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11.11 : Structure de l'ADN - Biologie

11.11 : Structure de l'ADN - Biologie


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Les éléments constitutifs de l'ADN sont les nucléotides. L'uracile (U) est également une pyrimidine (comme le montre la figure 1), mais il ne se produit que dans l'ARN, dont nous parlerons plus en détail plus tard.

Les purines ont une structure à double cycle avec un cycle à six chaînons fusionné à un cycle à cinq chaînons. Les pyrimidines sont de plus petite taille; ils ont une structure cyclique unique à six chaînons. Les atomes de carbone du sucre à cinq carbones sont numérotés 1′, 2′, 3′, 4′ et 5′ (1′ est lu comme « un premier »). Les nucléotides se combinent entre eux par des liaisons covalentes appelées liaisons ou liaisons phosphodiester. Le résidu phosphate est attaché au groupe hydroxyle du carbone 5' d'un sucre d'un nucléotide et au groupe hydroxyle du carbone 3' du sucre du nucléotide suivant, formant ainsi une liaison phosphodiester 5'-3'.

Dans les années 1950, Francis Crick et James Watson ont travaillé ensemble pour déterminer la structure de l'ADN à l'Université de Cambridge, en Angleterre. D'autres scientifiques comme Linus Pauling et Maurice Wilkins exploraient également activement ce domaine. Pauling avait découvert la structure secondaire des protéines en utilisant la cristallographie aux rayons X. Dans le laboratoire de Wilkins, la chercheuse Rosalind Franklin utilisait des méthodes de diffraction des rayons X pour comprendre la structure de l'ADN. Watson et Crick ont ​​pu reconstituer le puzzle de la molécule d'ADN sur la base des données de Franklin car Crick avait également étudié la diffraction des rayons X (Figure 2). En 1962, James Watson, Francis Crick et Maurice Wilkins ont reçu le prix Nobel de médecine. Malheureusement, à ce moment-là, Franklin était décédé et les prix Nobel ne sont pas décernés à titre posthume.

Watson et Crick ont ​​proposé que l'ADN soit composé de deux brins qui sont enroulés l'un autour de l'autre pour former une hélice droite. L'appariement des bases a lieu entre une purine et une pyrimidine; à savoir, A paires avec T et G paires avec C. L'adénine et la thymine sont des paires de bases complémentaires, et la cytosine et la guanine sont également des paires de bases complémentaires. Les paires de bases sont stabilisées par des liaisons hydrogène ; l'adénine et la thymine forment deux liaisons hydrogène et la cytosine et la guanine forment trois liaisons hydrogène. Les deux brins sont de nature anti-parallèle ; c'est-à-dire que l'extrémité 3' d'un brin fait face à l'extrémité 5' de l'autre brin. Le sucre et le phosphate des nucléotides forment l'épine dorsale de la structure, tandis que les bases azotées sont empilées à l'intérieur. Chaque paire de bases est séparée de l'autre paire de bases par une distance de 0,34 nm, et chaque tour de l'hélice mesure 3,4 nm. Par conséquent, dix paires de bases sont présentes par tour d'hélice. Le diamètre de la double hélice d'ADN est de 2 nm et il est uniforme partout. Seul l'appariement entre une purine et une pyrimidine peut expliquer le diamètre uniforme. La torsion des deux brins l'un autour de l'autre entraîne la formation de rainures principales et secondaires uniformément espacées (figure 3).


Construire un modèle de réseau métabolique de poisson

Nous rapportons la construction d'un modèle de réseau métabolique de poisson à l'échelle du génome, MetaFishNet, et son application à l'analyse des données d'expression génique à haut débit. Ce modèle est un tremplin vers des applications plus larges de la biologie des systèmes de poissons, par exemple en guidant la conception de l'étude par la comparaison avec le métabolisme humain et l'intégration de plusieurs types de données. Les ressources MetaFishNet, y compris un outil d'analyse d'enrichissement des voies, sont accessibles à l'adresse http://metafishnet.appspot.com.


11.11 : Structure de l'ADN - Biologie

L'ADN est une molécule essentielle à la vie. Il agit comme une recette contenant les instructions indiquant à notre corps comment se développer et fonctionner.

Que signifie ADN ?

L'ADN est l'abréviation de l'acide désoxyribonucléique.

Différentes cellules dans le corps

Notre corps compte environ 210 types de cellules différentes. Chaque cellule fait un travail différent pour aider notre corps à fonctionner. Il y a des cellules sanguines, des cellules osseuses et des cellules qui fabriquent nos muscles.

Comment les cellules savent-elles quoi faire ?

Les cellules obtiennent leurs instructions sur ce qu'elles doivent faire à partir de l'ADN. L'ADN agit un peu comme un programme informatique. La cellule est l'ordinateur ou le matériel et l'ADN est le programme ou le code.

Le code ADN est détenu par les différentes lettres des nucléotides. Au fur et à mesure que la cellule « lit » les instructions sur l'ADN, les différentes lettres représentent des instructions. Toutes les trois lettres forment un mot appelé codon. Une chaîne de codons peut ressembler à ceci :

Même s'il n'y a que quatre lettres différentes, les molécules d'ADN comptent des milliers de lettres. Cela permet des milliards et des milliards de combinaisons différentes.

Dans chaque chaîne d'ADN se trouvent des ensembles d'instructions appelées gènes. Un gène indique à une cellule comment fabriquer une protéine spécifique. Les protéines sont utilisées par la cellule pour remplir certaines fonctions, se développer et survivre.

Forme de la molécule d'ADN

Bien que l'ADN ressemble à de longues cordes très fines au microscope, il s'avère que l'ADN a une forme spécifique. Cette forme s'appelle une double hélice. À l'extérieur de la double hélice se trouve l'épine dorsale qui maintient l'ADN ensemble. Il y a deux ensembles d'épines dorsales qui se tordent ensemble. Entre les squelettes se trouvent les nucléotides représentés par les lettres A, T, C et G. Un nucléotide différent se connecte à chaque squelette, puis se connecte à un autre nucléotide au centre.

Seuls certains ensembles de nucléotides peuvent s'emboîter. Vous pouvez les considérer comme des pièces de puzzle : A ne se connecte qu'à T et G ne se connecte qu'à C.


Qu'est-ce que l'ARN?

ARN signifie acide ribonucléique.Sa fonction est d'exécuter les instructions codées dans l'ADN. Il existe trois types d'ARN, chacun ayant une fonction différente. Ceux-ci sont:

ARN messager (ARNm)– L'ARNm transporte des informations pour la synthèse des protéines des molécules d'ADN dans le noyau vers le ribosomes

ARN ribosomique (ARNr)– l’ARNr est un composant structurel de ribosomes(les organites qui effectuent la synthèse des protéines)

ARN de transfert (ARNt)– l'ARNt transfère les acides aminés au ribosome. Ces acides aminés sont utilisés pour assembler un nouveau chaîne polypeptidique

L'ARN est composé de ribonucléotides,chacun contenant un groupe phosphate, un sucre à 5 carbones et une base nucléotidique. Les quatre types de bases azotées présentes dans les molécules d'ARN sont :

Par conséquent, les quatre types de nucléotide d'ARN sont :

  • Un nucléotide (contenant adénine)
  • U nucléotide (contenant uracile)
  • nucléotide G (contenant guanine)
  • nucléotide C (contenant cytosine)

Comme dans les molécules d'ADN, ces ribonucléotides sont reliés entre eux par liaisons phosphodiesterqui se forment entre le carbone 3' d'un sucre et le carbone 5' d'un autre. Contrairement à l'ADN, l'ARN est une molécule simple brin, mais il peut toujours former des structures double brin.

Les paires de basesdans les molécules d'ARN sont :


Utilité et discussion

Toutes les structures 3D de la GSDB ont été pré-générées, de sorte que la visualisation de la structure 3D est plus rapide et peut être facilement téléchargée. Les étapes de navigation dans la base de données ont été divisées en cinq sections comme suit :

Parcourir la base de données

Cliquez sur le menu « Parcourir » dans la barre de navigation pour charger la liste complète des jeux de données Hi-C. Les utilisateurs peuvent également cliquer sur le bouton « Commencer » sur la page d'accueil (Fig. 1).

Parcourir la base de données Met en évidence les deux façons d'accéder à la base de données à partir de la page d'accueil. Cliquer sur le menu "Parcourir" dans l'onglet Navigation ou sur le bouton "Commencer" sur la page d'accueil chargera la fenêtre de recherche de la base de données

Rechercher dans la base de données

La GSDB propose deux manières de rechercher une donnée Hi-C et ses modèles 3D correspondants :

GSDB fournit un résumé des informations fournies dans la base de données via un volet de résumé. En cliquant sur une propriété/un élément dans le résumé, l'utilisateur peut rechercher dans la base de données toutes les données Hi-C contenant cette propriété et leurs modèles structurels 3D correspondants. (Fig. 2)

Les utilisateurs peuvent rechercher dans la base de données en tapant les mots-clés concernant le nom du fichier, le titre des données Hi-C, la résolution des données Hi-C, le projet à partir duquel les données Hi-C ont été générées (par exemple, ENCODE), l'ID du projet et le numéro d'accession GEO dans « Volet de recherche » (Fig. 2).

Recherche et affichage dans la base de données Un exemple de recherche de données utilisant les deux approches de recherche. Tout d'abord, effectuez une recherche en cliquant sur un élément du « volet récapitulatif » surligné en vert. La figure montre que lorsque l'utilisateur clique sur Résolution 100 ko, tous les ensembles de données avec des résolutions de 100 ko sont répertoriés. Deuxièmement, l'utilisateur peut effectuer une recherche en tapant le mot clé dans le « volet de recherche » surligné en rouge

Télécharger

Les utilisateurs peuvent télécharger les structures 3D en cliquant sur le lien « Télécharger » dans la « colonne Structure 3D » (Fig. 3). Les données Hi-C normalisées utilisées pour la génération de la structure 3D pour tous les algorithmes peuvent également être téléchargées en cliquant sur le lien « Télécharger » dans la colonne « Données Hi-C normalisées » (Fig. 3). Les structures peuvent être téléchargées au format PDB, G.PDB et Spacewalk.

Affichage et téléchargement de la structure 3D Dans la colonne « Structure 3D », surligné en rouge se trouve le lien « Visualiser » pour afficher la structure 3D d'une donnée Hi-C. Surligné en vert est le lien "Télécharger" pour télécharger les structures 3D construites par les différents algorithmes pour les données Hi-C. En appuyant sur le lien « Télécharger », vous téléchargerez les structures 3D de tous les algorithmes pour une donnée Hi-C. Dans la colonne « Données Hi-C normalisées », le lien « Télécharger » est surligné en bleu. En appuyant sur le lien « Télécharger », vous téléchargerez les données Hi-C normalisées utilisées pour la construction de la structure 3D

Formats de fichiers

La norme de facto actuelle pour la représentation des structures chromosomiques tridimensionnelles est le format de fichier PDB (Protein Data Bank) où les bacs génomiques sont représentés sous forme de lignes ATOM. Cependant, ce format présente des inconvénients car il exclut d'autres informations utiles telles que : Le génome de référence utilisé dans l'alignement, la lignée cellulaire, le chromosome étant représenté et les coordonnées génomiques correspondant aux bacs affichés. Par conséquent, nous introduisons le format de fichier G.PDB qui inclut cette information par l'insertion d'une ligne HEADER ainsi que des lignes REMARK à la suite de chaque ligne ATOM. Les fichiers G.PDB sont utilisables dans tous les outils de visualisation existants qui utilisent des fichiers PDB standard. En plus du fichier G.PDB, nous représentons la structure au format .sw (sortie dans l'espace), afin que les structures puissent être visualisées à l'aide de l'outil SpaceWalk [58].

Structure 3D et visualisation Heatmap

Pour afficher les détails et les structures d'une donnée Hi-C, cliquez sur le lien « View » dans la « colonne de structure 3D » (Fig. 3). L'onglet d'information et de visualisation des données s'affichera (Fig. 4). Pour afficher la structure 3D, sélectionnez l'algorithme, l'ensemble de données, le chromosome et appuyez sur le bouton « Afficher cette structure ». La structure sera affichée sur la visionneuse. Les paramètres de modélisation et la qualité de la reconstruction (par exemple la corrélation de Spearman entre les distances reconstruites et les distances attendues) sont indiqués dans la case sous la visionneuse. Pour comparer deux structures en même temps, appuyez sur le bouton « Afficher plusieurs structures ». Deux structures seront affichées côte à côte avec deux options distinctes pour sélectionner l'algorithme de structure 3D et l'ensemble de données de chaque visualisation (Fig. 5). Pour afficher une carte thermique de la matrice de contact 2D utilisée pour reconstruire la structure 3D, cliquez sur le bouton « Afficher la carte thermique du contact ».

Visualisation des données La figure montre la sortie affichée lorsqu'un utilisateur clique sur le « lien Afficher » pour l'ensemble de données GM12878. La section surlignée en rouge affiche les informations sur la ou les résolutions disponibles pour les données Hi-C. La section surlignée en bleu affiche la structure disponible pour les données Hi-C. La section en surbrillance verte montre le résultat de l'évaluation disponible pour les données Hi-C. Il affiche la corrélation de Spearman entre la structure de sortie et les données Hi-C d'entrée, ainsi que d'autres résultats d'évaluation obtenus. Pour évaluer chaque structure 3D, nous calculons le coefficient de corrélation de Spearman (dSCC) de distance entre les distances reconstruites et les distances obtenues à partir des ensembles de données Hi-C. La valeur de dSCC est comprise entre -1 et +1, où une valeur plus élevée est meilleure. Pour les méthodes basées sur la distance, nous rapportons le facteur de conversion ( ) utilisé pour la conversion FI en distance. Pour LorDG et 3DMax, qui utilisent un algorithme d'optimisation de montée de gradient, nous rapportons le taux d'apprentissage utilisé pour le processus d'optimisation. Les paramètres utilisés par chaque méthode pour générer des structures 3D sont disponibles sur la page GSDB GitHub

Visualisation de plusieurs structures 3D Les figures montrent la sortie affichée lorsqu'un utilisateur clique sur le bouton « Afficher plusieurs structures ». La vue à structures multiples permet la comparaison de structures à l'aide de différents algorithmes de structure 3D ou de différentes matrices de contact Hi-C

La carte thermique peut être configurée avec une variété de fonctions de visualisation d'aide ainsi que des paramètres de couleur pour personnaliser la visualisation (Fig. 6). Pour afficher la structure dans l'outil externe sortie dans l'espace [58] appuyez sur « Vue en sortie dans l'espace ». L'utilisateur sera redirigé vers le site Web de la sortie dans l'espace où le modèle peut être chargé avec l'URL correspondante.

Visualisation de la carte thermique La figure montre la sortie affichée lorsqu'un utilisateur clique sur le bouton jaune « Afficher la carte thermique du contact » illustré à la Fig. 4. La figure surlignée en rouge indique la visualisation de la carte thermique de la carte de contact chromosomique 2D sélectionnée. Les boutons radio encadrés en bleu affichent des options pour la couleur de la carte thermique. Les boutons radio entourés de vert indiquent les fonctions qui peuvent être appliquées à la matrice de contact brute avant la construction de la carte thermique afin d'améliorer la visualisation. La fenêtre entourée de jaune affiche une visualisation de la structure 3D

Évaluation de la structure

La GSDB contient un module d'évaluation qui permet aux utilisateurs d'évaluer leurs propres modèles 3D en comparant les distances du modèle aux distances attendues d'une matrice FI ou d'un autre modèle 3D (Fig. 7). Lors du téléchargement de deux fichiers PDB ou d'un fichier PDB et d'un fichier de matrice IF et en cliquant sur le bouton « Comparer », les utilisateurs reçoivent une collection de notes d'évaluation comprenant : la corrélation de Spearman, la corrélation de Pearson et la distance moyenne quadratique (RMSD). Les utilisateurs peuvent également charger des fichiers G.PDB partout où les fichiers PDB sont acceptés.

Evaluation La figure montre la fenêtre qui s'affiche si un utilisateur sélectionne l'onglet « Evaluation ». La case violette affiche les boutons radio qui déterminent si une comparaison impliquera 2 structures stockées au format Protein Data Bank (PDB) ou une structure au format PDB et une matrice IF. Les cases vertes indiquent les boutons de sélection des fichiers à comparer. La case rouge indique des liens vers des exemples de données pour la comparaison des tests. La case violette indique le bouton d'évaluation, qui soumettra le travail de comparaison

Evaluation La figure montre la fenêtre affichée si l'utilisateur sélectionne le bouton cluster de la Fig. 4. Le contenu de la boîte jaune affiche une représentation 2D des valeurs d'analyse en composantes principales (ACP) de chaque structure sélectionnée à l'aide des paramètres contenus dans la boîte rouge . Le contenu de la case violette affiche le regroupement hiérarchique agglomératif des structures

Sélection d'outils

Parce que la structure de vérité terrain du génome 3D n'a pas été validée de manière holistique, la détermination de quel algorithme de prédiction de structure 3D est le meilleur reste un problème non résolu. GSDB fournit aux utilisateurs des conseils dans la sélection d'outils en incluant une page de cluster. Cette page affiche une analyse en composantes principales non supervisée et un regroupement hiérarchique agglomérant des structures prédites par différents outils (Fig. 8). Certains outils suppriment les bacs à faible couverture dans la génération de structure 3D. Par conséquent, nous n'incluons que les structures avec le même nombre de points dans toutes les comparaisons non supervisées.


Réaction en chaîne par polymérase (interactive)

La réaction en chaîne par polymérase (PCR) permet aux chercheurs de produire des millions de copies d'une séquence d'ADN spécifique en environ deux heures. Ce processus automatisé contourne la nécessité d'utiliser des bactéries pour amplifier l'ADN.

Cette animation est présentée dans notre « Collection Spotlight » sur la réaction en chaîne par polymérase, ainsi que des entretiens vidéo avec Kary Mullis, une animation moléculaire 3D de PCR et plusieurs protocoles de laboratoire.

Cette animation est également disponible en VIDEO .

La réaction en chaîne par polymérase (PCR) permet aux chercheurs de produire des millions de copies d'une séquence d'ADN spécifique en environ deux heures. Ce processus automatisé contourne la nécessité d'utiliser des bactéries pour amplifier l'ADN. Cette animation est présentée dans notre « Collection Spotlight » sur la réaction en chaîne par polymérase, ainsi que des entretiens vidéo avec Kary Mullis, une animation moléculaire 3D de PCR et plusieurs protocoles de laboratoire.

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Biochimie en ligne : une approche basée sur la logique chimique

Une vidéo de 3 minutes décrivant mon livre

Également disponible sur Biology LibreText, qui fait partie des bibliothèques UC Davis LibreTexts


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Préface

Interactivité

Graphes Mathematica interactifs : nécessite un plugin gratuit, un lecteur CDF (Wolfram) pour lire les fichiers téléchargeables. Le graphique Mathematica interactif intégré au Web n'est plus pris en charge par la plupart des navigateurs qui n'autorisent plus les plug-ins.
Graphiques interactifs SageMath : aucun plug-in requis. Fonctionne sur Firefox, Chrome et Edge, IE11.
Modèles moléculaires Jsmol interactifs : aucun plugin requis. Basé sur Javascript fonctionne sur tous les navigateurs

Problèmes de devoirs

Critique : La cellule

Chapitre 1 : STRUCTURE LIPIDIQUE

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 2 : STRUCTURE DES PROTÉINES

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 3 : GLUCIDES/GLYCANES

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 4 : L'ADN ET LE DOGME CENTRAL DE LA BIOLOGIE

Chapitre 5 : RELIURE

  1. Introduction à la reliure réversible
  2. Analyses mathématiques de graphiques de liaison
  3. Mise à jour des systèmes de liaison modèles sur les gouttelettes intracellulaires
  4. Mise à jour de la liaison et du contrôle de la transcription génique sur la structure de la chromatine et les transitions de phase
  5. Nouvelles méthodes de développement de médicaments
  6. Reconnaissance du système immunitaire - nouvelle section sur les inflammasomes

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 6 : TRANSPORT ET CINÉTIQUE

Problèmes de devoirs - Modules d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 7 : CATALYSE

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 8 : OXYDATION/PHOSPHORYLATION

  1. La chimie du dioxygène
  2. Enzymes oxydantes
  3. ATP et phosphorylation oxydative Nouveaux Jmo/Jsmols pour les complexes I, III, IV et ATP synthase Nouvelle section sur le complexe III
  4. Photosynthèse : la réaction lumineuse
  5. Nitrogénase : une utilisation réductrice des amas métalliques

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 9 : TRANSDUCTION MÉTABOLIQUE ET SIGNALÉTIQUE

  1. Transport actif
  2. Signalisation neuronale
  3. Signaling Proteins 14/06/17 - nouvelle section sur les petites protéines G, les GAP et les GEF
  4. mTOR et signalisation des nutriments
  5. Analyse du contrôle métabolique et biologie des systèmes
  6. 16/11/17 (début tout juste de développement) Mathématiques de signalisation : Analyses graphiques des entrées et des sorties

Problèmes de devoirs - Module d'apprentissage de la littérature :

Chapitre 10 : VOIES MÉTABOLIQUES (MP)

Chapitre 11 : ORIGINE DE LA VIE

Annexes

Liens Web supplémentaires :

  1. NCBI Biochemistry Texts - recherche de textes de biochimie
  2. Biochimie, 5e édition Jeremy M Berg, John L Tymoczko et Lubert Stryer - consultable mais non consultable, du NCBI.
  3. La biochimie de Martindale
  4. Société biophysique : Conférences nationales | Ressources sur des sujets sélectionnés
  5. Biochimie médicale trouvée dans les manuels de biochimie!

Analytics : (voir le compteur d'accès supérieur)

Moteurs de recherche:

Biochimie en ligne peut également être trouvé dans les bibliothèques numériques suivantes!

Il a également été répertorié dans :

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PCNA : structure, fonctions et interactions

L'antigène nucléaire de prolifération cellulaire (PCNA) joue un rôle essentiel dans le métabolisme des acides nucléiques en tant que composant de la machinerie de réplication et de réparation. Cette protéine de forme toroïdale encercle l'ADN et peut glisser dans les deux sens le long du duplex. L'une des fonctions bien établies du PCNA est son rôle de facteur de processivité pour l'ADN polymérase delta et epsilon. PCNA attache l'unité catalytique de polymérase à la matrice d'ADN pour une synthèse d'ADN rapide et processive. Au cours des dernières années, il est devenu évident que le PCNA interagit avec des protéines impliquées dans la progression du cycle cellulaire qui ne font pas partie de l'appareil de l'ADN polymérase. Certaines de ces interactions ont un effet direct sur la synthèse de l'ADN alors que les rôles de plusieurs autres interactions ne sont pas entièrement compris. Cette revue résume les caractéristiques structurelles du PCNA et décrit les diverses fonctions jouées par la protéine dans la réplication et la réparation de l'ADN ainsi que son rôle possible dans l'assemblage de la chromatine et la transcription des gènes. Les interactions de PCNA avec différentes protéines cellulaires et l'importance de ces interactions sont également discutées.


À propos de cette collection

Le nom du lauréat britannique du prix Nobel Francis Crick (1916-2004) est inextricablement lié à la découverte de la double hélice de l'acide désoxyribonucléique (ADN) en 1953, considérée comme l'avancée la plus significative dans la compréhension de la biologie depuis la théorie de l'évolution de Darwin. Pourtant, au cours d'une carrière de recherche s'étalant sur plus de cinquante ans, le biologiste théoricien Crick a également apporté des contributions fondamentales aux études structurelles d'autres molécules biologiques importantes grâce à l'analyse aux rayons X à la compréhension de la synthèse des protéines au déchiffrement du code génétique par lequel l'information héréditaire est stockées et transcrites dans la cellule et à notre conception de la conscience. Grâce à la force de la personnalité et de l'intellect, clairement visible dans cette sélection en ligne de ses articles, Crick a servi de centre d'échange unique de critiques, d'idées et d'informations pour les scientifiques du monde entier.

La Wellcome Library for the History and Understanding of Medicine à Londres est le dépôt des articles scientifiques de Francis Crick (référence de collection PP/CRI) qui vont de 1915 à 2002. La collection contient de la correspondance, des notes de cours, des photographies, des cahiers de laboratoire et articles publiés et non publiés. Les personnes ou institutions souhaitant reproduire ou demander des copies des documents doivent contacter la bibliothèque photographique médicale Wellcome Trust.

Dans le cadre de son projet Profiles in Science, la National Library of Medicine a mis en ligne, en collaboration avec la Wellcome Library for the History and Understanding of Medicine à Londres, une sélection numérisée des Francis Crick Papers. Ce site Web donne accès aux parties des Francis Crick Papers qui sont maintenant accessibles au public. Les personnes intéressées à mener des recherches en utilisant la collection complète de Francis Crick Papers doivent contacter la Wellcome Library.

Ce profil est conçu pour vous présenter les différentes phases de la carrière scientifique et de la vie professionnelle de Crick. Les sections narratives disponibles dans la barre de navigation sous "L'histoire" se concentrent sur la vie de Crick et ses principales contributions scientifiques.

Les chercheurs peuvent rechercher les éléments numérisés à l'aide de la zone de recherche ou parcourir tous les documents et visuels de la collection en sélectionnant "Collection Items" dans la barre de navigation.


11.11 : Structure de l'ADN - Biologie

Une base de données fournissant des informations sur la structure des génomes assemblés, des noms d'assemblage et d'autres métadonnées, des rapports statistiques et des liens vers des données de séquences génomiques.

Un ensemble organisé de métadonnées pour les collections culturelles, les musées, les herbiers et d'autres collections d'histoire naturelle. Les enregistrements affichent les codes de collection, des informations sur les institutions d'origine des collections et des liens vers les données pertinentes du NCBI.

Une collection d'études de génomique, de génomique fonctionnelle et de génétique et des liens vers les ensembles de données qui en résultent. Cette ressource décrit la portée, le matériel et les objectifs du projet et fournit un mécanisme pour récupérer des ensembles de données qui sont souvent difficiles à trouver en raison d'annotations incohérentes, de multiples soumissions indépendantes et de la nature variée de divers types de données qui sont souvent stockés dans différentes bases de données.

La base de données BioSample contient des descriptions de matériaux de source biologique utilisés dans les essais expérimentaux.

Un effort de collaboration pour identifier un ensemble de régions codantes pour les protéines humaines et murines qui sont systématiquement annotées et de haute qualité.

Comprend les variations de nucléotides uniques, les microsatellites et les insertions et suppressions à petite échelle. dbSNP contient des données de fréquence et de génotype spécifiques à la population, les conditions expérimentales, le contexte moléculaire et des informations cartographiques pour les variations neutres et les mutations cliniques.

La base de données de séquences génétiques du NIH, une collection annotée de toutes les séquences d'ADN accessibles au public. GenBank fait partie de l'International Nucleotide Sequence Database Collaboration, qui comprend la DNA DataBank du Japon (DDBJ), le Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) et GenBank du NCBI. Ces trois organisations échangent quotidiennement des données. GenBank se compose de plusieurs divisions, dont la plupart sont accessibles via la base de données Nucleotide. Les exceptions sont les divisions EST et GSS, qui sont accessibles via les bases de données Nucleotide EST et Nucleotide GSS, respectivement.

Une compilation de données du projet de séquençage du génome de la grippe NIAID et GenBank. Il fournit des outils pour l'analyse, l'annotation et la soumission de séquences grippales à GenBank. Cette ressource contient également des liens vers d'autres ressources sur la séquence de la grippe, ainsi que des publications et des informations générales sur les virus de la grippe.

Un projet impliquant la collecte et l'analyse de séquences génomiques de pathogènes bactériens provenant d'isolats alimentaires, environnementaux et de patients. Actuellement, un pipeline automatisé regroupe et identifie les séquences fournies principalement par les laboratoires de santé publique pour aider à enquêter sur les épidémies de maladies d'origine alimentaire et découvrir les sources potentielles de contamination des aliments.

Une collection de séquences nucléotidiques provenant de plusieurs sources, dont GenBank, RefSeq, la base de données Third Party Annotation (TPA) et PDB. La recherche dans la base de données de nucléotides produira des résultats disponibles à partir de chacune de ses bases de données de composants.

Base de données de séquences d'ADN apparentées issues d'études comparatives : phylogénétique, populationnelle, environnementale et, dans une moindre mesure, mutationnelle. Chaque enregistrement dans la base de données est un ensemble de séquences d'ADN. Par exemple, un ensemble de population fournit des informations sur la variation génétique au sein d'un organisme, tandis qu'un ensemble phylogénétique peut contenir des séquences et leur alignement d'un seul gène obtenu à partir de plusieurs organismes apparentés.

Un registre public de réactifs d'acide nucléique conçu pour être utilisé dans une grande variété d'applications de recherche biomédicale, ainsi que des informations sur les distributeurs de réactifs, l'efficacité des sondes et les similitudes de séquences calculées.

RefSeqGene Une collection de séquences génomiques de référence spécifiques à un gène humain. Le gène RefSeq est un sous-ensemble de la base de données RefSeq du NCBI et est défini sur la base de l'examen des conservateurs des bases de données spécifiques au locus et de la communauté des tests génétiques. Ils forment une base stable pour signaler les mutations, pour établir des conventions cohérentes de numérotation des introns et des exons et pour définir les coordonnées d'autres variations biologiquement significatives. RefSeqGene fait partie de la collaboration Locus Reference Genomic (LRG). Séquence de référence (RefSeq)

Une collection d'ADN génomique non redondant, de transcrits (ARN) et de séquences de protéines produites par NCBI. RefSeqs fournit une référence stable pour l'annotation du génome, l'identification et la caractérisation des gènes, l'analyse des mutations et du polymorphisme, les études d'expression et les analyses comparatives. La collection RefSeq est accessible via les bases de données Nucleotide et Protein.

Le Sequence Read Archive (SRA) stocke les données de séquençage de la prochaine génération de plates-formes de séquençage, notamment Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Life Technologies AB SOLiD System®, Helicos Biosciences Heliscope®, Complete Genomics® et Pacific Biosciences SMRT® .

Une base de données qui contient des séquences construites à partir des données de séquences primaires existantes dans GenBank. Les séquences et les annotations correspondantes sont soutenues expérimentalement et ont été publiées dans une revue scientifique à comité de lecture. Les enregistrements TPA sont récupérés via la base de données des nucléotides.

Un référentiel de chromatogrammes (traces) de séquences d'ADN, d'appels de base et d'estimations de qualité pour les lectures en un seul passage de divers projets de séquençage à grande échelle.

Téléchargements

Les exécutables BLAST à usage local sont fournis pour les systèmes Solaris, LINUX, Windows et MacOSX. Voir le fichier README dans le répertoire ftp pour plus d'informations. Des bases de données préformatées pour les recherches BLAST de nucléotides, de protéines et traduites sont également disponibles en téléchargement dans le sous-répertoire db.

Bases de données de séquences à utiliser avec les programmes BLAST autonomes. Les fichiers de ce répertoire sont des bases de données préformatées prêtes à être utilisées avec BLAST.

Bases de données de séquences au format FASTA à utiliser avec les programmes BLAST autonomes. Ces bases de données doivent être formatées à l'aide de formatdb avant de pouvoir être utilisées avec BLAST.

Ce site contient des fichiers pour tous les enregistrements de séquences dans GenBank dans le format de fichier plat par défaut. Les fichiers sont organisés par division GenBank et le contenu complet est décrit dans le fichier README.genbank.

Ce site contient tous les enregistrements de séquences de nucléotides et de protéines de la collection Reference Sequence (RefSeq). Le répertoire ""release"" contient la version la plus récente de la collection complète, tandis que les données pour les organismes sélectionnés (tels que l'homme, la souris et le rat) sont disponibles dans des répertoires séparés. Les données sont disponibles dans les formats FASTA et de fichiers plats. Consultez le fichier readme pour plus de détails.

Ce site contient des données de séquençage de nouvelle génération organisées par le projet de séquençage soumis.

Ce site contient les données du chromatogramme des traces organisées par espèces. Les données comprennent le chromatogramme, les scores de qualité, les séquences FASTA des appels de base automatiques et d'autres informations auxiliaires dans du texte délimité par des tabulations ainsi que dans des formats XML. Consultez le fichier readme pour plus de détails.

Ce site contient les bases de données UniVec et UniVec_Core au format FASTA. Voir le fichier README.uv pour plus de détails.

Ce site contient des données de séquence de fusil de chasse du génome entier organisées par le code de projet à 4 chiffres. Les données incluent les fichiers plats GenBank et GenPept, les scores de qualité et les statistiques récapitulatives. Voir le fichier README.genbank.wgs pour plus d'informations.

Soumissions

Un formulaire en ligne qui fournit une interface aux chercheurs, aux consortiums et aux organisations pour enregistrer leurs BioProjets. Cela sert de point de départ pour la soumission des données génomiques et génétiques pour l'étude. Les données n'ont pas besoin d'être soumises au moment de l'enregistrement de BioProject.

Un outil de soumission de séquences basé sur le Web pour une ou plusieurs soumissions à la base de données GenBank, conçu pour rendre le processus de soumission rapide et facile.

Outil de soumission à la base de données GenBank des séquences nucléotidiques courtes de codes-barres d'un locus génétique standard pour une utilisation dans l'identification des espèces.

Un outil logiciel autonome développé par le NCBI pour soumettre et mettre à jour des entrées dans des bases de données de séquences publiques (GenBank, EMBL ou DDBJ). Il est capable de gérer des soumissions simples contenant une seule séquence d'ARNm courte, des soumissions complexes contenant de longues séquences, des annotations multiples, des ensembles segmentés d'ADN, ainsi que des séquences d'études phylogénétiques et de population avec alignements. Pour une soumission simple, utilisez plutôt l'outil de soumission en ligne BankIt.

Un programme en ligne de commande qui automatise la création d'enregistrements de séquences à soumettre à GenBank en utilisant bon nombre des mêmes fonctions que Sequin. Il est principalement utilisé pour la soumission de génomes complets et de grands lots de séquences.

Ce lien décrit comment les expéditeurs de données SRA peuvent obtenir un site FTP NCBI sécurisé pour leurs données, et décrit également les formats de données et les structures de répertoire autorisés.

Un point d'entrée unique pour les expéditeurs pour se connecter et trouver des informations sur tous les processus de soumission de données au NCBI. Actuellement, cela sert d'interface pour l'enregistrement de BioProjects et BioSamples et la soumission de données pour WGS et GTR. De futurs ajouts à ce site sont prévus.

Ce lien décrit comment les expéditeurs de données de trace peuvent obtenir un site FTP NCBI sécurisé pour leurs données, et décrit également les formats de données et les structures de répertoire autorisés.

Outils

Trouve des régions de similarité locale entre des séquences biologiques. Le programme compare les séquences de nucléotides ou de protéines aux bases de données de séquences et calcule la signification statistique des correspondances. BLAST peut être utilisé pour déduire des relations fonctionnelles et évolutives entre des séquences ainsi que pour aider à identifier les membres des familles de gènes.

Vous permet de récupérer des enregistrements de nombreuses bases de données Entrez en téléchargeant un fichier de numéros GI ou d'accession à partir des bases de données Nucleotide ou Protein, ou un fichier d'identifiants uniques à partir d'autres bases de données Entrez. Les résultats de la recherche peuvent être enregistrés dans divers formats directement dans un fichier local sur votre ordinateur.

Outils permettant d'accéder aux données du système Entrez de NCBI en dehors de l'interface de requête Web standard. Ils fournissent une méthode d'automatisation des tâches Entrez dans les applications logicielles. Chaque utilitaire effectue une tâche de récupération spécialisée et peut être utilisé simplement en écrivant une URL spécialement formatée.

Cet outil compare les séquences de nucléotides ou de protéines aux bases de données de séquences génomiques et calcule la signification statistique des correspondances à l'aide de l'algorithme BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).

L'outil Remap de NCBI permet aux utilisateurs de projeter des données d'annotation et de convertir des emplacements de caractéristiques d'un assemblage génomique à un autre ou en séquences RefSeqGene via une analyse base par base. Des options sont fournies pour ajuster la rigueur du remappage, et les résultats récapitulatifs sont affichés sur la page Web. Les résultats complets peuvent être téléchargés pour être visualisés dans le visualiseur graphique Genome Workbench de NCBI, et les données d'annotation pour les caractéristiques remappées, ainsi que les données récapitulatives, sont également disponibles en téléchargement.

Une application intégrée pour la visualisation et l'analyse des données de séquence. Avec Genome Workbench, vous pouvez afficher les données dans les bases de données de séquences accessibles au public au NCBI et mélanger ces données avec vos propres données.

Un outil d'analyse graphique qui trouve tous les cadres de lecture ouverts dans la séquence d'un utilisateur ou dans une séquence déjà présente dans la base de données. Seize codes génétiques différents peuvent être utilisés. La séquence d'acides aminés déduite peut être enregistrée dans divers formats et recherchée dans des bases de données de protéines à l'aide de BLAST.

L'outil Primer-BLAST utilise Primer3 pour concevoir des amorces PCR sur un modèle de séquence. Les produits potentiels sont ensuite automatiquement analysés avec une recherche BLAST dans les bases de données spécifiées par l'utilisateur, pour vérifier la spécificité par rapport à la cible visée.

Un utilitaire pour calculer l'alignement des protéines sur la séquence nucléotidique génomique. Il est basé sur une variante de l'algorithme d'alignement global de Needleman Wunsch et tient spécifiquement compte des introns et des signaux d'épissage. Grâce à cet algorithme, ProSplign est précis dans la détermination des sites d'épissure et tolérant les erreurs de séquençage.

Fournit un affichage graphique configurable d'une séquence de nucléotides ou de protéines et des caractéristiques qui ont été annotées sur cette séquence. En plus d'être utilisé sur les pages de base de données de séquences NCBI, ce visualiseur est disponible en tant que composant de page Web intégrable. Une documentation détaillée comprenant un guide de référence API est disponible pour les développeurs souhaitant intégrer la visionneuse dans leurs propres pages.

Un utilitaire pour calculer les alignements de séquences d'ADNc à génomique. Il est basé sur une variante de l'algorithme d'alignement global de Needleman-Wunsch et tient spécifiquement compte des introns et des signaux d'épissage. Grâce à cet algorithme, Splign est précis dans la détermination des sites d'épissage et tolère les erreurs de séquençage.

L'invention concerne un système permettant d'identifier rapidement des segments d'une séquence d'acide nucléique pouvant être d'origine vectorielle. VecScreen recherche une séquence de requête pour les segments qui correspondent à n'importe quelle séquence dans une base de données vectorielle spécialisée non redondante (UniVec).


Voir la vidéo: Quest-ce que LADN..? Les acides nucléiques (Décembre 2022).