyPlus qui est utilisé pour évaluer la performance des mesures. Le programme est actuellement en cours de développement et sera officiellement publié une fois qu'un premier ensemble de mesures aura été analysé et examiné.« moins

BETTER Capstone a soutenu 29 équipes de projet d'étudiants composées de 155 étudiants sur deux ans dans le développement de technologies transformatrices d'efficacité énergétique des bâtiments grâce à une expérience de conception de capstone. Capstone est le point culminant de la formation en ingénierie d'un étudiant de premier cycle. Des équipes interdisciplinaires d'étudiants ont passé un semestre à concevoir et à prototyper une solution technologique pour divers problèmes d'efficacité énergétique des bâtiments. Au cours de cette expérience, les étudiants ont utilisé l'ensemble du processus de conception, y compris la fabrication et les tests d'une solution prototype, ainsi que la démonstration publique de la solution au Capstone Design Expo. Dans le cadre de ce projet, les étudiants ont exploré les techniques de fabrication modernes et acquis une expérience plus » pratique de ces techniques pour produire leurs technologies prototypes . Cette recherche a permis de mieux comprendre les défis liés à l'enseignement des technologies du bâtiment et à l'engagement avec l'industrie. L'un des objectifs du projet était d'aider à résoudre le problème de la poule et de l'œuf en incitant les étudiants à s'engager plus profondément dans l'industrie de la technologie du bâtiment. On a appris cependant que cette industrie est moins intéressée à essayer de nouveaux concepts innovants mais plutôt à embaucher des diplômés pour les efforts de construction conventionnels existants. Bien qu'aucun des projets n'ait connu de succès commercial, une grande partie de la croissance et de l'apprentissage individuel des élèves a été accomplie, ce qui est un avantage à long terme pour le grand public.« moins

Abdelaziz, Omar Farese, Philip Abramson, Alexis

Le secteur américain des bâtiments est responsable d'environ 40 % des dépenses énergétiques nationales. Cela est dû en partie à un gaspillage de ressources et à des considérations limitées concernant l'efficacité énergétique pendant les phases de conception et de modernisation. Des études récentes ont indiqué le potentiel d'économies d'énergie allant jusqu'à 30 à 50 % dans le secteur américain des bâtiments en utilisant les technologies actuellement disponibles . Ce document traite des efforts visant à accélérer la transformation du secteur américain de l'efficacité énergétique des bâtiments à l'aide d'un nouveau cadre de hiérarchisation des technologies. L'analyse sous-jacente examine les microsegments de la consommation d'énergie des bâtiments à l'aide des perspectives énergétiques annuelles de l'Energy Information Administration et d'autres informations plus » accessibles au public. L'outil comprend un modèle de stock et de flux pour suivre l'évolution des stocks et les niveaux d'efficacité dans le temps. L'outil peut être utilisé pour étudier les mesures d'efficacité énergétique dans divers scénarios et dispose d'un cadre de comptabilité énergétique intégré pour éviter le double comptage des économies d'énergie dans un portefeuille donné. Cet outil est développé pour éclairer la prise de décision et estimer les économies d'énergie potentielles à long terme pour différents scénarios d'adoption du marché.« moins

On s'est depuis longtemps rendu compte que la technologie infrarouge serait applicable à l'amélioration de l'efficacité énergétique des maisons et des bâtiments. Les murs manquants ou mal isolés peuvent être évalués rapidement en regardant les images thermiques de ces surfaces. De même, les fuites d'infiltration d'air sous les portes et autour des fenêtres laissent une signature thermique révélatrice facilement visible dans l'infrarouge. La capacité de visualiser, d'évaluer et de répondre rapidement à ces images présente des avantages immédiats pour traiter et corriger les situations où ces types de pertes se produisent. Le principal problème qui a limité l'utilisation de la technologie infrarouge dans ces applications a été le manque de disponibilité et d'accessibilité de la technologie infrarouge à un coût adapté à ce marché. L'émergence de caméras infrarouges à faible coût basées sur des microbolomètres, ne nécessitant pas de refroidissement par capteur, augmentera considérablement l'accessibilité et l'utilisation de la technologie infrarouge pour les inspections House Doctor. Le coût de la technologie pour cette utilisation devrait être inférieur à 1 par inspection.

Jiang, Wei Gowri, Krishnan Thornton, Brian A.

Ce document présente le processus, la méthodologie et les hypothèses pour l'élaboration des packages technologiques de conception d'économies d'énergie de 50 % pour les bâtiments d'hébergement routier, un document d'orientation sur la conception qui fournit des recommandations spécifiques pour réaliser des économies d'énergie de 50 % dans les motels en bordure de route (hébergement sur autoroute) au-delà des exigences. de la norme ANSI/ASHRAE/IESNA 90.1-2004. Cette solution à 50 % représente une étape supplémentaire vers la réalisation de l'objectif de construction à consommation énergétique nette zéro du département américain de l'Énergie et va au-delà des 30 % d'économies de la série Advanced Energy Design Guide (sur laquelle ce travail a été construit). Ce travail peut servir d'étude de faisabilité technique pour le développement d'un guide avancé de conception énergétique de 50 % de plus pour l'hébergement routier, et devrait donc accélérer considérablement le processus de développement. Le but de cette trousse de conception est de fournir une aide à la conception conviviale aux concepteurs, aux promoteurs et aux propriétaires de propriétés d'hébergement routier. Il vise à encourager la conception écoénergétique en fournissant des recommandations normatives en matière d'efficacité énergétique pour chaque zone climatique qui atteint l'objectif de 50 % d'économies d'énergie. Ce document décrit les mesures qui ont été prises pour démontrer la faisabilité technique d'atteindre une réduction de 50 % de la consommation d'énergie dans l'ensemble du bâtiment avec des technologies pratiques et disponibles dans le commerce . Les résultats de l'analyse énergétique sont présentés, indiquant que les mesures d'efficacité énergétique recommandées ont permis d'obtenir des économies d'énergie moyennes pondérées au niveau national de 55 %, par rapport à la norme 90,1-2004. La rentabilité du package technologique recommandé est évaluée et le résultat montre un retour sur investissement simple moyen de 11,3 ans.« moins

Scott, Michael J. Roop, Joseph M. Schultz, Robert W.

Pour évaluer plus en détail ses programmes visant à accroître l'efficacité énergétique du parc immobilier résidentiel et commercial américain, l'Office of Energy Efficiency and Renewable Energy (EERE) du département américain de l'Énergie évalue les impacts macroéconomiques de ces programmes, en particulier sur l'emploi national, les revenus salariaux , et (plus récemment) l'investissement. L'analyse est menée à l'aide du modèle Impact of Sector Energy Technologies (ImSET), un modèle d'entrées-sorties à usage spécial de 188 secteurs de l'économie américaine conçu spécifiquement pour évaluer les impacts des investissements et des économies d'efficacité énergétique. Pour l'analyse décrite dans le document, ImSET a été modifié pour fournir des estimations des besoins en capital et des investissements sectoriels par secteur. Dans le scénario du programme Buildings Technology (BT) de l'année fiscale (AF) 2005, les technologies et les pratiques de construction développées et promues par le programme BT ont la perspective d'économiser environ 2,9 × 1015 Btu dans les bâtiments d'ici 2030, soit environ 27 % de la croissance prévue de la consommation d'énergie des bâtiments d'ici 2030. L'analyse présentée dans le document révèle que, d'ici 2030, ces économies ont le potentiel d'augmenter l'emploi jusqu'à 446 000 emplois, d'augmenter les revenus salariaux de 7,8 milliards de dollars, de réduire les besoins en capital social dans le secteur de l'énergie et les industries connexes étroitement liées d'environ 207 milliards de dollars (et le niveau d'investissement annuel correspondant de 13 milliards de dollars), et de créer des économies de capital nettes qui sont disponibles pour faire croître l'économie future du pays.« moins

Kamal, Razia Saifur Rahman, MD.

L'inspiration et le concept du système Superadobe ne proviennent pas de l'expérience de la conception de l'architecture moderne, mais de l'influence des bâtiments et du paysage ruraux traditionnels, ainsi que d'un poète persan du XIIIe siècle nommé Jala Ad-Din Muhammad Balkhi, Rumi. L'esprit poétique de Rumi relie et éclaire le thème architectural de Nader Khalili avec les ressources naturelles que n'importe qui dans le monde devrait pouvoir construire une maison pour sa famille avec les éléments les plus simples : Terre, Eau, Air et Feu. Par conséquent, pour construire un abri humain qui offrira une sécurité maximale avec un faible budget financier et un impact environnemental minimal avec une résistance aux catastrophes naturelles, une technologie Superadobe a été adoptée. Le Superadobe, une forme de construction en sacs de terre utilisant la technologie des sacs de sable et des fils barbelés, est un système économique, rapide, économe en énergie et écologique développé par l'architecte d'origine iranienne «Nader Khalili». Le système relie les matériaux naturels et les traditions rurales pour créer une nouvelle façon d'utiliser des matériaux naturels tels que la boue, l'eau, l'air et le feu qui peuvent être finis en peu de temps sans gros équipement de construction. Le but de cette étude est de présenter le système de construction, d'analyser la ventilation, l'éclairage et l'isolation du prototype de système Superadobe remplaçant la maison en terre contextuelle au Bangladesh.

Des progrès sont signalés dans le développement de techniques d'audit de la performance énergétique des bâtiments. La ventilation des bâtiments et la qualité de l'air intérieur sont discutées du point de vue (1) des polluants générés par la combustion (2) des contaminants organiques (3) de l'émanation, des mesures et du contrôle du radon (4) des stratégies de surveillance sur le terrain de la qualité de l'air intérieur et (5 ) les systèmes de ventilation mécanique utilisant des échanges thermiques air-air. Le développement de fenêtres écoénergétiques pour fournir une lumière du jour optimale avec des pertes thermiques minimales par temps froid et un gain thermique minimal par temps chaud est envisagé, ainsi que la production de ballasts à semi-conducteurs haute fréquence pour les lampes fluorescentes afin de fournir un éclairage plus efficace avec une économie de 25 %. sur les ballasts à noyau conventionnels. Les activités de compilation, d'analyse et de démonstration des données sont résumées.

Zhigulina, Anna Yu. Ponomarenko, Alla M.

L'article est consacré à l'analyse des tendances et des technologies avancées dans le domaine de l'approvisionnement énergétique et de l'efficacité énergétique des immeubles de grande hauteur, à l'histoire de l'émergence du concept d'« efficacité » et à son interprétation actuelle. L'article montre également la différence des critères d'évaluation des principaux systèmes d'évaluation LEED et BREEAM. Les auteurs ont passé en revue les dernières technologies appliquées à la construction de bâtiments économes en énergie . L'approche méthodologique de la conception des bâtiments de grande hauteur prenant en compte l'efficacité énergétique doit inclure l'économie d'énergie primaire pour rechercher la possibilité de production et d'accumulation d'énergie électrique alternative en convertissant l'énergie du soleil et du vent à l'aide de dispositifs techniques spéciaux l'application de technologies régénératives.

Egorov, Sergey B. Kapitanov, Alexey V. Mitrofanov, Vladimir G. Shvartsburg, Leonid E. Ivanova, Natalia A. Ryabov, Sergey A.

L'objectif de l'article est de proposer le développement d'une méthodologie d'évaluation unifiée par rapport aux différents processus technologiques et aux conditions réelles de leur mise en œuvre. Réaliser l'analyse de l'efficacité énergétique des processus technologiques à travers la comparaison de la puissance établie et la puissance consommée par la technologie réelle…

Erhorn-Kluttig, Heike Morck, Ove

Les études de cas démontrant la rénovation écoénergétique des bâtiments scolaires recueillies par l'Agence internationale de l'énergie (AIE) fournissent des informations sur les technologies de rénovation, les approches d'économie d'énergie et les stratégies de ventilation. Certains résultats généraux sont présentés ici avec une étude de cas, l'école Egebjerg au Danemark, qui montre à quel point…

Lubell, Michael S. Richter, Burton

Nous présentons une version condensée de l'analyse de 2008 de l'American Physical Society sur l'efficacité énergétique dans les secteurs des transports et du bâtiment aux États-Unis avec des chiffres mis à jour. En plus de présenter des conclusions techniques, nous incluons les recommandations du rapport pour les décideurs politiques que nous pensons être dans le meilleur intérêt de la nation.

. pôle d'innovation régional économiquement dynamique axé sur les technologies et les systèmes de bâtiments économes en énergie. MINISTÈRE DE L'ÉNERGIE Initiative de grappe d'innovation régionale pour les systèmes de construction éconergétiques. Le 8 février 2010, intitulé Initiative de grappes régionales d'innovation dans le domaine des systèmes de construction éconergétiques. UNE.

Réalisant enfin que la gestion de la chaîne d'approvisionnement peut produire des gains d'efficacité et réduire les coûts, les hôpitaux commencent à adopter des pratiques d'autres industries, telles que le concept de chaînes d'approvisionnement étendues, pour améliorer le flux de produits. Ils investissent également dans des logiciels de ressources de planification d'entreprise, d'identification par radiofréquence et d'autres technologies, en utilisant des données de qualité pour piloter la normalisation et la rationalisation des processus.

Yarmoshenko, I V Vasilyev, A V Onishchenko, A D Kiselev, S M Zhukovsky, M V


Voir la vidéo: CRISPR Cas9: How CRISPR can be performed in the lab? (Octobre 2022).