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Comment puis-je télécharger une séquence de gènes à partir de GenBank (NCBI) ?

Comment puis-je télécharger une séquence de gènes à partir de GenBank (NCBI) ?


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Pourriez-vous m'indiquer les étapes pour trouver et télécharger une séquence de gènes à partir de GeneBank ?

J'apprécierais votre aide.


Accédez au site Web du NCBI, remplissez le champ de recherche avec les informations pertinentes dans la partie supérieure de la page, sélectionnez "nucléotide" dans le menu déroulant situé juste à gauche du champ de recherche et cliquez sur rechercher. Vous obtiendrez une liste d'articles, en cliquant sur le lien "FASTA" ci-dessous, l'un d'eux vous apportera la séquence correspondante. Selon votre intérêt, vous pouvez choisir d'autres bases de données dans ce menu, et certaines d'entre elles sont liées entre elles. Par exemple, vous pouvez effectuer la recherche en sélectionnant "gène" au lieu de "nucléotide" et lors de l'affichage d'une information sur un gène sélectionné, vous pouvez voir les liens qui mènent à la base de données de nucléotides pour obtenir la séquence.


Alternativement, vous pouvez utiliser le NCBI Entrez Direct Utilitaires électroniques UNIX

Dans le terminal, installez-le en utilisant : source ./install-edirect.sh

Ensuite, vous pouvez télécharger votre séquence en faisant :

esearch -db nucleotide -query "NC_030850.1" | efetch -format fasta > NC_030850.1.fasta

Et vous devriez trouver votre séquence fasta téléchargée.

Comme vous avez plusieurs séquences à télécharger, je pense qu'il sera assez facile d'ajouter cette commande dans un petit script bash pour toutes les traiter.

Juste wget ou curl chacun comme https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_030853.1?report=fasta&log$=seqview&format=text .


Ce tutoriel nécessite que l'utilisateur ait déjà enregistré les numéros d'identification GenBank pour les séquences qui l'intéressent. Le didacticiel utilise les read.GenBank() et écrire.dna() fonctions disponibles dans le package 'ape'. Je ne garantis pas que ce soit le moyen le plus efficace de coder tout cela en R, mais cela ne devrait pas avoir d'importance puisque le temps de calcul est minime.

La première étape consiste à charger (ou installer + charger) le package 'ape' dans R.

Étant donné que les packages dans R sont constamment mis à jour et réorganisés, je tiens à préciser que j'ai utilisé la version 3.3 de ape pour écrire tout cela. Les PackageVersion() La fonction, intégrée à R, est pratique pour évaluer cela.

Ensuite, nous importerons chaque liste de séquences à partir d'un fichier .CSV (valeurs séparées par des virgules) prédéfini. Les séquences GenBank doivent être répertoriées dans une colonne, avec un numéro de séquence unique dans chaque ligne. Les lignes peuvent être vides (si elles sont extraites d'une feuille Excel, comme c'est généralement le cas) - les lignes vides seront simplement ignorées. Pour l'article sur la phylogénie du labrid, j'ai créé un fichier CSV distinct pour chaque gène d'intérêt. Dans ce tutoriel, je vais fournir les listes que j'ai utilisées pour obtenir les gènes COI et CYTB.

Importez chacun d'eux dans R en tant qu'objets séparés. Il est crucial de définir stringsAsFactors=FALSE lors de l'importation. Modifiez le code ci-dessous si nécessaire pour les lire depuis votre répertoire de travail :

Pour plus de simplicité, j'ai nommé la liste COI comme "coi" et la liste CYTB comme "cyt" dans mon espace de travail. L'étape suivante consiste à convertir ces listes en listes de caractères :

Utilisez ensuite read.Genbank() pour se connecter à la base de données GenBank et télécharger les séquences. Régler espèces.noms=T pour s'assurer que les métadonnées du nom de l'espèce sont incluses.

Cela créera deux nouveaux objets, chacun avec la classe "DNAbin". Vous pouvez taper le nom de chaque objet (par exemple, coigen) dans R pour afficher certaines propriétés intéressantes de chaque ensemble de données (par exemple, la longueur moyenne de la séquence, les compositions de base, etc.).

Le problème maintenant est qu'au sein de chaque objet, les séquences sont toujours répertoriées par numéro d'accession GenBank. Il serait beaucoup plus pratique de remplacer le nom de chaque liste par le nom de l'espèce. Cela devient encore plus crucial si vous travaillez avec plusieurs séquences de gènes et que vous souhaitez utiliser une supermatrice pour l'inférence d'arbre : à un moment donné, vous devrez concaténer toutes les séquences de gènes pour toutes les espèces (par exemple, en utilisant un programme comme SequenceMatrix). Ceci n'est vraiment faisable que si chaque séquence est nommée en fonction de l'espèce dont elle est issue.

Nous allons maintenant extraire les métadonnées (noms des espèces et numéros GenBank) de chacun de ces objets dans des objets data.frame conviviaux. A partir de chaque nouveau data.frame, nous extrairons les noms des espèces et les appliquerons aux séquences en utilisant la fonction de base R attr():

Désormais, « coigen » et « cytgen » sont chacun modifiés pour comprendre des listes de séquences nommées en fonction de l'espèce qu'elles représentent. Les deux nouveaux objets, 'names_coi' et 'names_cyt' sont assez pratiques en eux-mêmes si vous souhaitez vérifier que chaque séquence correspond bien à l'espèce d'intérêt. Quoi qu'il en soit, nous sommes maintenant prêts à exporter chaque liste dans son propre fichier FASTA (pour une utilisation ultérieure dans d'autres programmes) en utilisant le écrire.dna() fonction dans 'singe'.

Et c'est tout. Vous devriez maintenant avoir des fichiers FASTA séparés pour chaque gène. Les fichiers FASTA devraient maintenant être prêts pour l'alignement en utilisant le programme que vous préférez (pour ce projet, j'ai utilisé Geneious. Un autre programme sympa est MEGA). Dans chaque fichier FASTA, les séquences seront désormais nommées par l'espèce dont elles proviennent. Je vous recommande fortement de scruter chaque fichier pour vérifier que les noms des espèces sont corrects. Les fautes de frappe et/ou la synonymie des noms d'espèces peuvent faire des ravages dans votre flux de travail, surtout si vous comptez concaténer les séquences plus tard.


Exemple

Pour cet exemple, notre objectif sera d'explorer les données génomiques disponibles pour Corynebacterium efficiens.

Cet appel renvoie l'ID du génome 1076.

Les résultats de l'appel elink révèlent un total de huit séquences (au moment de la rédaction). En utilisant une série de valeurs "&term" répertoriées dans le tableau 1, vous verrez que les séquences RefSeq et WGS sont disponibles. Dans ce cas, nous utilisons l'approche alternative à l'étape 2 ci-dessus qui n'utilise pas le paramètre « &cmd » dans la demande elink. Vous pouvez décider, par exemple, de télécharger la séquence RefSeq du chromosome au format FASTA. Tant que vous avez inclus la valeur "&term" appropriée dans l'appel elink, la dernière étape ci-dessous accomplira cela.


Comment puis-je télécharger une séquence de gènes à partir de GenBank (NCBI) ? - La biologie

Une base de données fournissant des informations sur la structure des génomes assemblés, des noms d'assemblage et d'autres métadonnées, des rapports statistiques et des liens vers des données de séquences génomiques.

Une collection d'études de génomique, de génomique fonctionnelle et de génétique et des liens vers les ensembles de données qui en résultent. Cette ressource décrit la portée, le matériel et les objectifs du projet et fournit un mécanisme pour récupérer des ensembles de données qui sont souvent difficiles à trouver en raison d'annotations incohérentes, de multiples soumissions indépendantes et de la nature variée de divers types de données qui sont souvent stockés dans différentes bases de données.

La base de données dbVar a été développée pour archiver les informations associées à la variation génomique à grande échelle, y compris les insertions, suppressions, translocations et inversions à grande échelle. En plus de l'archivage de la découverte des variations, dbVar stocke également les associations de variantes définies avec des informations sur le phénotype.

Contient des données de séquence et de carte des génomes entiers de plus de 1000 organismes. Les génomes représentent à la fois des organismes complètement séquencés et ceux dont le séquençage est en cours. Les trois principaux domaines de la vie (bactéries, archées et eucaryotes) sont représentés, ainsi que de nombreux virus, phages, viroïdes, plasmides et organites.

Le Genome Reference Consortium (GRC) conserve la responsabilité des génomes de référence de l'homme et de la souris. Les membres sont le Genome Center de l'Université de Washington, le Wellcome Trust Sanger Institute, l'European Bioinformatics Institute (EBI) et le National Center for Biotechnology Information (NCBI). Le GRC s'efforce de corriger les loci déformés et de combler les lacunes d'assemblage restantes. De plus, le GRC cherche à fournir des assemblages alternatifs pour des loci génomiques complexes ou structurellement variants. Sur le site Web du GRC (http://www.genomereference.org), le public peut consulter les régions génomiques actuellement en cours d'examen, signaler les problèmes liés au génome et contacter le GRC.

Une base de données des interactions connues des protéines du VIH-1 avec des protéines d'hôtes humains. Il fournit des bibliographies annotées des rapports publiés sur les interactions protéiques, avec des liens vers les enregistrements PubMed et les données de séquence correspondants.

Une compilation de données du projet de séquençage du génome de la grippe NIAID et GenBank. Il fournit des outils pour l'analyse, l'annotation et la soumission de séquences grippales à GenBank. Cette ressource contient également des liens vers d'autres ressources sur la séquence de la grippe, ainsi que des publications et des informations générales sur les virus de la grippe.

Un projet impliquant la collecte et l'analyse de séquences génomiques de pathogènes bactériens provenant d'isolats alimentaires, environnementaux et de patients. Actuellement, un pipeline automatisé regroupe et identifie les séquences fournies principalement par les laboratoires de santé publique pour aider à enquêter sur les épidémies de maladies d'origine alimentaire et découvrir les sources potentielles de contamination des aliments.

Une collection de séquences nucléotidiques provenant de plusieurs sources, notamment GenBank, RefSeq, la base de données Third Party Annotation (TPA) et PDB. La recherche dans la base de données de nucléotides produira des résultats disponibles à partir de chacune de ses bases de données de composants.

Base de données de séquences d'ADN apparentées issues d'études comparatives : phylogénétique, populationnelle, environnementale et, dans une moindre mesure, mutationnelle. Chaque enregistrement dans la base de données est un ensemble de séquences d'ADN. Par exemple, un ensemble de population fournit des informations sur la variation génétique au sein d'un organisme, tandis qu'un ensemble phylogénétique peut contenir des séquences et leur alignement d'un seul gène obtenu à partir de plusieurs organismes apparentés.

Un registre public de réactifs d'acide nucléique conçu pour être utilisé dans une grande variété d'applications de recherche biomédicale, ainsi que des informations sur les distributeurs de réactifs, l'efficacité des sondes et les similitudes de séquences calculées.

Une collection de ressources spécialement conçues pour soutenir la recherche de rétrovirus, y compris un outil de génotypage qui utilise l'algorithme BLAST pour identifier le génotype d'une séquence de requête un outil d'alignement pour l'alignement global de plusieurs séquences un outil d'annotation automatique de séquences du VIH-1 et des cartes annotées de nombreux rétrovirus consultables dans GenBank, FASTA et formats graphiques, avec des liens vers les enregistrements de séquences associés.

Un résumé des données pour le coronavirus du SRAS (CoV), y compris des liens vers les données et publications de séquences les plus récentes, des liens vers d'autres ressources liées au SRAS et un alignement pré-calculé des séquences du génome de divers isolats.

Le Sequence Read Archive (SRA) stocke les données de séquençage de la prochaine génération de plates-formes de séquençage, notamment Roche 454 GS System®, Illumina Genome Analyzer®, Life Technologies AB SOLiD System®, Helicos Biosciences Heliscope®, Complete Genomics® et Pacific Biosciences SMRT® .

Un référentiel de chromatogrammes (traces) de séquences d'ADN, d'appels de base et d'estimations de qualité pour les lectures en un seul passage de divers projets de séquençage à grande échelle.

Un large éventail de ressources, y compris un bref résumé de la biologie des virus, des liens vers des séquences de génomes viraux dans Entrez Genome et des informations sur les séquences de référence virales, une collection de séquences de référence pour des milliers de génomes viraux.

Une extension de Influenza Virus Resource à d'autres organismes, fournissant une interface pour télécharger des ensembles de séquences de virus sélectionnés, des outils d'analyse, y compris des pages BLAST spécifiques aux virus et des pipelines d'annotation de génomes.

Téléchargements

Ce site contient la séquence du génome et des données cartographiques pour les organismes de Entrez Genome. Les données sont organisées en répertoires pour une seule espèce ou des groupes d'espèces. Les données cartographiques sont collectées dans le répertoire MapView et sont organisées par espèces. Voir le fichier README dans le répertoire racine et les fichiers README dans les sous-répertoires des espèces pour des informations détaillées.

Contient des répertoires pour chaque génome qui incluent les données cartographiques disponibles pour les versions actuelles et précédentes de ce génome.

Ce site contient tous les enregistrements de séquences de nucléotides et de protéines de la collection Reference Sequence (RefSeq). Le répertoire ""release"" contient la version la plus récente de la collection complète, tandis que les données pour les organismes sélectionnés (tels que l'homme, la souris et le rat) sont disponibles dans des répertoires séparés. Les données sont disponibles dans les formats FASTA et de fichiers plats. Consultez le fichier readme pour plus de détails.

Ce site contient des données SKY-CGH aux formats ASN.1, XML et EasySKYCGH. Voir le fichier skycghreadme.txt pour plus d'informations.

Ce site contient des données de séquençage de nouvelle génération organisées par le projet de séquençage soumis.

Ce site contient les données du chromatogramme des traces organisées par espèces. Les données comprennent le chromatogramme, les scores de qualité, les séquences FASTA des appels de base automatiques et d'autres informations auxiliaires dans du texte délimité par des tabulations ainsi que dans des formats XML. Consultez le fichier readme pour plus de détails.

Ce site contient des données de séquence de fusil de chasse du génome entier organisées par le code de projet à 4 chiffres. Les données incluent les fichiers plats GenBank et GenPept, les scores de qualité et les statistiques récapitulatives. Voir le fichier README.genbank.wgs pour plus d'informations.

Soumissions

Un formulaire en ligne qui fournit une interface aux chercheurs, aux consortiums et aux organisations pour enregistrer leurs BioProjets. Cela sert de point de départ pour la soumission des données génomiques et génétiques pour l'étude. Les données n'ont pas besoin d'être soumises au moment de l'enregistrement de BioProject.

Un programme en ligne de commande qui automatise la création d'enregistrements de séquences à soumettre à GenBank en utilisant bon nombre des mêmes fonctions que Sequin. Il est principalement utilisé pour la soumission de génomes complets et de grands lots de séquences.

Ce lien décrit comment les expéditeurs de données SRA peuvent obtenir un site FTP NCBI sécurisé pour leurs données, et décrit également les formats de données et les structures de répertoire autorisés.

Un point d'entrée unique pour les expéditeurs pour se connecter et trouver des informations sur tous les processus de soumission de données au NCBI. Actuellement, cela sert d'interface pour l'enregistrement de BioProjects et BioSamples et la soumission de données pour WGS et GTR. De futurs ajouts à ce site sont prévus.

Ce lien décrit comment les expéditeurs de données de suivi peuvent obtenir un site FTP NCBI sécurisé pour leurs données, et décrit également les formats de données et les structures de répertoire autorisés.

Outils

Une visionneuse graphique interactive qui permet aux utilisateurs d'explorer les appels de variantes, les appels de génotype et les preuves à l'appui (telles que les lectures de séquences alignées) qui ont été produits par le projet 1000 génomes.

Effectue une recherche BLAST de séquences similaires à partir de génomes eucaryotes et procaryotes complets sélectionnés.

Effectue une recherche BLAST des séquences génomiques dans l'ensemble RefSeqGene/LRG. L'affichage par défaut fournit une navigation prête à examiner les alignements dans l'affichage graphique.

Cet outil compare les séquences de nucléotides ou de protéines aux bases de données de séquences génomiques et calcule la signification statistique des correspondances à l'aide de l'algorithme BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).

Un navigateur de génome pour la navigation interactive des assemblages de génomes eucaryotes RefSeq avec une inspection complète du gène, de l'expression, de la variation et d'autres annotations. GDV propose des préconfigurations de pistes analytiques faciles à charger, un menu de pistes de données pour un affichage et une personnalisation faciles, et prend en charge le téléchargement et l'analyse des données utilisateur. Ce navigateur permet également de réaliser des affichages pour l'édition.

Un outil en ligne qui aide à la production de figures de qualité journal d'annotations sur un idéogramme ou une représentation séquentielle d'un assemblage.

L'outil Remap de NCBI permet aux utilisateurs de projeter des données d'annotation et de convertir des emplacements de caractéristiques d'un assemblage génomique à un autre ou en séquences RefSeqGene via une analyse base par base. Des options sont fournies pour ajuster la rigueur du remappage, et les résultats récapitulatifs sont affichés sur la page Web. Les résultats complets peuvent être téléchargés pour être visualisés dans le visualiseur graphique Genome Workbench de NCBI, et les données d'annotation pour les caractéristiques remappées, ainsi que les données récapitulatives, sont également disponibles en téléchargement.

Une application intégrée pour la visualisation et l'analyse des données de séquence. Avec Genome Workbench, vous pouvez afficher les données dans les bases de données de séquences accessibles au public au NCBI et mélanger ces données avec vos propres données.

Prend en charge la recherche de relations phénotype/génotype humain avec des requêtes par phénotype, emplacement chromosomique, gène et identifiants SNP. Comprend actuellement des informations provenant de dbGaP, du catalogue NHGRI GWAS et de GTeX. Affiche les résultats sur le génome, sur la séquence ou dans des tableaux à télécharger.

Un utilitaire pour calculer l'alignement des protéines sur la séquence nucléotidique génomique. Il est basé sur une variante de l'algorithme d'alignement global de Needleman Wunsch et tient spécifiquement compte des introns et des signaux d'épissage. Grâce à cet algorithme, ProSplign est précis dans la détermination des sites d'épissure et tolérant les erreurs de séquençage.

Service de conversion cytogénétique de séquences Un outil en ligne qui convertit les séquences et les coordonnées cytogénétiques pour les assemblages génomiques humains, rats, souris et mouches des fruits. Visionneuse de séquences

Fournit un affichage graphique configurable d'une séquence de nucléotides ou de protéines et des caractéristiques qui ont été annotées sur cette séquence. En plus d'être utilisé sur les pages de base de données de séquences NCBI, ce visualiseur est disponible en tant que composant de page Web intégrable. Une documentation détaillée comprenant un guide de référence API est disponible pour les développeurs souhaitant intégrer la visionneuse dans leurs propres pages.

Un utilitaire pour calculer les alignements de séquences d'ADNc à génomique. Il est basé sur une variante de l'algorithme d'alignement global de Needleman-Wunsch et tient spécifiquement compte des introns et des signaux d'épissage. Grâce à cet algorithme, Splign est précis dans la détermination des sites d'épissage et tolérant les erreurs de séquençage.

Variation Viewer Un navigateur génomique pour rechercher et afficher les variations génomiques répertoriées dans les bases de données dbSNP, dbVar et ClinVar. Les recherches peuvent être effectuées à l'aide de l'emplacement chromosomique, du symbole du gène, du phénotype ou des identifiants de variante de dbSNP et dbVar. Le navigateur permet l'exploration des résultats dans un visualiseur de séquences graphique dynamique avec des tableaux de variations annotés. Outil de génotypage viral

Cet outil permet d'identifier le génotype d'une séquence virale. Une fenêtre est glissée le long de la séquence de requête et chaque fenêtre est comparée par BLAST à chacune des séquences de référence pour un virus particulier.


3 commentaires

Quand quelqu'un écrit un article, il garde l'idée de
un utilisateur dans son esprit que comment un utilisateur peut le comprendre.

C'est pourquoi cet écrit est incroyable.
Merci!

Je tiens à vous remercier pour les efforts que vous avez déployés dans la rédaction de ce site.
J'espère également découvrir le même contenu de haute qualité par vous à l'avenir.
En fait, vos capacités d'écriture créative m'ont inspiré à obtenir
mon propre blog maintenant

Il y a certainement beaucoup à découvrir sur ce sujet.
J'aime tous les points que vous avez soulevés.


Comment puis-je télécharger une séquence de gènes à partir de GenBank (NCBI) ? - La biologie

N'oubliez pas : envoyez un e-mail à votre laboratoire à Yeshi ([email protected]) avec comme objet "BIO520 Lab 2". Utilisez le format Rich Text (.rtf) ou le format MS Word (.doc) et nommez le document comme suit : LundJ_lab2.rtf. Ne pas utiliser le 'nouveau' format MS Word qui donne aux fichiers une extension .docx !

La meilleure chose à faire est de commencer à travailler sur le laboratoire 2 et de consulter le matériel de référence au besoin. Pour les questions d'examen biologique, les pages de référence de biologie du laboratoire 1 sont très pratiques.

    1. Veuillez utiliser Entrez (l'aide Entrez est très utile !) pour répondre aux questions suivantes. Trouvez la séquence nucléotidique du gène de l'hémoglobine alpha 1 humaine. :

une. Recherchez ce gène dans la section Nucleotide de Genbank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez). En cherchant "hémoglobine", combien de séquences nucléotidiques sont renvoyées (ignorez les séquences EST et GSS pour cette question) ? ANSWER=nombre de séquences
En regardant ces séquences, vous pouvez voir que la plupart ne sont pas des hémoglobines ! Pourquoi est-ce?

b. Maintenant, recherchez dans Genbank en utilisant l'hémoglobine comme mot "titre" (Aide du champ de recherche). Combien de séquences sont retournées ? ANSWER=nombre de séquences

c. Maintenant, limitez davantage votre recherche pour trouver l'entrée RefSeq pour l'hémoglobine humaine alpha 1. ANSWER=numéro d'accession (Gardez cette page de recherche active, vous l'utiliserez à la question 2).

ré. Tapez ici la chaîne de recherche qui trouve les séquences de PROTÉINES de l'organisme Saccharomyces cerevisiae dont les entrées contiennent l'expression "facteur de transcription". Il s'agit d'une requête de type booléen. Il existe plusieurs façons de l'exécuter et le nombre d'entrées trouvées peut varier.

e. Combien d'entrées trouvez-vous (dans l'onglet « Tous : ») ? REPONSE=nombre Gardez cette recherche active pour la question 1f.

une. À l'aide des informations de cette page, décrivez la fonction de l'hémoglobine. RÉPONSE = quelques mots.

b. Quel domaine conservé cette protéine contient-elle ?

c. Ce domaine est-il présent dans les micro-organismes ?

ré. Donnez le numéro d'entrée OMIM pour une maladie génétique humaine associée à ce gène (il y a plus d'une réponse possible). REPONSE=numéro.

e. Suivez le lien vers MapViewer (les liens du génome vous y mènent également). Sur quel chromosome humain trouve-t-on de l'hémoglobine alpha 1 ?

une. Quel est le symbole approuvé pour ce gène? ANSWER=symbole du gène

Notez quel format contient le plus d'informations biologiques. Maintenant, ouvrez chaque fichier dans le programme Artemis - assurez-vous de NE PAS enregistrer les fichiers en tant que documents Word ! COLLER ici ce qui suit :

b. Le volet graphique du fichier au format FASTA

une. Dans quel cadre se situe l'ORF de l'hémoglobine ? RÉPONSE=(+1, +2, +3, -1, -2 ou -3)


Fonctionnement

Au minimum, tout ce qu'un utilisateur doit faire est de fournir l'ID taxonomique de son groupe taxonomique d'intérêt choisi. Par exemple, si vous étiez intéressé par les primates, vous pouvez visiter la page d'accueil de la taxonomie NCBI et rechercher des primates pour rechercher leur ID. Après avoir identifié l'ID, le pipeline phylotaR peut être exécuté avec le script suivant.

Le pipeline peut être arrêté et redémarré à tout moment sans perte de données. Pour plus de détails sur ce script, comment modifier les paramètres, vérifier le journal et les détails du pipeline, veuillez consulter la vignette du package.


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Outils bioinformatiques Sanger/short contig

DNA Sequence Assembler est un logiciel de bioinformatique unique et révolutionnaire pour

  • assemblage manuel de séquences d'ADN
  • assemblage automatique de séquences d'ADN
  • Analyse de séquences d'ADN
  • conversion de format de fichier par lots (SCF, ABI, FASTA, SEQ, TXT, GBK)
  • détection de mutations


Permet une inspection rapide des séquences d'ADN :

  • Affichez le contenu de l'échantillon lorsque vous parcourez vos dossiers
  • Mettre en évidence les régions de faible qualité
  • Couper manuellement ou automatiquement les pointes de mauvaise qualité (lot)
  • Convertir entre divers formats
  • Voir les échantillons FASTA, SEQ, TXT, SCF, ABI, AB, AB!, AB1
  • Afficher des exemples de propriétés et de statistiques
  • Afficher les scores de confiance

Clone Library Dereplicator simplifie la déréplication de tous les types de bibliothèques de séquences (ARNr 16S, ARNr 18S, ARNr 23S, ARNr 28S, protéines fonctionnelles et structurelles) et prépare les séquences brutes pour les analyses ultérieures ou l'assemblage de contigs. Clone Library Dereplicator trie toutes les séquences d'ADN uniques (FASTA) appartenant à vos bibliothèques de clones, en les déplaçant/copiant dans le dossier spécifié.

Cell Counter est un outil gratuit qui vous aidera à compter manuellement les cellules affichées sur l'écran de l'ordinateur en affichant une grille transparente ou semi-transparente sur votre image.

Outils bioinformatiques NextGen

Un visualiseur, un éditeur, un filtre et un convertisseur FastQ/SFF efficace et facile à utiliser. NextGen Workbench est le premier et le seul éditeur FastQ/SFF complet avec interface graphique sur l'ensemble du marché de la bioinformatique ! Le programme peut traiter d'énormes fichiers FastQ/SFF même lorsqu'il est exécuté sur un ordinateur modeste. Logiciel gratuit

  • Supprimer des échantillons couper un fichier en plus petits morceaux
  • Convertir du format FastQ/SFF au format multiFASTA
  • Trier les échantillons par nom, qualité moyenne et longueur
  • Affiche des informations : nombre d'échantillons/lectures, qualité moyenne de chaque échantillon, longueur d'échantillon, mini-chromatogrammes, extrémités coupées
  • Compact et portable (aucune installation requise)

Sequence Dereplicator est un outil d'interface graphique qui vous permet de dérépliquer vos séquences Fasta via le clustering de séquences.

Avalanche Workbench est un outil d'analyse de données visuelles et d'exploration de données de séquences d'ADN pour les biologistes.

Il offre une interface graphique visuelle à travers laquelle vous pouvez rechercher (eSearch, eLink, eSummary, eFetch) des bases de données biologiques telles que NCBI ou obtenir un accès visuel aux outils/serveurs de traitement de séquences.

Fusionnez deux ou plusieurs fichiers de séquence volumineux (fasta, fsa, fast, fastq, seq, gbk, etc.).

Un outil qui télécharge et installe automatiquement la dernière édition de NCBI Blast+ sur votre ordinateur.

Un outil qui automatise le processus de téléchargement de la base de données NCBI BLAST. Il télécharge et décompresse automatiquement les bases de données NCBI Blast sélectionnées à partir du serveur ftp NCBI.

Un outil qui vous permet de créer des bases de données Blast à partir de vos propres fichiers Fasta.

Il s'agit d'une version en ligne de commande de l'assembleur de séquences d'ADN. Vous pouvez désormais exploiter la puissance et la précision de DNA Baser à un nouveau niveau en effectuant un assemblage de séquences personnalisé à partir de vos propres scripts.

BaserConsole.exe ^
/InputFolder="c:samples" ^
/TypeFichier='*.scf' ^
/OutputFolder="c:samplesout" ^

L'hybridation in situ de gènes et d'ARNm est le plus souvent basée sur des sondes polynucléotidiques.

Nous avons récemment développé un concept et un logiciel (PolyPro) pour la conception rationnelle de mélanges de sondes polynucléotidiques afin d'identifier des gènes particuliers dans des taxons définis. PolyPro se compose de trois modules : un extracteur de taxonomie GenBank (GTE), un concepteur de sondes polynucléotidiques (PPD) et un calculateur de paramètres d'hybridation (HPC).

Convertrix est un outil de ligne de commande de biologie moléculaire pour la conversion entre plusieurs formats d'échantillons d'ADN populaires. Il peut automatiquement couper les régions non fiables (bases de faible qualité) à la fin des échantillons. Le programme n'a pas besoin de manuel : une interface graphique est disponible pour vous aider à générer la ligne de commande.

Date de sortie : avril 2010

Everything to Fasta Converter convertit par lots les échantillons (SCF, ABI, FASTA, multiFasta, GBK, multiGBK, SEQ, TXT) au format FASTA. Les fichiers protéinés FASTA sont également pris en charge.

Le convertisseur GenBank vers FASTA est un outil de biologie moléculaire gratuit qui peut convertir le format de fichier GenBank (gb/gbk) au format FASTA.

DNA Nucleotide Counter est un outil gratuit qui montre les proportions entre les nucléotides (A, C, G, T, CG, AT) dans une séquence d'ADN. Compact et facile à utiliser.

Nos outils logiciels de bioinformatique peuvent être installés sur n'importe quel ordinateur Windows et fonctionnent correctement MÊME SI VOUS N'AVEZ PAS LES DROITS D'ADMINISTRATEUR. Dans ce cas, installez simplement le programme ailleurs que Program Files, par exemple dans un dossier où vous disposez d'autorisations d'écriture telles que 'c:MyPersonalFolder', 'Desktop' ou 'My Documents'.

Nos outils logiciels sont très petits, vous pouvez donc facilement les copier sur une disquette ou une clé USB et les emporter avec vous ou les envoyer à vos collègues par e-mail.


1 réponse 1

Avec ce numéro d'accession et ce type de retour, vous obtenez la séquence complète du génome. Si vous souhaitez obtenir les séquences de gènes individuelles, spécifiez que vous voulez le fichier genbank complet, puis analysez les gènes. Voici un exemple:

Cela écrira chaque gène dans le même fichier (si vous le redirigez, maintenant il écrit simplement dans STDOUT) mais j'ai indiqué où vous pourriez apporter une petite modification pour les écrire dans des fichiers séparés. L'analyse de genbank peut parfois être un peu délicate, il est donc toujours utile de lire la documentation et en particulier l'excellent Feature Annotation HOWTO.


Voir la vidéo: jyri-81 PS4 Kuinka tehdä helposti rahaa Farming Simulator 19 (Décembre 2022).