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11.E : Génomique et Biologie des Systèmes (Exercices) - Biologie

11.E : Génomique et Biologie des Systèmes (Exercices) - Biologie


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Ce sont des devoirs pour accompagner la TextMap "Online Open Genetics" de Nickle et Barrette-Ng. Il comprend l'étude des gènes eux-mêmes, de leur fonctionnement, de leur interaction et de leur production des caractéristiques visibles et mesurables que nous voyons chez les individus et les populations d'espèces au fur et à mesure qu'ils changent d'une génération à l'autre, au fil du temps et dans différents environnements.

Questions d'étude

11.1 Quels sont les avantages des techniques omiques à haut débit par rapport à l'étude d'un seul gène ou d'une seule protéine à la fois ? Quels sont les inconvénients

11.2 À quoi ressemblerait le chromatogramme d'un séquenceur capillaire si vous n'ajoutiez accidentellement que la matrice, les amorces, la polymérase et les terminateurs fluorescents à la réaction de séquençage ?

11.3 Quels sont les avantages et les inconvénients du séquençage clone par clone par rapport au séquençage complet du génome ?

11.4 Comment pourriez-vous utiliser le séquençage de l'ADN pour identifier de nouvelles espèces de micro-organismes marins ?

11.5 Expliquez comment vous pourriez utiliser une puce à ADN pour identifier les gènes du blé qui ont modifié l'expression pendant la sécheresse ?

11.6 Un microarray a identifié 100 gènes dont les transcrits sont abondants dans les tumeurs, mais absents dans les tissus normaux. Est-ce que certains ou tous ces transcrits causent le cancer ? Expliquez votre réponse.

11.7 Comment pouvez-vous vous assurer que chaque spot imprimé sur un microarray contient l'ADN d'un seul gène ?

11.8 À quoi ressembleraient les spots sur un microarray après hybridation, si chaque spot contenait un mélange aléatoire de gènes ?

11.9 À quoi ressembleraient les taches si l'hybridation de l'ADN marqué en vert et en rouge était effectuée à faible stringence ?


Cell & Biologie du développement

L'accent CDB avec des pistes en biologie cellulaire et des systèmes et en biologie médicale et physiologie convient bien à ceux qui s'intéressent à la recherche fondamentale, aux sciences médicales et de la santé et à l'enseignement. Les cellules sont l'unité la plus fondamentale de la vie. Ils abritent l'ADN, fabriquent des protéines, produisent de l'énergie, fournissent une structure, transmettent des informations neuronales et provoquent parfois des maladies. La gamme spectaculaire de structures et de fonctions que les cellules exécutent est rendue possible par le processus de développement, qui coordonne les changements cellulaires fondamentaux et divers et, tout au plus impressionnant, produit un organisme complexe comme nous à partir d'une simple cellule de départ.

Armés d'un éventail de méthodes modernes, y compris la microscopie avancée et des approches génomiques puissantes, les biologistes cellulaires et du développement découvrent les indices moléculaires responsables des structures complexes au sein des cellules, de leurs fonctions et des changements frappants qu'elles subissent au cours du développement. La faculté de biologie cellulaire et du développement de Berkeley est à la pointe de l'étude dans une gamme de sujets importants, notamment le développement des cellules souches, le cancer et le dysfonctionnement cellulaire, et la compréhension des mécanismes qui permettent aux cellules de se diviser, de se déplacer, de détecter et de transmettre des signaux, et régénérer.

Exigences de la division supérieure

MCB 133L : Laboratoire de biologie cellulaire et de physiologie (Fa, Sp 4 un)

OU MCB 170L : Laboratoire de biologie moléculaire et cellulaire (Su seulement 4 un)

MCB 133L : Laboratoire de biologie cellulaire et de physiologie (Fa, Sp 4 un)

OU MCB 170L : Laboratoire de biologie moléculaire et cellulaire (Su seulement 4 un)


Pétition pour remplacer le MCB 133L par des unités de recherche

Les étudiants peuvent demander à remplacer le cours de laboratoire par des connaissances et des unités équivalentes obtenues grâce à une expérience de recherche indépendante (telle que la recherche 199 ou H196), tel que déterminé par le conseiller principal de la faculté de leur accent principal. Un examen attentif et une discussion avec votre conseiller pédagogique sont importants lors de la décision d'utiliser ou non une recherche indépendante pour remplacer le laboratoire, car les laboratoires MCB exposent les étudiants à de nombreuses approches biologiques qui ne sont pas toujours rencontrées au cours de ces projets de recherche. Pour plus d'informations sur le processus d'approbation, voir Pétition pour remplacer le cours MCB Lab.

Exemples de plans de 4 ans

Ce ne sont que des exemples, pour plus d'exemples d'horaires, y compris le démarrage au printemps et le transfert, consultez guide.berkeley.edu ou rencontrez un conseiller pour explorer vos options. Il est recommandé par les conseillers et les professeurs du MCB de suivre le laboratoire de la division supérieure le plus tôt possible si vous êtes intéressé par la recherche et/ou la recherche spécialisée.

Piste 1 : Biologie des systèmes cellulaires et des systèmes d'amplification Piste 2 : Biologie médicale et physiologie
Année 1 Année 1
Tomber ONU Printemps ONU Tomber ONU Printemps ONU
Mathématiques 10A 4 Mathématiques 10B 4 Mathématiques 10A 4 Mathématiques 10B 4
Chimie 1A/1AL 4 Chimie 3A/3AL 5 Chimie 1A/1AL 4 Chimie 3A/3AL 5
Année 2 Année 2
Tomber ONU Printemps ONU Tomber ONU Printemps ONU
Chimie 3B/3BL 5 Biologie 1A/1AL 5 Chimie 3B/3BL 5 Biologie 1A/1AL 5
Biologie 1B 4 Physique 8A 4 Biologie 1B 4 Physique 8A 4
Année 3 Année 3
Tomber ONU Printemps ONU Tomber ONU Printemps ONU
Physique 8B 4 MCB 104 4 Physique 8B 4 MCB 104 4
MCB 102 4 MCB 130 4 MCB 102 4 Électif B 3-4
Année 4 Année 4
Tomber ONU Printemps ONU Tomber ONU Printemps ONU
MCB 133L 4 Électif A 3-4 Électif B 3-4 MCB 133L 4
Électif A 3-4 MCB 136 4

Listes au choix approuvées

Liste élective CDB A

CDB Électif LISTE B

Biologie moléculaire et cellulaire

  • C103 Pathogenèse bactérienne (Sp, 3 crédits)
  • C112 Microbiologie générale (F, Su 4 crédits)
  • C114 Introduction à la virologie comparée (Sp, 4 crédits)
  • C116 Diversité microbienne (F, 3 crédits)
  • 132 Biologie du cancer humain (F, 4 crédits)
  • C134 Biologie des chromosomes / Cytogénétique (Sp, 3 crédits)
  • 135A Endocrinologie moléculaire (unités F 3)
  • 136 Physiologie (F, Sp 4 crédits)
  • 137L Biologie physique de la cellule (Sp, 3 crédits)
  • 141 Biologie du développement (Sp, 3 crédits)
  • C148 Génomique microbienne et génétique (Sp, 4 crédits)
  • 149 Le génome humain (F, 3 crédits)
  • 150 Immunologie moléculaire (F, Sp, 4 crédits)
  • 153 Thérapeutique moléculaire (F, 4 crédits)
  • 160 Neurobiologie cellulaire et moléculaire (F, 4 crédits)
  • 161 Circuits, systèmes et neurosciences comportementales (Sp, 4 crédits)
  • 165 Neurobiologie de la maladie (Sp, 3 crédits)
  • 166 Neurobiologie biophysique (F, 3 crédits)

Biologie moléculaire et cellulaire

  • C103 Pathogenèse bactérienne (Sp, 3 crédits)
  • C112 Microbiologie générale (F, Su 4 crédits)
  • C114 Introduction à la virologie comparée (Sp, 4 crédits)
  • C116 Diversité microbienne (F, 3 crédits)
  • 130 Biologie cellulaire et des systèmes (Sp, 4 crédits)
  • 132 Biologie du cancer humain (F, 4 crédits)
  • C134 Biologie des chromosomes / Cytogénétique (Sp, 3 crédits)
  • 135A Endocrinologie moléculaire (unités F 3)
  • 137L Biologie physique de la cellule (Sp, 3 crédits)
  • 141 Biologie du développement (Sp, 3 crédits)
  • C148 Génomique microbienne et génétique (Sp, 4 crédits)
  • 149 Le génome humain (F, 3 crédits)
  • 150 Immunologie moléculaire (F, Sp, 4 crédits)
  • 153 Thérapeutique moléculaire (F, 4 crédits)
  • 160 Neurobiologie cellulaire et moléculaire (F, 4 crédits)
  • 161 Circuits, systèmes et neurosciences comportementales (Sp, 4 crédits)
  • 165 Neurobiologie de la maladie (Sp, 3 crédits)
  • 166 Neurobiologie biophysique (F, 3 crédits)

Biologie intégrative

  • 103LF Zoologie des Invertébrés (Sp, 5 crédits)
  • 104LF Histoire naturelle des vertébrés (Sp, 5 crédits)
  • 117 & 117LF Ethnobotanique médicale avec laboratoire (F, Su, 2 & 2)*
  • 123AL Exercice et physiologie environnementale (F, 5 crédits)
  • 131 Anatomie humaine générale (F, Su, 3 crédits)
  • 137 Endocrinologie humaine (F, 4 crédits)
  • 140 Biologie de la reproduction humaine (Sp, 4 crédits)
  • C143A Horloges biologiques : Physiologie et comportement (Alt F, 3 crédits)
  • C143B Hormones et comportement (Sp, 3 crédits)
  • 148 Physiologie animale comparée (Alt F, 3 crédits)
  • * les deux cours magistraux ET laboratoires doivent être suivis pour IB 117/117L pour obtenir une exigence au choix

Sciences de la nutrition et toxicologie

  • 103 Fonction des nutriments et métabolisme (F, 3 crédits)
  • 108A Introduction & Application of Food Science (F, 3 crédits)
  • 110 Toxicologie (F, 4 crédits)
  • 160 Bases métaboliques de la santé humaine et des maladies (unités Sp 4)
  • 161A Thérapie nutritionnelle médicale I (F 4 crédits)

Biologie microbienne des plantes et des plantes

  • 135 Physiologie & Biochimie des plantes (unités F 3)
  • 150 Biologie des cellules végétales (unités F 3)
  • 160 Génétique moléculaire végétale (unités Sp 3)
  • 110 Introduction à la psychologie biologique (F, Sp, Su 3 crédits)
  • C113 Horloges biologiques : physiologie et comportement (unités Alt F 3)
  • C116 Hormones & amp Comportement (Sp 3 unités)

Santé publique

  • 141 Introduction à la biostatistique (Su 5 crédits)
  • 142 Intro to Probability & Statistics in Bio & Public Health (F,Sp 4 unités) - Remarque : Pour les étudiants qui ont terminé Math 10A/B, ou Stat 2 ou 20, ce cours n'est pas accepté pour répondre à l'exigence au choix.
  • 150B Introduction aux sciences de la santé environnementale (unités F 3)
  • 162A Microbiologie en santé publique (F, Su 4 crédits)

Cours approuvés mais PAS régulièrement offerts

  • MCB 113 Microbiologie appliquée et biochimie
  • MCB 115 Biologie moléculaire du virus animal
  • MCB 137 Simulation par ordinateur en biologie (remplacé par MCB 137L)
  • MCB 143 Evolution des génomes, des cellules et du développement (F, 3 crédits)
  • MCB 163 Neuroanatomie des mammifères
  • MCB 167 Bases physiologiques et génétiques du comportement
  • MCB C145 Génomique
  • MCB C146 Sujets en biologie computationnelle et génomique
  • NSTX 150 Mécanique de la régulation métabolique
  • PH 150A Introduction à l'épidémiologie et aux maladies humaines

Réserver Mandir

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Programmation linéaire en nombres entiers en biologie computationnelle et des systèmes

Ce livre a été cité par les publications suivantes. Cette liste est générée à partir des données fournies par CrossRef.
  • Editeur : Cambridge University Press
  • Date de publication en ligne : mai 2019
  • Année de publication imprimée : 2019
  • ISBN en ligne : 9781108377737
  • DOI : https://doi.org/10.1017/9781108377737
  • Sujets : Génomique, bioinformatique et biologie des systèmes, sciences de la vie, informatique, biologie computationnelle et bioinformatique

Envoyez un e-mail à votre bibliothécaire ou à votre administrateur pour lui recommander d'ajouter ce livre à la collection de votre organisation.

Description du livre

La programmation linéaire en nombres entiers (ILP) est une technique de modélisation et d'optimisation polyvalente qui est de plus en plus utilisée de manière non traditionnelle en biologie, avec le potentiel de transformer le calcul biologique. Cependant, peu de biologistes le savent. Ce texte expliquant comment et pourquoi faire présente l'ILP à travers le prisme de la biologie computationnelle et des systèmes. Il utilise des exemples approfondis de la génomique, de la phylogénétique, de l'ARN, du repliement des protéines, de l'analyse de réseau, du cancer, de l'écologie, de la co-évolution, du séquençage de l'ADN, de l'analyse de séquence, de l'inférence généalogique et fraternelle, de l'haplotypage, etc., pour établir la puissance de l'ILP. Ce livre vise à enseigner la logique de la modélisation et de la résolution de problèmes avec l'ILP, et à enseigner le « flux de travail » pratique impliqué dans l'utilisation de l'ILP en biologie. Écrit pour un large public, sans prérequis biologiques ou informatiques, ce livre est approprié pour les cours de niveau d'entrée et avancés destinés aux étudiants en biologie et en informatique, et comme source pour les spécialistes. De nombreux exercices et logiciels d'accompagnement (en Python et Perl) démontrent les concepts.

Commentaires

«Dans son style d'enseignement classique et accessible, Gusfield nous apprend pourquoi la programmation linéaire en nombres entiers (ILP) est l'idée mathématique la plus utile dont vous n'avez probablement jamais entendu parler. Lisez ce livre pour savoir comment ce que vous ne savez pas peut vous blesser et pourquoi l'ILP devrait être votre nouvelle méthode préférée.'

Trey Ideker - Université de Californie, San Diego

« Une fois de plus, Dan Gusfield a écrit un livre accessible qui montre que la rigueur algorithmique n'a pas besoin d'être sacrifiée lors de la résolution de problèmes du monde réel. Il explique la programmation linéaire en nombres entiers dans le contexte de la biologie du monde réel. Ce faisant, le lecteur a une compréhension enrichie à la fois des détails algorithmiques et des défis de la biologie moderne.'


La génomique et le cadre des 4 M

Deux aspects distinguent la science des données dans le contexte des sciences naturelles du contexte des sciences sociales. Premièrement, dans les sciences naturelles, la plupart des données sont quantitatives et structurées, elles proviennent souvent de lectures de capteurs provenant de systèmes expérimentaux et d'observations dans des conditions bien contrôlées. En revanche, les données en sciences sociales sont plus fréquemment non structurées et dérivées d'observations plus subjectives (par exemple, des entretiens et des enquêtes). Deuxièmement, les sciences naturelles ont également des modèles chimiques, physiques et biologiques sous-jacents qui sont souvent hautement mathématisés et prédictifs.

Par conséquent, l'exploration de données en sciences naturelles est intimement associée à la modélisation mathématique. Une façon succincte de comprendre cette relation est le cadre 4 M, développé par Lauffenburger [39]. Ce concept décrit le processus global de la biologie des systèmes, étroitement lié à la génomique, en termes de (i) mesure de la quantité, (ii) exploitation minière à grande échelle, ce que nous appelons souvent la science des données, (3) modélisation de l'exploitation minière observations, et enfin (4) Manipuler ou tester ce modèle pour s'assurer qu'il est précis.

L'approche hybride consistant à combiner l'exploration de données et la modélisation biophysique est une voie raisonnable pour la génomique (Fig. 1b). L'intégration de mécanismes physico-chimiques dans l'apprentissage automatique fournit une interprétabilité précieuse, augmente l'efficacité des données dans l'apprentissage (par exemple, grâce à l'augmentation de l'ensemble d'entraînement et aux a priori informatifs) et permet l'extrapolation des données lorsque les observations sont coûteuses ou impossibles [40]. D'autre part, l'exploration de données est capable d'estimer avec précision les paramètres du modèle, de remplacer certaines parties complexes des modèles où les théories sont faibles et d'émuler certains modèles physiques pour une efficacité de calcul [41].

La prévision météorologique à court terme en tant qu'exemple de cette approche hybride est peut-être ce que recherche la génomique. Pour cette discipline, les prédictions sont basées sur des données de capteurs du monde entier, puis fusionnées avec des modèles physiques. La prévision météorologique fut en effet l'une des premières applications du calcul à grande échelle dans les années 1950 [42, 43]. Cependant, ce fut un flop abject, essayant de prédire le temps uniquement sur la base de modèles physiques. Les prédictions se sont rapidement avérées correctes pendant une courte période, principalement en raison de l'importance des conditions initiales. Cette tentative imparfaite a contribué au développement des domaines de la dynamique non linéaire et du chaos, et à la création du terme « effet papillon » [43]. Cependant, les années suivantes ont considérablement transformé la prévision météorologique en une grande réussite, grâce à l'intégration de modèles physiques avec de grands ensembles de données mesurés par des satellites, des ballons météorologiques et d'autres capteurs [43]. De plus, l'appréciation du public pour les aspects probabilistes d'une prévision météorologique (c.


Comprendre la réponse à l'exercice d'endurance par une approche de biologie des systèmes : combiner la métabolomique sanguine, la transcriptomique et la miRNomique chez le cheval

Fond: L'exercice d'endurance chez les chevaux nécessite des processus adaptatifs impliquant des réponses physiologiques, biochimiques et cognitivo-comportementales pour tenter de retrouver l'homéostasie. Nous avons émis l'hypothèse que l'identification des relations entre le métabolome sanguin, le transcriptome et le miRNome pendant l'exercice d'endurance chez les chevaux pourrait fournir des informations importantes sur la réponse moléculaire à l'exercice d'endurance. Pour cette raison, les données du métabolome sérique et du transcriptome du sang total et du miRNome ont été obtenues à partir de dix chevaux avant et après une compétition d'endurance de 160 km.

Résultats: Nous avons obtenu un réseau global de régulation basé sur 11 métabolites uniques, 263 gènes métaboliques et 5 miARN dont l'expression était significativement altérée à T1 (compétition post-endurance) par rapport à T0 (baseline, compétition pré-endurance). Ce réseau a fourni de nouvelles informations sur l'interaction entre les voies moléculaires distinctes (par exemple, la détection de l'énergie et de l'oxygène, le stress oxydatif et l'inflammation) qui n'étaient pas détectables lors de l'analyse de métabolites ou de transcrits isolés. Des métabolites et des transcrits uniques remplissaient de multiples rôles et partageaient ainsi plusieurs voies biochimiques. À l'aide d'une analyse métrique du facteur d'impact réglementaire, ce réseau de régulation a été confirmé davantage au niveau du facteur de transcription et du miARN. Dans une cohorte étendue de 31 animaux indépendants, l'analyse factorielle multiple a confirmé les fortes associations entre le lactate, les dérivés du méthylène, miR-21-5p, miR-16-5p, la famille let-7 et les gènes codant pour les protéines impliquées dans les réactions métaboliques principalement liées à l'énergie, l'ubiquitine protéasome et les réponses immunitaires lipopolysaccharidiques après la compétition d'endurance. L'analyse factorielle multiple a également identifié des biomarqueurs potentiels à T0 pour une probabilité accrue de ne pas terminer une compétition d'endurance.

Conclusion : À notre connaissance, la présente étude est la première à fournir un aperçu complet et intégré des réseaux de corégulation du métabolome, du transcriptome et du miRNome qui pourraient jouer un rôle clé dans la régulation de la réponse métabolique et immunitaire à l'exercice d'endurance chez les chevaux. .

Mots clés: Exercice d'endurance Cheval Métabolome Analyse factorielle multiple Régulome Biologie des systèmes Transcriptome miRNome.

Les figures

Régulation métabolique dans la cellule…

Régulation métabolique dans la cellule après un exercice d'endurance. L'exercice d'endurance a augmenté la production…

Réseau de régulation liant métabolites, métaboliques…

Réseau de régulation reliant les métabolites, les gènes métaboliques et les miARN. Nous avons identifié un total de…

Activateurs et répresseurs de la…

Activateurs et répresseurs du réseau de régulation. une Le réseau de régulation a été animé…

Diagramme de projection d'analyse factorielle multiple…

Diagramme de projection d'analyse factorielle multiple à T0 dans une cohorte indépendante de 13…

Diagramme de projection d'analyse factorielle multiple…

Diagramme de projection d'analyse factorielle multiple à T1 dans une cohorte indépendante de 31…

Un modèle pour une augmentation intestinale…

Un modèle d'augmentation de la perméabilité intestinale après l'exercice basé sur un métabolite coordonné et…


Exercices de bioinformatique

Télécharger le protéome de Halobacterium spec. avec wget et regardez-le :

a) Combien y a-t-il de protéines prédites ?

b) Combien de protéines contiennent le motif “WxHxxH” ou “WxHxxHH” ?

c) Utilisez la fonction de recherche (/) dans ‘less’ pour rechercher les identifiants de protéines contenant le motif ou, plus élégamment, faites-le avec awk :

a) Générer une liste d'ID de séquence pour le résultat de correspondance de modèle ci-dessus

(c'est-à-dire récupérer my_IDs de l'étape 2c). Vous pouvez également télécharger le fichier pré-généré avec wget.

5. En regardant plusieurs modèles différents :

a) Générer plusieurs listes d'ID de séquence à partir de divers résultats de correspondance de modèle (c'est-à-dire récupérer

e a.my_ids , b.my_ids et c.my_ids de l'étape 2c).

b) Récupérez les séquences en une seule étape en utilisant fastacmd dans une boucle for : 6. Exécutez blastall avec quelques protéines dans myseq.fasta contre votre nouvelle base de données de protéomes Halobacterium. Créez d'abord un fichier de sortie d'explosion complet, y compris les alignements. Dans une deuxième étape, utilisez l'option ‘m -8’ pour obtenir une sortie tabulaire (c'est-à-dire des valeurs séparées par des tabulations).

Les descriptions déposées de l'explosion sortie tabulaire (du “-m 8”) sont disponibles ici.


Département de biologie

La biologie a eu des décennies de leadership extraordinaire qui l'a bien servi et a abouti à la conception de programmes holistiques pour préparer les étudiants aux études post-baccalauréat, aux professions de la santé, à l'enseignement des sciences et à d'autres carrières liées aux sciences. La mission du département de biologie est en accord avec la mission et les objectifs de l'Université, en particulier en ce qui concerne le développement des leaders de demain dans les professions utilisant les connaissances biologiques. La majeure fournit un enseignement sur les concepts biologiques fondamentaux, une immersion dans des exercices pratiques et pratiques sur le terrain et en laboratoire, et des opportunités pour une plus grande spécialisation dans des domaines émergents comme la biophysique, la biologie computationnelle et la génomique. Le raisonnement critique, la recherche intellectuelle et la maîtrise du jargon scientifique sont encouragés de manière agressive dans le programme de biologie. Dès le début, les étudiants sont impliqués dans la pratique de la recherche scientifique et, dans les cours avancés, motivés à formuler des hypothèses vérifiables, à concevoir des expériences et à analyser des données. Ces compétences sont ensuite démontrées dans le cours de synthèse BIOL, BIOL401 Senior Seminar, dans lequel les étudiants présentent une présentation scientifique de haute qualité et des questions de terrain qui peuvent être posées par tout membre de la faculté BIOL. Le programme promeut le leadership et les compétences collaboratives à travers des projets de groupe, y compris des récitations/préceptes, des discussions, des expériences de laboratoire et des rapports. Les étudiants de premier cycle avancés peuvent servir d'assistants d'enseignement et de laboratoire. Le département soutient un chapitre de Beta Kappa Chi, The Biology Club et Pre-Professional Health Careers Advisory Program. Ces organisations centrées sur les étudiants offrent des opportunités de leadership et de service.

Énoncé de vision

La majeure en biologie est conçue pour : donner aux étudiants une large compréhension des processus, des concepts et des structures qui caractérisent la vie à trois niveaux de base : moléculaire/cellulaire, système/organisme et communauté/écosystème encourager la recherche et l'expérimentation scientifiques par le biais d'expériences en laboratoire et sur le terrain et une recherche indépendante et authentique et enfin, préparer les étudiants à poursuivre des études supérieures ou professionnelles, ou à des carrières dans les soins de santé, la recherche publique et privée, l'enseignement et les domaines connexes.

PROGRAMMES DIPLMÉS

Le programme de base de biologie nécessite l'achèvement de deux cours d'introduction obligatoires (cr. hr = 8) au cours de la première année, après quoi les étudiants peuvent choisir 5 à 7 cours avancés en biologie (cr. hr = 19 - 28) en fonction de leurs intérêts et de leurs objectifs de carrière. avec la restriction qu'au moins un cours soit suivi dans chacune des trois grandes catégories de biologie (c.-à-d. organisme/physiologie, cellulaire et moléculaire, et environnement/écologie/évolution).

1. Un "noyau" obligatoire de neuf cours de biologie avec des laboratoires représentant trois niveaux de processus vitaux :

  • trois cours d'introduction avec laboratoires (BIOL120/121, BIOL230/231)
  • biologie moléculaire et cellulaire (BIOL250/251)
  • cinq cours au choix en biologie avec un contenu avancé dans chacun des trois niveaux

2. Séminaire senior
3. Quatre cours obligatoires en chimie
4. Deux cours obligatoires en mathématiques
5. Deux cours obligatoires en physique

Études supérieures en biologie

Le programme d'études supérieures en biologie mène à la maîtrise ès sciences. L'offre d'un diplôme d'études supérieures en biologie a plusieurs objectifs. L'un d'eux est d'offrir aux étudiants qui ont obtenu le baccalauréat en biologie ou autres sciences naturelles la possibilité d'élargir et d'accroître leurs connaissances en sciences biologiques. Une autre est la possibilité pour les étudiants d'acquérir ou d'élargir leur expérience dans le domaine de la recherche expérimentale en biologie. Ces objectifs peuvent être atteints grâce à la sélection de cours au choix offerts dans ce département et les domaines connexes (chimie, agriculture, médecine vétérinaire, etc.), et par la sélection d'un domaine de recherche de concentration. Ce dernier se fait avec l'aide d'un conseiller principal du département qui agira généralement comme professeur principal de l'étudiant. Tous les étudiants diplômés sont tenus d'enseigner pendant un (1) an dans le programme de biologie Freshman.

MME. en biologie

Le programme d'études supérieures en biologie est conçu pour préparer les étudiants à des travaux d'études supérieures menant à un doctorat. fournir aux biologistes professionnels des opportunités de recherche et d'enseignement avancées et offrir aux étudiants un programme d'études supérieures à large base permettant une spécialisation dans les divers domaines de recherche représentés par la faculté du département. La procédure de candidature est simple !

Doctorat en Biosciences Intégratives

Les progrès des sciences de la vie qui répondent aux défis locaux et mondiaux nécessitent de nouvelles approches de l'enseignement supérieur et de la recherche. Le doctorat en biosciences intégratives (IBS) de l'Université Tuskegee. Le programme est conçu pour développer des professionnels qui ont non seulement des compétences techniques, mais qui possèdent également la flexibilité et l'adaptabilité nécessaires pour relever les complexités des défis actuels. Découvrez notre mission, notre vision et les collaborateurs de ce programme.

DÉVELOPPEMENT PROFESSIONNEL

Le Learning Resource Center (LRC), situé dans la salle 207 Armstrong Hall, contient une bibliothèque d'informations sur les facultés de médecine et leurs programmes, les conditions d'admission et la planification financière qui peut être consultée pour référence par tout étudiant (biologie ou non-biologie majeure) . Des informations similaires sont disponibles sur d'autres programmes tels que la dentisterie, l'optométrie, la pharmacie, la physiothérapie, l'assistant du médecin et la santé publique. Le Centre contient également des informations imprimées et informatisées sur le MCAT, le GRE et d'autres examens standardisés, ainsi que des informations sur les programmes d'enrichissement/recherche d'été et les programmes post-baccalauréat. Les candidatures pour ces examens et programmes sont disponibles au Centre.

PROGRAMME DE CONSEIL POUR LES CARRIÈRES EN SANTÉ PRÉPROFESSIONNELLES

Le Programme consultatif pré-professionnel sur les carrières en santé (PHCAP) a été créé pour aider les étudiants dans le processus de candidature aux carrières en santé. Il y a une série d'ateliers, de réunions et de sessions privées qui garantiront que chaque étudiant a une application bien équilibrée.

PROTOCOLE D'ENTENTE (PE)

Le Tuskegee University College of Arts and Sciences a des partenariats avec diverses institutions médicales à travers le pays avec des programmes d'acceptation précoce.

BUREAU DE RECHERCHE DE PREMIER CYCLE

Le Bureau de la recherche de premier cycle (OUR) vise à exposer les étudiants à des carrières et à des stages axés sur la recherche. Plusieurs séminaires sont organisés pour permettre aux étudiants d'avoir un contact direct avec les techniques professionnelles et de laboratoire qui leur permettront de réussir à l'avenir.

Le programme de carrières en recherche est coordonné par le Dr Marcia Martinez. L'objectif du programme est d'aider les professeurs engagés dans la recherche biomédicale à l'Université de Tuskegee à développer des programmes de recherche compétitifs, ainsi qu'à augmenter le nombre de minorités sous-représentées à l'Université de Tuskegee menant des recherches biomédicales. Le programme a été établi pour accroître l'accès aux laboratoires de recherche, assister à des réunions scientifiques nationales, organiser des séminaires biomédicaux pour les professeurs et les étudiants et promouvoir la recherche des étudiants par le biais du mentorat. Les étudiants inscrits à la recherche de premier cycle peuvent acquérir de l'expérience auprès des membres du corps professoral en biologie ou d'autres départements biomédicaux sur le campus. Certaines des recherches menées sur le campus mettent l'accent sur le cancer, la toxicologie ou la physiologie de la reproduction.

Le projet MICROBE vise à améliorer l'exposition des étudiants de premier cycle à la recherche à l'intérieur et à l'extérieur de l'amphithéâtre. Ce programme de recherche de premier cycle vise à offrir plus d'opportunités aux étudiants d'effectuer des recherches au cours de l'année universitaire.


Avis et avenants

«Models of Life est un aperçu d'un physicien sur les mécanismes de régulation biologique. Il fournit une base quantitative du fonctionnement de nombreux systèmes biologiques. En utilisant une logique et des mathématiques simples, Kim Sneppen, un scientifique et penseur de renommée mondiale, a créé une lecture incontournable pour les chercheurs en biologie quantitative. Le livre fournit une explication claire des expériences triomphantes d'une manière lucide avec des chiffres nets. L'éclat de l'esprit analytique de l'auteur est visible quand on voit comment il explique certains des systèmes de régulation paradigmatiques passionnants, en commençant par les bases de la biologie moléculaire. Le livre regorge également de questions problématiques intellectuellement stimulantes pour les lecteurs, ce qui en fait également un excellent texte pour les étudiants. Sankar Adhya, Institut national du cancer, Maryland

« Le livre perspicace de Kim Sneppen couvre de nombreux domaines dans la description des systèmes biologiques à différentes échelles de temps et de longueur et à différents niveaux de résolution. Ses différents chapitres unifiés par la philosophie de modélisation de l'auteur intéresseront certainement un groupe de lecteurs très diversifié… Les lecteurs intéressés par la modélisation à base d'agents trouveront qu'elle s'applique à des systèmes aussi divers que l'épigénétique, la propagation de l'information et les modèles évolutifs dans les archives fossiles. . Des chapitres dédiés combinent la biophysique et la biologie des systèmes de la régulation des gènes et des interactions protéine-protéine. Le livre fournit une couverture particulièrement approfondie de la biologie des phages, des bactéries et de leurs interactions au sein des écosystèmes. Il ferait un excellent manuel pour un, voire plusieurs cours universitaires sur les systèmes ou la biologie évolutive. En fait, lorsque j'enseignerai ces cours, je m'en servirai beaucoup moi-même et je le recommanderai à mes étudiants.' Sergueï Maslov, Laboratoire national de Brookhaven, New York

« Sneppen a écrit un livre merveilleusement convivial et lisible sur les principes des cellules biologiques pour les physiciens. Il présente des concepts et des modèles à un niveau suffisamment profond pour transmettre des idées puissantes, tout en gardant les mathématiques au niveau absolument minimal qui est nécessaire pour être clair et informatif. Ce livre est pionnier en couvrant un terrain scientifique qui n'est largement pas couvert ailleurs, mais qui le sera dans le futur - y compris la rétroaction, la régulation, les réseaux, la bistabilité dans le commutateur lambda-phage, la boucle d'ADN, la diffusion dans les cellules, la régulation épigénétique et l'évolution cellulaire . Je le recommande vivement comme un livre profondément perspicace sur les principes de la biologie et une excellente lecture.' Ken Dill, Centre Laufer, Université Stony Brook


Avis et avenants

« Models of Life est un aperçu d'un physicien sur les mécanismes de régulation biologique. Il fournit une base quantitative du fonctionnement de nombreux systèmes biologiques. En utilisant une logique et des mathématiques simples, Kim Sneppen, un scientifique et penseur de renommée mondiale, a créé une lecture incontournable pour les chercheurs en biologie quantitative. Le livre fournit une explication claire des expériences triomphantes d'une manière lucide avec des chiffres nets. L'éclat de l'esprit analytique de l'auteur est visible quand on voit comment il explique certains des systèmes de régulation paradigmatiques passionnants, en commençant par les bases de la biologie moléculaire. Le livre regorge également de questions problématiques intellectuellement stimulantes pour les lecteurs, ce qui en fait également un excellent texte pour les étudiants. Sankar Adhya, Institut national du cancer, Maryland

« Le livre perspicace de Kim Sneppen couvre de nombreux domaines dans la description des systèmes biologiques à différentes échelles de temps et de longueur et à différents niveaux de résolution. Ses différents chapitres unifiés par la philosophie de modélisation de l'auteur intéresseront certainement un groupe de lecteurs très diversifié… Les lecteurs intéressés par la modélisation à base d'agents trouveront qu'elle s'applique à des systèmes aussi divers que l'épigénétique, la propagation de l'information et les modèles évolutifs dans les archives fossiles. . Des chapitres dédiés combinent la biophysique et la biologie des systèmes de la régulation des gènes et des interactions protéine-protéine. Le livre fournit une couverture particulièrement approfondie de la biologie des phages, des bactéries et de leurs interactions au sein des écosystèmes. Il ferait un excellent manuel pour un, voire plusieurs cours universitaires sur les systèmes ou la biologie évolutive. En fait, lorsque j'enseignerai ces cours, je m'en servirai beaucoup moi-même et je le recommanderai à mes étudiants.' Sergueï Maslov, Laboratoire national de Brookhaven, New York

'Sneppen has written a wonderfully friendly and readable book on the principles of biological cells for physicists. He presents concepts and models at a level that is sufficiently deep to convey powerful insights, while keeping the math to the absolutely minimal level that is needed to be clear and informative. This book is pioneering in covering scientific terrain that is largely not covered much elsewhere, but will be in the future - including feedback, regulation, networks, bistability in the lambda-phage switch, DNA looping, diffusion in cells, epigenetic regulation and cellular evolution. I highly recommend it as a deeply insightful book about the principles of biology and a great read.' Ken Dill, Laufer Center, Stony Brook University